Статистическое тестирование для каждого ряда, чтобы создать участок вулкана в R?
В настоящее время у меня есть набор данных в R, где для каждого гена у меня есть выражение log2 для четырех дафний, подвергшихся воздействию меди (столбцы 2:5), и четырех контрольных дафний (столбцы 6:9). Заголовок фрейма данных показан ниже:
GENE_ID s_MC13_A9_Cu s_MC13_A10_Cu s_MC13_A11_Cu s_MC13_A12_Cu
1 GENE:JGI_V11_100009 3.202503 3.152049 3.171360 3.164072
2 GENE:JGI_V11_100036 3.241468 3.226221 3.217426 3.208969
3 GENE:JGI_V11_100044 3.220307 3.223803 3.171068 3.228047
4 GENE:JGI_V11_100045 3.030001 3.017256 3.028523 3.013106
5 GENE:JGI_V11_100062 3.487595 3.471572 3.517525 3.503789
6 GENE:JGI_V11_100066 3.576387 3.671755 3.589585 3.573903
s_MC13_C1_C s_MC13_C2_C s_MC13_C3_C s_MC13_C4_C
1 3.154395 3.174957 3.153786 3.188665
2 3.201010 3.211897 3.201822 3.220532
3 3.201586 3.183351 3.178189 3.178734
4 3.021061 3.023119 3.068359 3.053681
5 3.525903 3.532097 3.532113 3.530310
6 3.624656 3.534701 3.697618 3.513394
Я хочу иметь возможность создать график вулкана, иллюстрирующий дифференциальную экспрессию, и поэтому сначала мне нужно будет получить значения P для каждого из моих генов. Я думал о проведении t-теста или Ebayes, это лучший вариант для данных микро-массивов? Если так, как мне поступить так, генерируя таким образом значение P для каждого гена в первом столбце?
Спасибо