Описание тега ape-phylo

Описание тега Вопросы с тегом
Ape - это пакет R для выполнения филогенетического анализа и построения филогенетических деревьев.
2 ответа

Сделать матрицу символов 0/1 из случайного филогенетического дерева в R?

Можно ли сгенерировать 0/1 матрицы символов, подобные тем, которые показаны ниже справа от раздвоенных филогенетических деревьев, таких как слева. 1 в матрице указывается наличие общего символа, объединяющего клады. Этот код генерирует красивые случ…
27 янв '19 в 15:52
1 ответ

Реконструкция филогенетического предка: укажите модель изменения состояния однонаправленного персонажа [ape][phytools]

Допустим, у меня есть филогенетическое дерево и некоторые символьные данные для моего дерева. У меня есть один символ, который, я знаю, является однонаправленным: скорость перехода от 0 до 1 положительна, но скорость перехода от 1 до 0 равна нулю (н…
05 мар '15 в 17:09
2 ответа

Мультитропроцессинг и rpy2 (с ape)

Я столкнулся с этим сегодня и не могу понять, почему. У меня есть несколько связанных между собой функций, которые выполняют некоторые трудоемкие операции как часть большого конвейера. Я включил их здесь, сравнивая с тестовым примером, как мог. Проб…
04 июн '14 в 05:23
1 ответ

ape package - распечатать сгенерированное дерево

Я использую ape пакет в R для генерации филогенетических деревьев. Я хотел бы распечатать сгенерированное дерево в формате png, чтобы я мог передать изображение на веб-сайт. Я не могу найти команды для печати сгенерированного дерева (если это возмож…
09 апр '18 в 15:27
5 ответов

Как свернуть ветки в филогенетическом дереве по метке в их узлах или листьях?

Я построил филогенетическое древо для семейства белков, которое можно разделить на разные группы, классифицируя каждую по типу рецептора или типу ответа. Узлы в дереве помечены как тип рецептора. В филогенетическом древе я вижу, что белки, принадлеж…
21 дек '15 в 20:39
1 ответ

Свернуть кладу кончиками надписей, сохраняя филогенетическое положение

Возможно, я мог бы лучше сформулировать заголовок, но я хочу свернуть любую кладу в филогенетическом дереве (даже если у клады есть один член), у которой есть метка кончика "foo", а затем подсчитать количество кончиков, которые были отброшены из это…
09 сен '16 в 03:34
1 ответ

Разверните график R, чтобы разместить метки на кладограмме

Я возился с pin, mar и oma с этим графиком, но я не могу понять волшебную комбинацию, которая будет соответствовать меткам подсказок для графика, созданного с помощью кода ниже. Любой совет будет принята с благодарностью. library(ape) archosaurs &lt…
22 окт '15 в 00:11
1 ответ

Я хочу иметь возможность манипулировать объектами в классе 'phylo' - т.е. округлить / превратить мои значения начальной загрузки из десятичных чисел (.998) в проценты (99%)

Я использую RStudio, программы Ape и phytools, Я сгенерировал дерево с 500 репликами начальной загрузки, хранящимися в объекте класса phylo, куда cw это имя моего дерева, я пробовал следующее: round(cw, digits = 2) и я получаю следующее сообщение об…
11 авг '18 в 23:09
1 ответ

Переименовать phylo tip label

Я хочу дать виду новое имя в моем дереве класса phylo (с использованием ape пакет). Я старался: tree$tip.label["speciesX"] <- "speciesY" Это не делать то, что я хотел. Какие-либо предложения?
04 ноя '18 в 17:15
2 ответа

Объединить филогенетическое дерево с графиком x,y

Я пытаюсь расположить филогенетическое дерево на графике, показывающем физиологические данные для набора родственных организмов. Нечто подобное на картинке ниже. Это было собрано в PowerPoint из 2 отдельных графиков. Я предполагаю, что это выполнит …
22 июл '13 в 23:01
1 ответ

Ошибка floating.pie при использовании nodelables из пакета ape

Я получаю ошибку при использовании ARD-модели функции туза в R. Ошибка Ошибка в floating.pie.asp(XX[i], YY[i], pie[i, ], radius = xrad[i], col = piecol): плавающее значение.pie: x должно быть неотрицательным library(ape) library(phylobase) tree <…
28 май '15 в 16:27
1 ответ

Расчет Морана I с 4000 записей

У меня 4000 записей объема на плантации деревьев. Мне нужно рассчитать Моран I для всей плантации. Я использую библиотеку обезьян, потому что говорят, что spdep медленнее. Мой код такой: # Modified from http://www.ats.ucla.edu/stat/r/faq/morans_i.ht…
21 сен '13 в 11:35
1 ответ

Как можно проанализировать черту, где у меня есть данные о нескольких людях на каждом конце моего филогенетического дерева?

Я новичок в филогенетических анализах, и я использую ape библиотека для анализа нейроанатомических признаков 34 приматов из 28 различных видов. Я использовал 10ktrees, чтобы получить консенсусное филогенетическое дерево (с 28 советами). Однако я не …
12 май '18 в 10:03
0 ответов

Как рассчитываются пропорции клад и пропорции бипартиций в `ape`?

Рассмотрим следующий набор данных: fictional.df <- data.frame(L1 = c(0,0,0,0,0,0,0,0), L2 = c(0,1,0,0,0,1,1,0), L3 = c(1,1,0,1,1,1,1,1), L4=c(0,0,1,1,0,0,0,0)) Я преобразовал это в phyDat объект, а затем создал матрицу попарного расстояния следую…
02 ноя '18 в 17:03
1 ответ

Цветные линии для тангелграма - пакет обезьяньей функции, копилоплот

Я пытаюсь провести филогенетическое сравнение двух деревьев, которые содержат одинаковые таксоны. Я хочу покрасить соединения на основе сайта изоляции. Я думал, что выполнил это успешно, но есть ошибка в моем рабочем процессе, то есть цветные линии …
16 май '17 в 16:09
1 ответ

Построение черт на филогении

Я следую этому руководству о том, как нанести черты на филогению для определения консервативности черт. Я следовал этому шаг за шагом, но, похоже, не могу заставить ни состав сообщества, ни черты характера по филогении работать вообще для моих набор…
13 окт '18 в 19:32
2 ответа

Пропуск медленных задач в цикле в R

Я пытаюсь запустить симуляцию в R, где я создаю целую кучу филогенетических деревьев. Моделирование дерева представляет собой небольшую проблему, потому что время его выполнения сильно варьируется, иногда 0,005 секунды, а иногда минуты. Я хочу избеж…
13 сен '17 в 16:40
2 ответа

Как сгенерировать вывод дерева Ньюика из матрицы попарных расстояний

Я хотел бы производить филогенетические деревья из генетических данных. Я нашел несколько пакетов для рисования дерева в R и Python, которые выглядят великолепно, например, ggtree в R. Но они требуют ввода данных, которые уже в древовидном формате, …
08 окт '18 в 05:30
1 ответ

Как изменить семейство шрифтов с метками подсказок в филогенетическом дереве в пакете R ape при сохранении в devSVG?

У меня есть несколько филогенетических деревьев, импортированных в R из формата Newick. Я использую ape пакет для построения деревьев с plot.phylo команда. Я хотел бы иметь возможность изменить семейство шрифтов (не только размер, который я могу сде…
01 мар '12 в 16:51
1 ответ

Объединение избыточных узлов в филологическом объекте

У меня есть phy-объект, zphylo, в R, который при построении графика выглядит следующим образом: library(phytools) plotTree(zphylo) + nodelabels() https://stackru.com/images/4108d1020d7bcc1fb95 af917d0255d50708fb618.png Только узлы, обозначенные 85 и…
20 фев '19 в 18:22