Описание тега phylogeny
Филогения - это изучение взаимосвязи между предметами (организмами, концепциями и т. Д.); как правило, филогения используется для изучения эволюционных отношений, представленных деревьями, которые могут быть либо филограммой, описывающей вариации "скорости мутации символов" по дереву, либо дендрограммами, где скорость мутации символов одинакова (молекулярные часы)
0
ответов
Ошибка в функции DendroPy birth_death_tree?
Я не уверен, что делаю что-то не так, но я пытался запустить функцию LTT для DendroPy, используя birth_death_tree (фрагмент кода ниже:) import dendropy tree = dendropy.model.birthdeath.birth_death_tree(1.0,0.1,max_time = 5.0) # Returns distance of n…
16 апр '18 в 04:25
1
ответ
Как получить порядок узлов филогенетического дерева в R?
Я использовал пакет ggtree R для построения филогенетического дерева, и мне нужно знать порядок советов, чтобы я мог комбинировать его с конкретной информацией для каждого наконечника. Конечно, я могу вручную записать заказ, но у меня много таких де…
12 май '16 в 08:37
1
ответ
Проблемы с multiDiv в пакете paleotree
Я пытаюсь использовать пакет paleotree для построения графиков LTT, но при попытке ввода деревьев я получаю следующую ошибку. a=read.tree(file.choose()) # to choose newick/nexus file multiDiv(a) Ошибка в multiDiv(a): данные неизвестного типа Палеоин…
02 дек '15 в 21:19
2
ответа
Сделать матрицу символов 0/1 из случайного филогенетического дерева в R?
Можно ли сгенерировать 0/1 матрицы символов, подобные тем, которые показаны ниже справа от раздвоенных филогенетических деревьев, таких как слева. 1 в матрице указывается наличие общего символа, объединяющего клады. Этот код генерирует красивые случ…
27 янв '19 в 15:52
0
ответов
Переупорядочить все деревья в объекте мультифила
Привет, я пытаюсь переупорядочить все деревья в объекте multiphylo, который должен быть просто формой применения функции к списку, что я делал раньше. Тем не менее, я не могу получить команду reorder из пакета APE для работы с lapply или treeapply д…
11 авг '16 в 13:33
2
ответа
Запуск матричного алгоритма на сколько ядер?
Я запускаю программу под названием dnadist от PHYLIP ( http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/dnadist.html). Это создает матрицу расстояний ДНК из числа введенных вами последовательностей. В настоящее время я хочу создать матрицу из 14 …
21 сен '18 в 22:48
1
ответ
R Помощь в создании дерева для MiRKAT
Я пытаюсь создать дерево для использования с пакетом R MiRKAT, но поскольку документация очень сложна для понимания, я надеюсь, что кто-то здесь может мне помочь. Мои данные в структуре: Acaryochloris Achromobacter Acidiphilium Acidisphaera Sample1 …
03 май '16 в 14:23
1
ответ
Пометьте и раскрасьте каждое название образца другим цветом с помощью Deprogram в R
Может кто-то помочь мне, пожалуйста? Я пытаюсь нарисовать дендрограмму, используя матрицу расстояний ДНК, используя следующий код. Кажется, все в порядке, но мне кажется, что у каждого экземпляра нет другого цвета; Файл моей матрицы расстояний наход…
19 сен '14 в 15:09
1
ответ
Ошибка dendropy leaf_iter() с лямбда-функцией
Я занимаюсь филогенетикой в Dendropy: я пытаюсь, следуя руководству, пройти через все листья дерева с помощью фильтра (лямбда-функции). Использование лямбда-функции дает ошибку, если итератор - leaf_iter, но не если итератор - какой-либо другой (н…
19 июн '13 в 23:43
1
ответ
R: Ошибка множественной регрессии (при необходимости отсутствует true/false)
Мой R sessionInfo() неудачных запусков: R version 3.1.2 (2014-10-31) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) locale: [1] LC_COLLATE=English_United States.1252 [2] LC_CTYPE=English_United States.1252 [3] LC_MONETARY=English_United States.1252 [4] L…
04 фев '15 в 17:00
1
ответ
Как я могу расширить дерево в ggtree?
Есть ли способ, как растянуть филогенетическое дерево в ggtree вдоль оси Y. Я имею в виду сделать то же самое, что и расширение в Figtree. Без этого каждая терминальная ветвь слишком близка к другой, если есть много подсказок.
07 апр '16 в 19:47
1
ответ
Как масштабировать деревья до экстремальных форм?
Я публикую это снова, хотя @jeremycg помог мне разработать следующий код. Это работает, но выполняет не то, что я хотел! Быстрое напоминание: у меня есть набор деревьев, которые мне нужно измерить в терминах фактора, называемого гаммой, и если значе…
04 дек '15 в 00:53
1
ответ
Построить все деревья в мультифило объекте в R
Я новичок в R. Есть несколько деревьев в формате Nexus в trees_file: library(ape) trees <- read.nexus(“trees_file”) #plot all trees in trees? Я старался plot(trees[1][[1]]), а также lapply(trees, plot), Обновить: > str(trees) Class "multiPhylo…
18 янв '16 в 19:11
1
ответ
Порядок филогенетических узлов
Я делаю некоторые сюжеты в R, используя лингвистическую филогению. Я хочу построить ряд квадратов после конечного узла филогении и раскрасить их, чтобы они представляли ряд переменных. Я создал квадраты, но у меня возникли проблемы с окраской их в п…
23 окт '14 в 01:33
2
ответа
Создание сравнительного объекта в R из двух фреймов данных для сравнительной филогенетики
Я пытаюсь прочитать два кадра данных в сравнительный объект, чтобы я мог построить их, используя pgls. Я не уверен, что означает возвращаемая ошибка и как избавиться от нее. Мой код: library(ape) library(geiger) library(caper) taxatree <- read.ne…
12 июн '18 в 15:18
1
ответ
Масштаб радиуса изменения ggtree
Я пытаюсь создать филогенетическое дерево с помощью ggtree. У меня возникают проблемы с изменением размера центра дерева, чтобы символы на ребре, представляющие мои последовательности, не перекрывали друг друга и увеличивали радиус, чтобы длина ветв…
15 мар '16 в 00:38
1
ответ
Реконструкция филогенетического предка: укажите модель изменения состояния однонаправленного персонажа [ape][phytools]
Допустим, у меня есть филогенетическое дерево и некоторые символьные данные для моего дерева. У меня есть один символ, который, я знаю, является однонаправленным: скорость перехода от 0 до 1 положительна, но скорость перехода от 1 до 0 равна нулю (н…
05 мар '15 в 17:09
0
ответов
glm.nb со случайным эффектом в качестве матрицы
Я анализирую данные экспрессии генов в R, Я хотел бы проверить различия в выражении при учете филогенетического эффекта. Я могу запустить GLM с отрицательным биномиальным распределением и коэффициентом нормализации в качестве смещения: library(MASS)…
11 авг '14 в 08:34
1
ответ
ETE2 - один дочерний узел с несколькими родителями?
Я пытаюсь создать дерево с помощью модуля ETE2 в Python. Я хотел бы добавить 1 дочерний узел к 2 родительским узлам, чтобы они оба подключались к дочернему узлу при отображении дерева. Я новичок в ETE, поэтому, пожалуйста, прости меня, если это прос…
23 июл '15 в 07:57
1
ответ
PGLS возвращает ошибку при обращении к переменным по положению их столбца в объекте caper
Я выполняю PGLS между признаком и 21 переменной среды для клады видов растений. Я использую цикл, чтобы сделать это 21 раз, один раз для каждой из переменных среды, и извлечь значения p и некоторые другие значения в матрицу результатов. Когда обычно…
31 авг '18 в 02:33