Описание тега dendropy
DendroPy - это библиотека Python для филогенетических вычислений.
0
ответов
Ошибка в функции DendroPy birth_death_tree?
Я не уверен, что делаю что-то не так, но я пытался запустить функцию LTT для DendroPy, используя birth_death_tree (фрагмент кода ниже:) import dendropy tree = dendropy.model.birthdeath.birth_death_tree(1.0,0.1,max_time = 5.0) # Returns distance of n…
16 апр '18 в 04:25
1
ответ
Как извлечь патристические расстояния из дендропии phylogenetic_distance_matrix
Я создал копенетическую матрицу расстояний в дендропии, используя: from dendropy.simulate import treesim tree = treesim.birth_death_tree(birth_rate=1.0, death_rate=0.5, ntax=10) pdm = tree.phylogenetic_distance_matrix() Однако, прочитав документацию…
28 ноя '18 в 15:25
1
ответ
Печать меток наконечника при использовании дендропии модуля python для вычисления попарных расстояний между узлами в филогенетическом дереве?
Я пытаюсь создать массив в Python, который будет содержать все попарные расстояния между каждой парой узлов в филогенетическом дереве. В настоящее время я использую дендропию, чтобы сделать это. (Первоначально я посмотрел на biopython, но не мог най…
28 мар '17 в 09:33
0
ответов
Губбинс не может импортировать дендропию
Я использую среду миниконды с Python 3.5 для запуска Gubbins на некоторых выравниваниях фаста. Я использую RHEL6 После запуска run_gubbins.py <myalignment.aln> Я получаю ошибку Traceback (most recent call last): File "/home/cjreid/miniconda3/e…
15 авг '18 в 07:07
1
ответ
Добавление новых узлов в дерево с помощью dendroPy
Я хотел бы создать дерево путем динамического добавления узлов в уже существующее дерево в DendroPy. Итак, вот как я продолжаю, >>> t1 = dendropy.Tree(stream=StringIO("(8,3)"),schema="newick") Теперь это создает небольшое дерево с двумя доч…
10 ноя '14 в 02:24
1
ответ
Используя python 3.x, как я могу передать объект Tree из ete3 в DendroPy без записи в файл
Я использую пакет ete3 в python для построения филогенетических деревьев из данных, которые я сгенерировал с помощью стохастической модели, и он работает хорошо. Ранее я записывал эти деревья в формат newick, а затем использовал другой скрипт с паке…
02 июн '16 в 13:43
0
ответов
UnicodeDecoderror: кодек "ascii" не может декодировать байт 0xe9 в позиции 5: порядковый номер не в диапазоне (128)
Я не программист, даже не продвинутый в программировании, поэтому, пожалуйста, будьте помешаны на моем вопросе:D Дело в том, что я биолог, и я только начал немного учиться программированию (я должен). Я пытался установить dendropy/sumtrees через пит…
03 ноя '15 в 21:35
0
ответов
Как передать объект Dendropy с метаданными в ete3 в python3?
Если у меня есть дерево дендропии, которое я аннотирую некоторыми метаданными, например, с некоторыми таксономиями, как я могу преобразовать все дерево с метаданными в объект ete3? import dendropy t = dendropy.Tree.get_from_string("(A,(B,(C,D)));", …
07 июн '18 в 14:44
1
ответ
Dendropy: добавьте внутренний узел посередине между двумя узлами
Я новичок в DendroPy. То, что я хочу сделать, кажется простым, но я не могу понять, как это сделать правильно, и я ничего не нашел в Интернете. Я хочу добавить узел посередине между двумя узлами в существующем корневом дереве dendropy. from dendropy…
19 май '22 в 15:52
0
ответов
Импортируйте данные SNP в DendroPy для анализа popgen.
Я пытаюсь рассчитать популяционно-генетическую статистику с помощью DendroPy, и мне нужна помощь в чтении моих данных. У меня был файл SNP .vcf от 8 особей одного вида и одной популяции. Я преобразовал этот файл в файл Philip, чтобы иметь возможност…
03 окт '22 в 21:38