Проведение нескольких t-тестов без использования лиммы

Question

Я пытаюсь провести парный t-тест и сгенерировать результирующее значение p для некоторых имеющихся у меня данных метилирования.

Данные представлены в 6 столбцах: 3 для каждого пациента до лечения и 3 для каждого пациента после лечения. Существует один ряд для каждого гена (несколько тысяч), и значения варьируются от [0,1].

Я хотел бы провести t-тест для каждой строки и в конечном итоге сгенерировать одно значение p для каждого гена. В этом парном t-тесте вы получите значение в [1,1], в паре с [1,4], [1,2] с [1,5] и [1,3] с [1,6].

Я не хочу использовать пакет limma, так как это не строго массив данных. Можете ли вы использовать Limma для не массив данных?

Как мне провести каждый t-тест и получить результирующие p-значения?

Ниже приводится то, что я запускаю прямо сейчас, но R возвращает "Ошибка в t.test.default(cg.t[i, c(1, 3, 5)], cg.t[i, c(2, 4, 6")]): недостаточно "х" наблюдений "

pValue <- numeric(0)
for(i in seq(nrow(df)))
  pValue  <-  c(pValue,
                t.test(df[i,c(1,3,5)],
                       df[i,c(2,4,6)])$p.value)

Прошу прощения за мою наивность, так как я только начинающий биостатист в первый год работы с R. Мы высоко ценим вашу помощь.