Описание тега genetics

Научное изучение принципов наследственности и вариации наследственных признаков между родственными организмами.
0 ответов

Соответствие легенды для построения точек в R Manhattan Plots

Я создаю манхэттенский сюжет в R, где моя цель - выделить SNP, основываясь на признаке, к которому они относятся. Вот хвост моего основного фрейма данных (gwas_plot): SNP CHR BP P 58008 rs77855001 1 249213034 8.665e-01 58009 rs74322942 1 249218520 7…
09 фев '16 в 18:57
2 ответа

Как-то не назначая класс с Ruby

Во время выполнения мой код часто сталкивается с неопределенной ошибкой метода для метода mate, Насколько я могу понять, Person каким-то образом проскальзывает сквозь трещины, когда-то по ходу выполнения кода, и удается не иметь allele назначен на э…
08 фев '10 в 02:57
1 ответ

R: найти перекрывающиеся регионы, используя R

У меня есть набор данных, который содержит начальную и конечную позиции сегментов в определенных местах (каркас), некоторые из этих сегментов перекрываются с другими, если они находятся в одном каркасе. > head(jobs) JOB_N Genome Scaffold loc_i lo…
27 фев '16 в 00:13
2 ответа

Быстрая мысль относительно.split()

Поэтому мне нужно сделать квадрат Punnett с помощью Python. Квадрат Пуннетта - это простой метод определения видимых, а иногда и невидимых признаков. Мой код до сих пор берет генетический состав двух родителей и находит все различные комбинации A и …
20 июл '15 в 14:51
1 ответ

Как разделить файл по меткам с помощью панд?

У меня есть файл секвенирования генома в следующем формате: имя хромосомы (строка) | местоположение (int) | чтения (int) Данные для всех хромосом хранятся в одном файле, и я хочу разбить файл на отдельные файлы данных хромосомы; преобразовать имена …
28 авг '15 в 18:12
0 ответов

Обработка объекта genind с помощью hierfstat, когда NA в @pop

Кто-нибудь знает, как получить "basic.stats" (hierfstat), "wc" (hierfstat) и / или другие команды hierfstat для работы с объектом genind, который имеет NA в разделе @pop? Я могу преобразовать genind в hierfstat, но другие команды недовольны NA: Erro…
26 окт '17 в 14:20
1 ответ

dyld: символ не найден: __ZdaPvm - запуск KING в Mac OS X

У меня проблема с запуском KING на Mac OS X Я думаю, это связано с ошибкой ссылки dyld. Кто-нибудь есть какие-либо предложения о том, как исправить эту ошибку? Заранее спасибо. > ./king -b ./ex/ex.bed Возвращает: dyld: Symbol not found: __ZdaPvm …
09 май '18 в 07:02
2 ответа

Какой алгоритм хорош для генетики дублированных данных?

Мой вопрос больше связан с поиском лучшего алгоритма для моего набора данных. У меня есть данные, которые состоят из трех столбцов, а именно: отдельные лица, а также оценка заболевания и теста (у меня есть 50 функций оценки теста, но упоминается тол…
28 июл '15 в 22:27
1 ответ

Как сопоставить список SNP с генами?

Я долго искал ответ на этот вопрос. Поначалу казалось, что это не будет трудно решить, но сейчас это кажется довольно сложной задачей. Я ищу способ представить список SNP (rs#) и получить список генов, с которыми эти маркеры соответствуют. Пока у ме…
30 ноя '11 в 19:30
1 ответ

GAlib C++ Получите лучшее от каждого поколения

Я работаю с GAlib из http://lancet.mit.edu/ga/ библиотеки в C++. Я создал типичный генетический алгоритм с этим кодом: GA1DBinaryStringGenome genoma(trips.size(), Genotype::evaluator); GASimpleGA ga(genoma); ga.populationSize(popSize); ga.nGeneratio…
10 янв '14 в 21:42
1 ответ

Почему некоторые SNP назначены на неправильную позицию или даже хромосомы

Когда я собирал данные по всему моему геному, я столкнулся с проблемой, что некоторые rs-числа слились. Это приводит меня к тому, что SNP должен был быть неправильно назначен в неправильную позицию (или даже в неправильную хромосому). Через некоторо…
05 авг '15 в 10:36
1 ответ

Анализ генной онтологии (GO) для списка генов (с ENTREZID) в R?

Я очень новичок в анализе GO, и я немного запутался, как это сделать, мой список генов. У меня есть список генов (n=10): gene_list SYMBOL ENTREZID GENENAME 1 AFAP1 60312 actin filament associated protein 1 2 ANAPC11 51529 anaphase promoting complex …
09 фев '16 в 09:27
0 ответов

Проблемы запуска разработанных конвейеров NGS для кода Python

Я пытаюсь проанализировать некоторые результаты секвенирования следующего поколения, и у меня возникла проблема с запуском спроектированных конвейеров. Я скачал и распаковал файл python_scripts.tar.gz, содержащий команды python, однако, когда я запу…
11 дек '17 в 14:28
1 ответ

Как я могу запросить генетическую базу данных SNP (желательно с R)?

Начиная с нескольких человеческих однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), как я могу запросить базу данных всех известных SNPS, чтобы я мог создать список (файл data.table или csv) из 1000 или около того ближайшего SNPS, независимо от того, является л…
09 окт '13 в 13:19
0 ответов

Какие генетические лаборатории предоставляют общественности сравнительный анализ генома?

Я ищу лаборатории / компании, которые способны проводить сравнительный анализ геномов между двумя разными видами животных, И предлагать эти услуги широкой "платящей" публике. Я мирянин с гипотезой о генетическом выражении, и любая точка в правильном…
11 фев '19 в 23:40
1 ответ

Как перебирать независимые переменные, выполняя множественные линейные регрессии с использованием структуры Tidyverse?

Мои данные: library(tidyverse) library(lme4) myData <- structure(list(Subjects = c(4L, 3L, 5L, 1L, 9L, 6L, 10L, 2L, 8L, 7L), Gene1 = c(0.318630087617032, -0.58179068471591, 0.714532710891568, -0.825259425862769, -0.359862131395465, 0.089886143777…
22 фев '19 в 20:46
0 ответов

Структура данных для обработки больших двоичных данных

Привет коллеги программисты, Я работаю над генетическим проектом, где эффективность скорости имеет решающее значение. По сути, мне нужно обработать много двоичных данных. Я работаю в C++11. У меня есть две функции, которые должны быть оптимизированы…
28 фев '16 в 00:49
2 ответа

R цикл для применения уравнения к каждой уникальной категории

Я ищу помощь в написании цикла R для расчета информационного содержания Шеннона (SIC) для каждого уникального гаплотипа. Данные включают в себя гаплотипы в столбце 1 и частоту гаплотипов в столбце 2. Как видно из данных примера только с 4 уникальным…
04 ноя '13 в 15:44
1 ответ

Как вы зациклите и сопоставите столбцы 1 и 2 файла file1 с ячейкой в ​​столбце file1, чтобы заменить их соседней ячейкой в ​​столбце 2 файла 2?

Я использую String-DB взаимодействия для проекта, но я обнаружил, что полный список взаимодействий использует их идентификаторы белка ансамбля. Я хотел бы заменить эти имена идентификаторов ансамблевых белков их генными символами, одобренными HGNC. …
26 фев '18 в 17:31
0 ответов

Кластеры ортологичных групп [Программное обеспечение]

У меня есть около 3500 генов для классификации, и я хотел бы классифицировать их по COG. Кто-нибудь знает хороший способ сделать это, то есть программное обеспечение или сервер?