Описание тега bioconductor

Описание тега Вопросы с тегом
Bioconductor предоставляет инструменты для анализа и понимания геномных данных с высокой пропускной способностью на языке R.
2 ответа

Получите диапазоны для синонимичных и не синонимичных положений нуклеотидов в кодоне отдельно

У меня есть объект GRanges (координаты всех экзонов гена); coding_pos определяет начальную позицию кодона в конкретном экзоне (1 означает, что первый нуклеотид в экзоне также является первым nt в кодоне и т. д.). самgrTargetGene выглядит так > gr…
22 ноя '18 в 10:23
0 ответов

R - Выполнить серию задач по группам в data.frame

У меня есть 2 (очень похожие, но не идентичные) data.frames, которые я делаю несколько задач (подробнее об этом в конце) с подмножеством. В data.frame есть 33 подмножества, над которыми я хочу выполнить задачи. Я знаю, что мог бы сделать это с помощ…
26 авг '16 в 17:35
1 ответ

Недостающие уровни в легенде с использованием функций autoplot () + scale_color_manual ()

Я пытаюсь построить три разных файла постели (один с данными SNP, другой с удалениями и третий с данными дублирования), но я не могу управлять легендой, содержащей значения трех слоев, если я не помещу данные в тот же файл. Проблема объединения трех…
16 сен '16 в 15:24
0 ответов

Любой R-пакет для расчета "Мутации"

У меня большая семейная информация (родители и дети). Все они в форме аллелей. т.е. два аллеля в каждом локусе и субъекте. Наша задача состоит в том, чтобы вычислить частоту мутаций / количество (несоответствие между аллелями ребенка и аллелями роди…
07 июн '12 в 01:16
1 ответ

Ошибка при создании SummarizedExperiment

Я хочу сделать SummarizedExperiment, у меня есть таблица подсчета в этом формате в FeatureCount.txt SRR1554537 SRR1554538 SRR1554541 SRR1554535 SRR1554536 SRR1554539 1/2-SBSRNA4 39 66 72 23 16 7 A1BG 221 113 226 146 36 126 A1BG-AS1 393 296 527 276 3…
03 окт '16 в 08:03
0 ответов

Как понять, отследить и разрешить конфликты пакетов Conda

В первой попытке создать среду это выглядело как r-base=3.3.1 требовалось Однако, используя r-base=3.4.1 был приемлемым. Что мне нужно сделать, чтобы получить r-base=3.5 работать? Возможно обновить рецепт для одного из пакетов биокондуктора? Который…
20 авг '18 в 19:05
0 ответов

Почему я не могу загрузить ошибку пакета R через некоторое время?

Я уже установил пакет на наш сервер и работал правильно. Через несколько часов, как только я хочу загрузить его снова, я получаю следующую ошибку: library("SPONGE") Error: package or namespace load failed for ‘SPONGE’ in dyn.load(file, DLLpath = DLL…
05 июн '18 в 12:25
1 ответ

Нахождение координат из графика BCV в edgeR

Как мне узнать функцию (x) и, следовательно, координаты функции, которая генерирует график дисперсии (BCV) из пакета edgeR? Мне нужно знать "координаты" вершины (максимальное и минимальное значение для каждой вершины)"дисперсионного тренда" и где "л…
06 дек '15 в 19:34
1 ответ

R BiocCheck: Может быть, они являются частью набора данных, загруженного с данными ()?

Я получил следующее сообщение от BiocCheck (для биокондуктора): Checking to see if we understand object initialization.... * CONSIDER: Clarifying how objects ‘predict, qnorm, predict, lm, coef, nls, coef, head, tail’ (used in .fitCurve, .getLODR, .l…
06 авг '16 в 13:55
1 ответ

Ошибка при отображении СИМВОЛОВ в ENTREZID

Я получаю странную ошибку при преобразовании символов гена в Entrez ID. Вот мой код: testData = read.delim("IL_CellVar.txt",head=T,row.names = 2) testData[1:5,1:3] # ClustID Genes.Symbol ChrLoc # NM_001034168.1 4 Ank2 chrNA:-1--1 # NM_013795.4 4 Atp…
15 авг '14 в 03:07
1 ответ

Корреляция между титрованием in silico и наблюдаемой экспрессией в наборах микрочипов

В следующей публикации используется подход титрования для оценки возможных порогов для дифференциального анализа данных микрочипов. Насколько я понял, соответствующие авторы просто смешивают набор данных несколько раз с разными соотношениями между д…
23 май '15 в 21:47
1 ответ

LiftOver в R (ошибка)

Я пытаюсь использовать функцию LiftOver в rtracklayer пакет, но я получаю одну ошибку, это мой код: library(rtracklayer) library(gwascat) library(IRanges) chain <- import.chain("bosTau6.hg19.all.chain") df <- read.table(textConnection("chr sta…
01 дек '14 в 15:37
2 ответа

R-devel: "объект 'checkCompilerOptions' не найден" при установке magrittr

Я установил R-devel в Ubuntu, следуя этому руководству. При попытке установить magrittr с install.packages("magrittr") Я получаю это: * installing *source* package ‘magrittr’ ... ** package ‘magrittr’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** R …
19 фев '16 в 10:58
1 ответ

Нет пакета под названием "BiocInstaller"

Всякий раз, когда я пытаюсь установить новый пакет, я получаю эту ошибку: source("http://bioconductor.org/biocLite.R") Warning in install.packages : package ‘BiocInstaller’ is not available (for R version 3.0.2 RC) Installing package into ‘/home/hd-…
31 окт '13 в 08:18
3 ответа

R error allocMatrix

Всем привет, Я пытался загрузить определенное количество файлов Affymetrix CEL, используя стандартную команду BioConductor (R 2.8.1 на 64-разрядной Linux, 72 ГБ ОЗУ) abatch<-ReadAffy() Но я продолжаю получать это сообщение: Error in read.affybatc…
30 ноя '09 в 12:06
1 ответ

Изменить метки дорожек ggbio на горизонтальные

В базовом графике R у нас есть опция las, чтобы вращать метки оси. Есть ли способ сделать ярлыки time1 а также time2 горизонтальная функция usinig track () из пакета ggbio? require(ggplot2) require(ggbio) ## make a simulated time series data set df1…
21 авг '14 в 12:42
0 ответов

Функция внутри tryCatch по-прежнему останавливает процесс

Я пробую новую библиотеку, и я обнаружил странное поведение. У меня есть метод объекта производного класса типа envRefClass, который останавливает мой процесс даже внутри функции tryCatch с обработчиком ошибок. library(STRINGdb) # Creating the objec…
06 окт '16 в 08:40
0 ответов

Не удается установить некоторые пакеты R в Ubuntu 16.04 LTS?

Я не могу запустить эту команду в R под Ubuntu 16.04 источник (" http://www.bioconductor.org/biocLite.R"). Ошибка: Ошибка в файле (имя файла, "r", кодировка = кодировка): не удалось подключиться к серверу
19 окт '18 в 10:47
1 ответ

Loop in R (набор данных Bioconductor ALL)

Я использую набор данных ALL из набора Bioconductor. У меня есть следующая линейная модель для уровней экспрессии генов во время ремиссии. Мне удалось создать модель для одного конкретного гена, но я не могу разработать цикл или применить сниппет ()…
07 авг '18 в 01:16
2 ответа

Пакеты R не компилируются с gcc

Я скачал bioconductor и попытался установить пакет ("limma"), который успешно установился, однако, когда я пытался обновить bioconductor, я продолжаю получать ошибки, связанные с неверными параметрами компилятора. Это похоже на gcc, пакеты gfortran …
14 фев '13 в 00:44