Описание тега limma
NoneLimma - это пакет биопроводников, используемый для линейных моделей в анализах дифференциальной экспрессии или метилирования.
1
ответ
Значение слова в лимме
ТЛ; др почему нет fit <- eBayes(fit); topTable(fit, coef=4) такой же как fit <- contrasts.fit(fit, c(-1,0,0,1)); fit <- eBayes(fit); topTable(fit) (столбец 1 дизайна находится на пересечении)? Пример из руководства пользователя limma Strain…
01 фев '18 в 13:48
1
ответ
Как определить степени свободы в функции eBayes
Я использую биокондуктор limma пакет. Я хочу определить степень свободы в eBayes функция для анализа микрочипов. Как я могу изменить стандартные степени свободы в нем? Пожалуйста, смотрите код ниже: fit2 <- eBayes(fit2, 0.01)
24 сен '18 в 19:13
1
ответ
Сообщение об ошибке, относящееся к лимме, используемой с использованием R 2.15.2
Я недавно обновил R, и код, который я написал с использованием пакета limma, теперь возвращает ошибку. Код был classes = c(rep('Phenotype1',), rep('Phenotype 2',)) classes= as.factor(classes) design=model.matrix(~classes-1) colnames(design)=levels(c…
09 янв '13 в 19:08
1
ответ
Мне нужен хороший учебник Limma, который использует R
Я пытаюсь начать использовать некоторый статистический анализ с пакетом limma, в котором заканчивается R. Кто-нибудь знает хороший учебник?
16 мар '11 в 18:26
0
ответов
Проведение нескольких t-тестов без использования лиммы
Я пытаюсь провести парный t-тест и сгенерировать результирующее значение p для некоторых имеющихся у меня данных метилирования. Данные представлены в 6 столбцах: 3 для каждого пациента до лечения и 3 для каждого пациента после лечения. Существует од…
07 июл '17 в 21:42
0
ответов
Использование лиммы для дифференциального выражения с log2 Нормализованные данные RT-qPCR
Итак, у меня есть некоторые данные из эксперимента RTqPCR в разных образцах, измеряющие количество генов (80-90). Я предварительно обработал исходные данные Ct, исправляя их эффективность, нормализуя с помощью эталонных генов с помощью выбранных ген…
15 ноя '18 в 19:58
0
ответов
model.matrix удаляет образцы в R и lmFit приводит к ошибке
У меня есть набор данных из 225 образцов, для которых я хочу проверить влияние воздействия загрязнителя и некоторые дополнительные переменные на метилирование гена с помощью линейной модели. В соответствии с инструкциями здесь: https://www.rdocument…
06 мар '18 в 13:28
1
ответ
Разработка матрицы с использованием функции model.matrix для экспрессии генов
Нужна помощь. Мои данные выглядят так: Identifier Sample1 Sample2 Sample3 ...Sample10 Gene1 10.85 9.33 11.04 ... 10.093 Gene2 5.94 7.95 6.46 ... 6.33 ... Gene99 3.93 4.12 7.86 ... 9.45 Образцы от 1 до 4 нормальные, от 5 до 10 ненормальные. Данные хр…
18 фев '18 в 07:57
0
ответов
Биоинформатика: как сделать контраст Лиммы с 3 группами (случай / контроль, возраст и пол)
Я студент, и у меня есть сомнения относительно того, как использовать Limma для сравнения дифференциальной экспрессии генов, оценивая мои три переменные: болезнь (случай / контроль), пол (мужчина / женщина) и возраст. Мои данные таковы: (три столбца…
10 июл '16 в 03:53
1
ответ
Расчетная матрица для анализа ребра R?
Я хотел бы сравнить метод Q с методом L, и я рассмотрел 2 разных контраста (в конце), но я не уверен, какой из них является правильным? Существует 2 различных метода (Q и L), и у каждого есть 2 биологических копии (L4,L6-L8 и Q3,Q5-Q7) и 2 техническ…
10 апр '18 в 09:45
0
ответов
Можно ли анализировать влияние обоих факторов и числовых переменных одновременно в модели лиммы?
Я пытаюсь провести анализ данных экспрессии генов с помощью пакета limmar. Моя модель включает в себя факторы и числовые ковариаты, и я не могу получить результаты для обоих типов переменных одновременно. Вот пример: design <- model.matrix(~0+Fac…
02 апр '18 в 16:40
0
ответов
Тест на отсутствие изменений в Лимме
Я ищу способ идентифицировать гены, которые значительно стабильны в любых условиях. Другими словами, противоположность стандартного анализа DE. Стандарт DE расщепляет гены на две категории: значительно меняющиеся с одной стороны, все остальное, "ост…
15 янв '19 в 10:18
0
ответов
Статистическое тестирование для каждого ряда, чтобы создать участок вулкана в R?
В настоящее время у меня есть набор данных в R, где для каждого гена у меня есть выражение log2 для четырех дафний, подвергшихся воздействию меди (столбцы 2:5), и четырех контрольных дафний (столбцы 6:9). Заголовок фрейма данных показан ниже: GENE_I…
25 янв '18 в 14:40
0
ответов
В R, как мне определить контрасты модели для сравнения двух условий относительно общего контроля?
Я использовал функцию makeContrasts в пакете Limma для создания контрастов, и я понимаю, как создавать простые контрасты, например, сравнивая каждую обработку с элементом управления независимо или сравнивая две обработки: makeContrasts(A_vs_Ctrl = "…
01 окт '18 в 22:14
1
ответ
Убрать рамку из графика vennDiagram с лиммой
Там нет варианта с vennDiagram() в limma пакет, чтобы удалить рамку из диаграммы Венна. Так может кто-нибудь сказать мне, как я могу настроить исходный код, чтобы это исправить? Я тоже хочу убрать номер в углу. Я ценю его.
09 авг '18 в 00:53
0
ответов
Скрипт limma, выдающий разные результаты на разных операционных системах
Я кодировал программу на Python, чтобы дать сценарию лиммы набор данных, а затем отсортировать файлы, которые создает сценарий. Программа, которую я пишу, является частью исследовательского проекта, в котором я непосредственно не участвую. Я просто …
30 май '18 в 19:50
1
ответ
R пакет Limma - контрастное матричное дифференциальное выражение
Я использую лимму для анализа дифференциальных выражений генов. Для моделирования нужен дизайн и контрастная матрица. Я просто хочу знать, есть ли у кого-то опыт с этим. Предположим, что выражения взяты из дикого типа (WT) и мутантов (M), и они либо…
08 апр '11 в 07:59
0
ответов
Могу ли я поделиться / опубликовать свой интерактивный MDS-график Glimma?
У меня есть база данных RNAseq, к которой я применил рабочий процесс, использованный в статье: анализ RNA-seq легко, как 1-2-3 с лиммой, глиммой и краем R, автор Charity W. Law, Monther Alhamdoosh, Shian Su, Gordon K. Smyth и Мэтью Э. Ричи. Так же, …
27 ноя '18 в 16:28
0
ответов
Лимма для DEG из данных микрочипов
Я использую Limma для анализа DEG моих данных "Данные по экспрессии из опухолевых эндотелиальных клеток гепатоцеллюлярной карциномы", присоединение GEO (GSE51401). Я хочу выяснить разницу в экспрессии опухолевых и неопухолевых клеток из GSE51401, по…
30 янв '18 в 06:28
1
ответ
Как получить среднее значение для каждой копии для каждого гена?
Я новичок в R и кодировании, и это может быть очень очевидным ответом! У меня есть набор данных со значениями log2 для четырех повторностей дафний для тысяч генных зондов, соответствующих различным генам (как показано на рисунке). Однако для каждой …
18 янв '18 в 20:14