Описание тега etetoolkit

Описание тега Вопросы с тегом
Use for questions related to the ETE toolkit, a Python framework to work with trees.
2 ответа

ETE2: добавление изображения в узлы

Я пытался добавить разные изображения к узлам в филогенетическом дереве, используя программное обеспечение ete2 на Python, но безуспешно. from ete2 import Tree, TreeStyle, NodeStyle, TextFace, faces, add_face_to_node, AttrFace ts.show_leaf_name = Tr…
14 мар '13 в 00:23
1 ответ

ETE2 - один дочерний узел с несколькими родителями?

Я пытаюсь создать дерево с помощью модуля ETE2 в Python. Я хотел бы добавить 1 дочерний узел к 2 родительским узлам, чтобы они оба подключались к дочернему узлу при отображении дерева. Я новичок в ETE, поэтому, пожалуйста, прости меня, если это прос…
23 июл '15 в 07:57
1 ответ

Как я могу создать дерево, используя пакет Python ete2, используя строки, хранящиеся в списке?

Я пытаюсь создать филогенетическое дерево, используя пакет python ete2 на основе синтетических данных, полученных из моей модели клеточного автомата. Данные состоят из пар, перечисленных как (родитель, потомок), где каждый член пары является уникаль…
27 дек '15 в 17:49
1 ответ

Как установить ete2 на Python 2.7?

Я рассмотрел некоторые другие вопросы об установке модулей и документации по Python, но мне не удалось установить ete2 на Python 2.7. Я уже скачал его с сайта, но понятия не имею, каким должен быть мой следующий шаг.
27 июн '16 в 11:08
1 ответ

Ручная настройка newick tree и использование ETE

У меня есть проблема, которая кажется мне слишком странной. У меня есть это новое дерево: (((637,5250,607,14782)6942,641)6441)0; когда я пытаюсь прочитать это с помощью ETE: t=Tree("(((637,5250,607,14782)6942,641)6441)0;", format=8) все работает нор…
14 авг '13 в 11:21
1 ответ

Различные guiding_lines_colos для разных конечных узлов в ETE3 с использованием класса TreeStyle или чего-либо еще

Как я могу добавить разные цвета для направляющей линии (соединяя листовой узел с текстом, используя guiding_lines_color в классе TreeStyle) в модуле ETE3 python. Спасибо
09 сен '16 в 11:48
1 ответ

python ete2 TreeNode проверяет наличие атрибута

У меня есть дерево t, у некоторых из его узлов есть атрибут "а". Я хочу проверить, есть ли у данного узла этот атрибут. if not n.a: print "no a " но я получаю ошибку Treenode N не имеет атрибута Есть ли способ проверить это?
25 ноя '14 в 17:22
3 ответа

Как получить таксономические идентификаторы для царства, типа, класса, порядка, семейства, рода и вида из таксонов?

У меня есть список налогов, который выглядит так: 1204725 2162 1300163 420247 Я ищу файл с таксономическими идентификаторами в порядке, указанном выше: kingdom_id phylum_id class_id order_id family_id genus_id species_id Я использую пакет " ete3". Я…
08 апр '16 в 15:05
1 ответ

Корень питона два дерева на одном корневом узле

Я написал программу, которая рассчитывает расстояние между двумя деревьями. Деревья уже укоренились. Я хочу убедиться, что деревья имеют корни в одном корне или вне группы. Насколько я знаю, в ete2 можно только установить корень, но не может найти к…
31 мар '14 в 08:08
0 ответов

Модуль ete3 на python3 - не может импортировать TreeStyle, лица, AttrFace, NodeStyle

Я пользователь Linux и до сих пор успешно использую ete3 в python2. Я установил ete3 для python3, и есть некоторые модули, которые python3 не может найти. Я считаю, что все зависимости установлены в соответствии с инструкциями. Я могу импортировать …
09 мар '18 в 12:03
1 ответ

Как изменить ориентацию шрифта на ярлыках узлов с помощью ETE Toolkit (Python)

Я хотел бы изменить ориентацию граней шрифта на выходном изображении, которое создается ETE Toolkit: http://etetoolkit.org/ По некоторым причинам поворот и изменение ориентации не влияют на метки, как показано на рисунке ниже: Код для создания этого…
22 фев '16 в 10:17
1 ответ

Сохранить путь от листьев к корню, используя ete2

У меня есть большое дерево, где я хочу получить для каждого конечного узла путь (все узлы) до корня. Я пытаюсь сделать это с помощью ete2, но дерево очень большое и кажется слишком медленным. Кто-нибудь может предложить более быстрый способ сделать …
14 окт '14 в 15:25
1 ответ

python ete2 удалить узел из дерева

Я пытаюсь удалить набор узлов из данного файла дерева. Input : tree file+ txt file contains the name of nodes that should only exists in the tree. это мой код: ` def find_id(file,id): f= open(file) s = open(file).read() if re.search(id,s,re.MULTILIN…
03 авг '13 в 03:59
0 ответов

Ошибка использования ete3 в Python: "Нет имени модуля cPickle"

У меня проблема, похожая на: Ошибка импорта Theano: Нет модуля с именем cPickle Но с использованием ete3 (www.etetoolkit.org). Я опустился до ete2, и проблема исчезла, но я хотел бы использовать функциональность в ete3. Следуя комментариям в соответ…
06 янв '16 в 18:44
2 ответа

Преобразование ndarray, сгенерированного hcluster, в строку Newick для использования с пакетом ete2

У меня есть список векторов, созданных с помощью: import hcluster import numpy as np from ete2 import Tree vecs = [np.array(i) for i in document_list] где document_list - это набор веб-документов, которые я анализирую. Затем я выполняю иерархическую…
20 фев '12 в 16:28
1 ответ

Как я могу получить таксономические звания от таксонов?

Этот вопрос связан с: Как получить таксономические идентификаторы для царства, типа, класса, порядка, семейства, рода и вида из таксона? Решение, данное там, работает, но я хотел бы иметь имена для каждого таксономического идентификатора для определ…
09 май '17 в 10:41
0 ответов

Newick Standard и наложение других данных

В настоящее время я работаю с огромным деревом Ньюик. Я ищу эффективный способ наложения некоторых других данных об узлах, которые у меня есть. Я пытался использовать дендроскоп и ETE, но мне немного не повезло, так как ETE не может обрабатывать мое…
22 окт '14 в 23:40
1 ответ

Как преобразовать дерево, нарисованное с помощью ete2, в формат Newick?

Я нарисовал дерево в Python с помощью команд ete2 Tree(), .add_child(), .add_sister() и так далее. Можно ли как-нибудь преобразовать это дерево в соответствующий формат Newick?
29 июн '16 в 08:53
0 ответов

Есть ли лучший способ для отображения дерева ete2 в шаблоне Django?

Я строю веб-приложение с использованием фреймворка Django. На стороне сервера я строю дерево ete2 в соответствии с данными, введенными пользователем с помощью браузера. Теперь моя проблема заключается в том, что мне нужно отобразить это дерево на ст…
15 ноя '12 в 08:49
1 ответ

Как покрасить листья на дереве `ete3`? (Python 3)

Я только начал использовать ete3 и это круто. Как я могу покрасить листья ete3 Дерево объекта с использованием цветового словаря? я сделал "c":None потому что я не хочу из c показывать. Я хочу лучше контролировать рендеринг дерева, но не могу понять…
08 сен '16 в 00:34