Биоинформатика: как сделать контраст Лиммы с 3 группами (случай / контроль, возраст и пол)

Question

Я студент, и у меня есть сомнения относительно того, как использовать Limma для сравнения дифференциальной экспрессии генов, оценивая мои три переменные: болезнь (случай / контроль), пол (мужчина / женщина) и возраст.

Мои данные таковы: (три столбца с полом, возрастом и заболеванием)

головка (PDATA (GSE))

Данные здесь:

Я знаю, строю свой эксперимент над моей переменной болезнью:

    design= model.matrix(~ pData(gse)[,"disease"])
    colnames(design)= c("control", "case")

    fit= lmFit(gse, fesign)
    fit1= eBayes(fit)

    topTable(fit1, coef=2, adjust="BH", number= as.numeric(dim(gse)[1]))

Но как я могу сделать контрастную Лимму с моими 3 переменными? Спасибо за помощь!

age= pData(gse)[,"age"]
gender= pData(gse)[,"gender"]
disease= pData(gse)[,"disease"]

age.group= ifelse(age>40,"over40", "under40")

design = model.matrix(~0 + disease + gender + gender:age)

contr.matrix <- makeContrasts(  **???**