Переупорядочить все деревья в объекте мультифила

Привет, я пытаюсь переупорядочить все деревья в объекте multiphylo, который должен быть просто формой применения функции к списку, что я делал раньше. Тем не менее, я не могу получить команду reorder из пакета APE для работы с lapply или treeapply для мультифилового объекта. Моя функция действительно перебирает мультифило объект с lapply, но на самом деле не переупорядочивает деревья. Кажется, просто вернуть оригинальные, неупорядоченные деревья. Любая помощь приветствуется!

Пример моего кода

Изменить: Это также не просто мои данные, я добавил строку кода для имитации 100 деревьев, и функция также не переупорядочивает моделируемые деревья должным образом.

#I normally read my multiphylo object in from a file, but simulate one 
#here as an example
#trees<-read.trees("multiphyloobject.tre")

#Simulate 100 trees
trees<-pbtree(n=100,scale=10,nsim=100)

myfun <- function(x) {  
reorder(x,order="pruningwise")}

ordtrees<-lapply(trees,myfun)

0 ответов

Другие вопросы по тегам