Проблемы с multiDiv в пакете paleotree

Question

Я пытаюсь использовать пакет paleotree для построения графиков LTT, но при попытке ввода деревьев я получаю следующую ошибку.

a=read.tree(file.choose()) # to choose newick/nexus file
multiDiv(a)

Ошибка в multiDiv(a): данные неизвестного типа

Палеоинструменты берут только объекты класса 'multiphylo'? Я преобразовал дерево импута в класс multiphylo, но оно все равно выдает ту же ошибку. Кто-нибудь может подсказать, как это сделать?

Answer 1

Я автор посылки paleotree, Я думаю, что здесь происходит, что вы передаете одно дерево multiDiv, который настроен для анализа списков объектов, каждый из которых преобразуется в кривую разнесения. Вы, вероятно, хотите phyloDiv() вместо. Я не могу быть уверен, не зная больше о ваших данных.