glm.nb со случайным эффектом в качестве матрицы

Question

Я анализирую данные экспрессии генов в R, Я хотел бы проверить различия в выражении при учете филогенетического эффекта. Я могу запустить GLM с отрицательным биномиальным распределением и коэффициентом нормализации в качестве смещения:

library(MASS)
glm.nb(expression ~ Group + offset(log(normFactor)), data=data) 

Однако я не знаю, как включить филогенетический эффект в эту модель. Я могу получить дисперсию-ковариацию или корреляционную матрицу из моей филогении:

library(ape)
tree <- read.tree("tree.nwk")    
varCovMatrix <- vcv(tree, model = "Brownian", cor = FALSE)

Я обнаружил, что lmekin позволяет указать дисперсионно-ковариационную структуру случайных эффектов:

library(coxme)
lmekin(expression ~ Group + (1| animal) + offset(log(normFactor)), data=data, varlist= varCovMatrix)

Но я не могу указать отрицательное биномиальное распределение и не ясно, понимает ли оно смещение. Та же проблема для MCMCglmm,

Пожалуйста, помогите мне поместить в один GLMM:

• матрица дисперсии-ковариации
• коэффициент нормализации как смещение
• отрицательное биномиальное распределение