В R, как мне определить контрасты модели для сравнения двух условий относительно общего контроля?

Question

Я использовал функцию makeContrasts в пакете Limma для создания контрастов, и я понимаю, как создавать простые контрасты, например, сравнивая каждую обработку с элементом управления независимо или сравнивая две обработки:

makeContrasts(A_vs_Ctrl = "A - Control", B_vs_Ctrl = "B - Control",
              C_vs_Ctrl = "C - Control", A_vs_B = "A - B",
              levels = c("Control", "A", "B", "C"))

          Contrasts
Levels      A_vs_Ctrl  B_vs_Ctrl  C_vs_Ctrl  A_vs_B
  Control        -1        -1        -1        0
  A               1         0         0        1
  B               0         1         0       -1
  C               0         0         1        0

Мой вопрос заключается в том, как можно было бы кодировать контраст между двумя видами лечения, в то время как каждое лечение считается относительно контроля? Например, я хотел бы определить, когда существуют различия между A_vs_Ctrl а также B_vs_Ctrl; идея заключается в том, что это будет указывать, когда лечение A и лечение B отличаются от Control состояние разными способами, а не таким же образом. Моя попытка сделать это ниже, но я не думаю, что это правильно, и мне трудно понять, как правильно закодировать эту гипотезу в контрастах.

makeContrasts(AvsCtrl_VS_BvsCtrl = "(A - Control)/2 - (B - Control)/2",levels=c( "Control","A","B","C"))

 Contrasts
Levels    AvsCtrl_VS_BvsCtrl
  Control                0.0
  A                      0.5
  B                     -0.5
  C                      0.0

Answer 1

Вы спрашиваете, отличается ли эффект A от эффекта B, то есть если AC = BC. Но это то же самое, что спрашивать, если A = B. Я думаю, что ваш контраст A_vs_B уже отвечает на ваш вопрос.