R пакет Limma - контрастное матричное дифференциальное выражение

Question

Я использую лимму для анализа дифференциальных выражений генов. Для моделирования нужен дизайн и контрастная матрица. Я просто хочу знать, есть ли у кого-то опыт с этим.

Предположим, что выражения взяты из дикого типа (WT) и мутантов (M), и они либо стимулированы (S), либо не стимулированы (U). Для дикого типа у меня 40 значений выражений и для мутанта 20.

Поэтому, когда я хочу узнать, какие гены реагируют по-разному у мутанта по сравнению с диким типом, какую формулу я должен использовать для контрастной матрицы:

Diff=(M.S-M.U)-(WT.S-M.U) or Diff=(M.S/20-M.U/20)-(WT.S/40-WT.U/40) 

Answer 1

Контраст для определения генов, которые по-разному реагируют у мутанта по сравнению с диким типом, может быть:

makeContrasts('WT - M')

где M относится как к стимулированным, так и к нестимулированным мутантным клеткам. Тем не менее, я подозреваю, вы можете захотеть что-то вроде:

makeContrasts('WT - M.S', 'WT- M.U')

что бы выделить изменения между WT и любой мутантной клеткой.