Описание тега rna-seq

Описание тега Вопросы с тегом
RNA-Seq (названный аббревиатурой от «секвенирования РНК») — это технологический метод секвенирования, в котором используется секвенирование следующего поколения (NGS) для выявления присутствия и количества РНК в биологическом образце в данный момент, непрерывно анализируя изменение клеточного транскриптома.
1 ответ

Как создать узлы и ребра для списка генов сорго, используя идентификатор гена из фитозомы

Я использую сорго ID из фитозомы в моем RNAseq. Я хочу создать генную сеть с помощью cytoscape для определенного списка генов. К сожалению, я не мог использовать строку или другие инструменты, потому что идентификатор гена, который я использовал из …
12 фев '19 в 08:45
1 ответ

Есть ли способ написать одну неоднозначную последовательность РНК из нескольких однозначных последовательностей РНК в Python 3?

У меня много последовательностей РНА одинаковой длины. Теперь я хочу создать функцию, которая выдаст мне одну строку двусмысленной РНА. Пока я не нахожу никакой полезной информации о написании неоднозначных последовательностей онлайн. Я думал об исп…
24 дек '18 в 14:23
0 ответов

Относительно состояния WT

У меня есть этот кусок сгенерирован с помощью функции group_by в dplyr, Я хотел бы создать столбец relative_mean, который содержит среднее значение, разделенное на среднее значение в состоянии WT для каждого гена. Должно быть просто, но я застрял. К…
16 фев '19 в 12:29
0 ответов

STAR aligner не меняет результат "TranscriptomeSAM"

Когда я изменяю параметры выравнивания из параметров STAR по умолчанию, изменяется выходной файл bam, но не "TranscriptomeSAM".bam. Чтобы быть конкретным, когда я добавил " --outFilterScoreMinOverLread 0 \ --outFilterMatchNminOverLread 0 \ --outFilt…
11 окт '18 в 04:48
1 ответ

Ошибка в Google Cloud - Genomics: "Не найдено решение API с именем службы: genomics"

Я совершенно новичок в HPC и Google Cloud (я только что подписался на пробную учетную запись) . Моя идея состоит в том, чтобы выполнить анализ RNAseq (9 образцов в паре, 18 файлов fastQ) . В основном я хочу выполнить FastQC и отображение, пытаясь ис…
24 окт '18 в 15:13
1 ответ

GSEA: java.lang.IndexOutOfBoundsException: индекс: 0, размер: 0

У меня проблема при запуске GSEA в командной строке: ошибка: 5290 [INFO ] Begun importing: Dataset from: fib2016_symbol.gct java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index: 0, Size: 0 at java.util.ArrayList.rangeCheck(ArrayList.java:657) at java.util.Arr…
05 янв '19 в 05:21
0 ответов

Извлечение генов, дифференциально экспрессируемых с помощью теста Вилкокса

У меня есть культуры двух типов клеток (NOF и CAF) по отдельности, а также ко-культивировали с опухолью, как на этой картинке. https://ibb.co/x8Ty1Wz Если это log cpm этих 4 образцов > head(onco[,1:4]) A10 A11 A12 A2 A2M 11.755100 12.145143 12.97…
09 янв '19 в 12:31
0 ответов

Могу ли я поделиться / опубликовать свой интерактивный MDS-график Glimma?

У меня есть база данных RNAseq, к которой я применил рабочий процесс, использованный в статье: анализ RNA-seq легко, как 1-2-3 с лиммой, глиммой и краем R, автор Charity W. Law, Monther Alhamdoosh, Shian Su, Gordon K. Smyth и Мэтью Э. Ричи. Так же, …
27 ноя '18 в 16:28
0 ответов

Как извлечь информацию из данных RNA-seq?

Привет всем, я новичок в области системной биологии и биоинформатики. Мне были даны TEXT-файлы данных секвенирования miRNA и mRNA, включая размер библиотеки и число считываний на образец для когорты пациентов и здоровых контролей. Я сделал анализ ди…
15 дек '18 в 05:11
1 ответ

Ошибка в obj$bs_quants[[1]]: нижний индекс вне границ с функцией plot_bootstrap

Я довольно новичок в kallisto и sleuth, но благодаря онлайн-информации я получаю результаты своего анализа RNA-seq. Я следую за этим конвейером https://pachterlab.github.io/sleuth_walkthroughs/trapnell/analysis.html чтобы увидеть различную экспресси…
14 ноя '18 в 12:51
0 ответов

Как нормализовать мои столбцы данных выражения о Microarray и RNA-seq?

Я скачал файл матрицы данных экспрессии микроматрицы. ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE75nnn/GSE75433/matrix/GSE75433_series_matrix.txt.gz Это логарифмические данные. Но когда я рисую Boxplot этой матрицы, большинство данных находятся в перв…
05 фев '19 в 11:34
0 ответов

В целях безопасности GSEA заблокирован Java

Моя Java-версия: Java-версия "1.8.0_201". Java(TM) SE Runtime Environment (сборка 1.8.0_201-b09). Java HotSpot(TM) 64-разрядная серверная виртуальная машина (сборка 25.201-b09, смешанный режим) Когда я запускаю GSEA, Java напоминает мне, мне нужно д…
30 янв '19 в 06:37
0 ответов

Deseq2 Сравнение нескольких групп

Уважаемое сообщество переполнения стека: Я столкнулся с вопросом, когда проводил анализ RNA-seq с использованием DeSEQ2. У меня есть 4 группы, 3 образца на группу, и я устанавливаю свои группы, используя следующий код: (condition <- factor(c(rep(…
09 янв '19 в 16:13
0 ответов

Tophat секвенсор не работает должным образом

Я пытаюсь использовать tophat для выравнивания моих чтений fastq с эталонным геномом. Сначала я использовал bowtie для создания индексных файлов. Я обрезал свои файлы read1 и read2 fastq. Все выходные файлы индекса bowtie и файлов чтения находятся в…
22 ноя '18 в 22:51
0 ответов

FeatureCount дает нулевой счет

Я молодой исследователь в области биоинформатики. Я идентифицировал некоторую lincRNA, и теперь я хочу сделать дифференциальную экспрессию генов, для этого я выровняю индивидуальное состояние, специфичное для необработанного считывания, с этими иден…
08 фев '19 в 12:16
1 ответ

Ошибка rMATS "невозможно получить доступ к общей библиотеке"

Я пытаюсь запустить rMATS на кластере Linux (CentOS). На этой системе у меня нет root-доступа. Я установил несколько пакетов зависимостей rMATS с помощью anaconda conda install менеджер пакетов. rMATS не может получить доступ к общей библиотеке libb…
05 ноя '18 в 02:40
0 ответов

ctsGE: ошибка при создании входных данных

Поэтому я работал над данными RNA- seq за разные периоды времени разработки и узнал, что ctsGE - это хороший способ взглянуть на эти данные. Однако, пытаясь работать с ним, я продолжаю получать одну и ту же ошибку при вводе матрицы независимо от тог…
12 ноя '18 в 22:30
0 ответов

Rsubread: "ОШИБКА: невозможно завершить файл SAM!"

Я хочу получить количество считываний для данных RNA-Seq с помощью пакета Rsubread. Я получил свои данные RNA-Seq от sra и все другие файлы (гены, геном,...) из сборки NCBI. Я попробовал следующий код на 4 разных организмах, и для 2 он работал отлич…
07 ноя '18 в 10:20
0 ответов

Как установить инструмент Kallisto на мой университетский кластер HPC?

Для анализа RNA-seq мне нужно установить инструмент Kallisto (для выравнивания sudo) в моем кластере HPC университета. Я много гуглил, но не мог найти как это сделать. Буду очень признателен, если вы поможете мне в этом. С наилучшими пожеланиями, Фа…
31 май '19 в 15:18
1 ответ

Извлечение отсчетов чтения, соответствующих каждому символу гена

Я дал количественную оценку экспрессии генов Сэлмона, которая дает мне транскрипты Ensembl, я преобразовал транскрипты Ensembl в символ гена, но для некоторых генов у меня несколько транскриптов; Как я мог разрушить считанные гены, я попытался tximp…
10 апр '19 в 10:50