Сообщение об ошибке, относящееся к лимме, используемой с использованием R 2.15.2

Question

Я недавно обновил R, и код, который я написал с использованием пакета limma, теперь возвращает ошибку.

Код был

classes = c(rep('Phenotype1',), rep('Phenotype 2',))
classes= as.factor(classes)
design=model.matrix(~classes-1)
colnames(design)=levels(classes) 
fit1= lmFit(exset, design)
cm=makeContrasts(Phenotype 1 - Phenotype 2, levels=design)
fit2= contrasts.fit(fit1,cm) 
fit3= eBayes(fit2)

С новой версией R, следующая команда

fit2= contrasts.fit(fit1,cm)

возвращает это сообщение об ошибке...

Error in .Call("La_chol", as.matrix(x), PACKAGE = "base") : 
Incorrect number of arguments (1), expecting 2 for 'La_chol'

Answer 1

Limma - это пакет из проекта BioConductor, и каждая версия R имеет связанную версию BioConductor. Если вы обновили R без обновления пакетов BioConductor (включая limma), возможны некоторые несовместимости. Вы уверены, что используете последнюю версию Limma и BioConductor?