Описание тега dendextend
Вопросы по R-пакету dendextend
0
ответов
Как я могу добавить color_bars к графику dendextend, где я установил horiz=T
Я понимаю, как добавить цветные столбцы в график dendextend, но когда я установил horiz=T, столбец отображается не на той оси. Пример из введения в dendextend показывает, как добавить цветные диаграммы на график: dend15 <- c(1:5) %>% dist %>…
12 ноя '15 в 21:03
1
ответ
R строит верхнюю дендрограмму на основе k
Я кластеризовал матрицу расстояний на основе данных столбца 20000 x 169 в R, используя hclust(). Когда я преобразовываю кластерный объект в дендрограмму и строю всю дендрограмму, ее трудно читать, потому что она очень большая, даже если я вывожу ее …
15 янв '16 в 20:50
1
ответ
Пометьте и раскрасьте каждое название образца другим цветом с помощью Deprogram в R
Может кто-то помочь мне, пожалуйста? Я пытаюсь нарисовать дендрограмму, используя матрицу расстояний ДНК, используя следующий код. Кажется, все в порядке, но мне кажется, что у каждого экземпляра нет другого цвета; Файл моей матрицы расстояний наход…
19 сен '14 в 15:09
1
ответ
Как закрасить соединительные линии при сравнении двух дендрограмм в R dendextend
Я использую dendextend"s tanglegram сравнить две дендрограммы. Почти все работает, включая раскраску меток узлов в соответствии с кластерами. Что не работает, так это то, что я хочу, чтобы все соединительные линии (от метки узла в одной дендрограмме…
16 июл '16 в 22:32
3
ответа
Сложенная гистограмма с иерархической кластеризацией (дендрограмма)
Я пытаюсь получить что-то подобное, но, к сожалению, я не смог найти ни одного пакета, который позволил бы мне построить график в виде столбчатой диаграммы с дендрограммой, как показано ниже: кто нибудь знает как это сделать?
20 июн '17 в 07:26
0
ответов
Цветовой узел на основе категории в запутанной диаграмме
Я пытаюсь построить диаграмму, используя dendextra и ggdendro, но я не могу покрасить узлы на основе столбца категории в диаграмме. Пожалуйста, порекомендуйте. d1 <- c(1:5) cate <- c("cat1", "cat2", "cat3", "cat1", "cat1") d1 <- data.frame(…
03 дек '18 в 19:42
0
ответов
Дендрограмма ggplot2 отображает узлы как листья
Я построил радиальную дендрограмму из категориальных данных, используя data.tree, dendextend и ggplot2. Моя цель - создать диаграмму, похожую на эту: Тем не менее, некоторые из моих узлов разветвляются как листья, и мне интересно, зависит ли это от …
31 янв '19 в 01:03
0
ответов
Как исправить перекрывающиеся метки в круговой дендрограмме?
Я запускаю этот код, чтобы получить круговую дендрограмму, но дело в том, что метки перекрываются и все черные. Это код, который я использовал для генерации рисунка: library(dendextend) library(circlize) load(file = "hc1.rda") #out1 <- cutree(hc1…
13 дек '18 в 21:39
0
ответов
Получить имена каждого узла в дендрограмме
Я создал дендрограмму, используя dendextend а также data.tree, Я могу получить координаты каждого узла, используя get_nodes_xy(), но в идеале я бы также хотел вернуть имена, которые я назначил в моем исходном наборе данных, а не просто ID. Это возмо…
08 фев '19 в 00:21
1
ответ
Повернуть метки для дгрограммы ggplot
Я пытаюсь создать дендрограмму с помощью пакета dendextend. Он создает действительно хорошие дендрограммы gg, но, к сожалению, когда вы превращаете его в "круг", ярлыки не идут в ногу. Я приведу пример ниже. Мой дистанционный объект находится здесь:…
26 июн '16 в 02:16
1
ответ
Как связать ветвь дендрограммы с классом?
Я создал классификацию и разделил набор данных радужной оболочки на три класса. После этого я хотел бы связать классы (цвета) с наблюдениями из набора данных. Я пытался использовать cutree функция. В результате у меня есть классы от 1 до 3 и ветви о…
20 янв '17 в 16:27
1
ответ
Как раскрасить метки дендограммы с помощью dendextend и heatmap.2, используя предварительно определенные группы образцов
heatmap.2 назначает неверные цвета меткам при использовании аргумента "colRow". Есть ли альтернативный способ, как назначить цвета для меток в heatmap.2? Или я что-то не так делаю? (примеры основаны на примерах из дендрограммы "Ярлык" и "Цветной лис…
03 июл '18 в 18:46
3
ответа
Срез дерева и прямоугольники вокруг скоплений для горизонтальной дендрограммы в R
Я пытаюсь представить результаты иерархической кластеризации в R как дендрограмма, с прямоугольниками, идентифицирующими кластеры. Следующий код выполняет трюк для вертикальной дендрограммы, но для горизонтальной дендрограммы, (horiz=TRUE), прямоуго…
10 июн '14 в 11:55
3
ответа
Метки на Tanglegram не работают (dendextend)
Я несколько раз пытался поместить метки на tanglegram (package dendextend), но мои метки (etic) не работают, они также работают на простом графике. Какую команду мне использовать? > dati<-read.table("moto.txt",header=T) > dat<-dati[,-1:-…
02 фев '18 в 13:58
2
ответа
Метка и цвет листьев дендрограммы (филогения) в R с использованием пакета обезьяны
После предыдущего поста ( Дендрограмма ярлыка и цветного листа в r) у меня есть дополнительный вопрос. Мои вопросы похожи на упомянутый пост, но мне интересно, можно ли это сделать с помощью ape (например, plot(as.phylo(fit), type="fan", labelCol) к…
17 сен '13 в 16:57
0
ответов
Как покрасить метки дендрограммы дополнительным фактором в независимом фрейме данных в R
У меня есть дендограмма из 150 генов, импортированных в R, и у меня есть фрейм данных с такими же метками дендограммы со значениями баллов от 0 до 200, которые не зависят от дендограммы. Я хотел бы закрасить метки дендограммы значениями из таблицы, …
18 авг '16 в 18:42
1
ответ
Как использовать идентификатор для горизонтальной дендрограммы класса "дендрограмма" в R
Я использую идентификацию для изучения специфических особенностей кластеров в дендрограмме в R. Идентификация работает отлично, используя объект "hclust", но он мне нужен для горизонтальной дендрограммы класса "дендрограмма" вместо "hclust". У меня …
18 сен '15 в 09:46
1
ответ
Создание сюжетной дендрограммы в javascript
Хотите сделать https://plot.ly/python/dendrogram/ с plotly.js. Является ли это возможным? Кто-нибудь реализовал дендрограмму в javascript?
05 авг '16 в 20:25
1
ответ
Как измерить сходство между двумя деревьями кластеризации, которые создаются иерархической кластеризацией?
Я хочу применить метод иерархической кластеризации (т. Е. Агломерационной кластеризации) для разных наборов данных. Я хотел бы сравнить приведенные деревья кластеризации. Есть ли какое-то решение этого? Заранее спасибо.
03 окт '18 в 08:47
0
ответов
R dendextend set "leaves_col" преобразует листья pch в символ
Я создаю дендрограмму, используя dendextend и хочу установить листья в качестве цветных символов. require(ggplot2) require(dendextend) sessionInfo() R version 3.1.3 (2015-03-09) Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit) Running under: OS X 10.10.…
08 сен '17 в 15:07