model.matrix удаляет образцы в R и lmFit приводит к ошибке

Question

У меня есть набор данных из 225 образцов, для которых я хочу проверить влияние воздействия загрязнителя и некоторые дополнительные переменные на метилирование гена с помощью линейной модели.

В соответствии с инструкциями здесь: https://www.rdocumentation.org/packages/limma/versions/3.28.14/topics/lmFit

я делаю

library(limma)
X = model.matrix(~exposure+sex+weight+smoking) #simplified for my example 
fit = lmFit(mVals,X)

но я получаю ошибку:

Error in lmFit(mVals_adj, X) :
  row dimension of design doesn't match column dimension of data object

проверяя размеры моих объектов я получаю:

dim(mVals)
[1] 438131  225     

dim(X)
[1] 155  16

Итак, я знаю, что model.matrix пропустил много образцов, вероятно, из-за NA. Есть ли способ решить эту проблему, пропустив те же выборки из mVals или игнорируя NA в model.matrix?

Спасибо,