Убрать рамку из графика vennDiagram с лиммой

Question

Там нет варианта с vennDiagram() в limma пакет, чтобы удалить рамку из диаграммы Венна. Так может кто-нибудь сказать мне, как я могу настроить исходный код, чтобы это исправить? Я тоже хочу убрать номер в углу.

Я ценю его.

Answer 1

Вот быстрое и грязное исправление. Я модифицировал vennDiagram исходный код, и создал новую функцию my.VennDiagram который я оставил как GitHub Gist (из-за vennDiagram код довольно длинный).

Вот пример, основанный на примере, приведенном в vennDiagram документация.

library(limma)
Y <- matrix(rnorm(100*6),100,6)
Y[1:10,3:4] <- Y[1:10,3:4]+3
Y[1:20,5:6] <- Y[1:20,5:6]+3
design <- cbind(1,c(0,0,1,1,0,0),c(0,0,0,0,1,1))
fit <- eBayes(lmFit(Y,design))
results <- decideTests(fit)
a <- vennCounts(results)

library(devtools)
source_gist("https://gist.github.com/mevers/9c846e6293db44dd37695c46b8f2b6a2")
my.vennDiagram(a)

Я не утверждаю, что это работает для всех случаев. Возможно, вам придется внести некоторые изменения.