Можно ли анализировать влияние обоих факторов и числовых переменных одновременно в модели лиммы?

Question

Я пытаюсь провести анализ данных экспрессии генов с помощью пакета limmar. Моя модель включает в себя факторы и числовые ковариаты, и я не могу получить результаты для обоих типов переменных одновременно.

Вот пример:

design <- model.matrix(~0+Factor+NumericCov,data=sampleData)
fit <- lmFit(geneExprData,design)
cont.matrix <- makeContrasts(Factor1=FactorLevel2-FactorLevel1,
                             Factor2=FactorLevel3-FactorLevel2,
                             Factor2=FactorLevel1-FactorLevel3,
                             NumericCov = NumericCov,
                             levels=design)
fit <- contrasts.fit(fit, cont.matrix)
fit <- eBayes(fit)
topTable(fit,coef="Factor1")
topTable(fit,coef="Factor2")
topTable(fit,coef="Factor3")
topTable(fit,coef="NumericCov")

Это правильно? Или я просто не должен использовать контрастную матрицу для анализа влияния числовых ковариат? Если я не использую makeContrast По функции сложнее смотреть на разницу между всеми уровнями фактора (что мне нужно сделать). Так что, если это не правильно, есть ли способ определить контрасты, чтобы обе части анализа были одновременно?

Заранее спасибо!