Описание тега dendrogram
Дендрограмма (или древовидная диаграмма) - это граф, используемый для представления отношений в иерархической кластеризации.
1
ответ
Как поместить Label в дендограмму в Matlab, используя функцию дендрограммы (дерево, имя, значение)?
Я попробовал следующую ссылку (к сожалению, не сработало): Связанные метки на графике дендрограммы - MATLAB Вместо идентификаторов станций, у меня будет PDBId. Моя проблема: я создаю дендрограмму из CSV-файла "Similarity_nogrp.csv": PDBId 0 1 2 3 4 …
13 апр '17 в 02:35
1
ответ
R heatmap.2 (gplots) доступ к данным дендограммы
В R I используйте heatmap.2 (из пакета gplots) для кластеризации и визуализации некоторых данных. Я хотел бы получить доступ к дендрограмме столбцов (кластеров) для дальнейшего манипулирования моими данными. Например: x = matrix(runif(250), nrow= 50…
10 янв '14 в 09:46
1
ответ
Что на самом деле делает "слияние" применительно к дендрограммам в R?
У меня проблемы с пониманием того, что R функция merge точно при слиянии двух дендрограмм. Актуальный вопрос: Как получается высота узла (слияние двух деревьев)? Тот факт, что дендрограммы, построенные с помощью различных методов агломерации, также …
24 янв '16 в 11:09
1
ответ
Сципи дендрограмма с именами
В своей работе я использую пример дендрограммы из этого поста, но также хотел бы отслеживать, какая строка / столбец принадлежит какой части данных. Я редактировал код с записями имен данных как names следующим образом и хотел бы распечатать имена в…
23 июн '16 в 19:07
1
ответ
R строит верхнюю дендрограмму на основе k
Я кластеризовал матрицу расстояний на основе данных столбца 20000 x 169 в R, используя hclust(). Когда я преобразовываю кластерный объект в дендрограмму и строю всю дендрограмму, ее трудно читать, потому что она очень большая, даже если я вывожу ее …
15 янв '16 в 20:50
1
ответ
Функция для применения идентификатора к узлам в дендрограмме
Я хотел бы знать, есть ли функция, которая применяет идентификатор ко всем узлам в данной дендрограмме (двоичное дерево). Поэтому я хочу функцию, которая после этого на данном дереве будет делать следующее: attr(tr,"ID") ## should give 1 or 1 attr(t…
09 сен '12 в 23:59
2
ответа
R Как убрать метки с дендрограммы?
Как я могу удалить все эти ярлыки этого сюжета? Или, может быть, даже лучше, как я могу сделать его читабельным? Я создал это с помощью этой команды: plot(hclust(distance), main="Dissimilarity = 1 - Correlation", xlab= NA, sub=NA) Я прочитал несколь…
13 дек '17 в 22:31
2
ответа
Рассчитать порядок листьев дендрограммы
У меня есть пять точек, и мне нужно создать дендрограмму из них. Функция "дендрограмма" может быть использована для определения порядка расположения этих точек, как показано ниже. Тем не менее, я не хочу использовать дендрограмму, так как она медлен…
24 сен '12 в 20:30
1
ответ
Пометьте и раскрасьте каждое название образца другим цветом с помощью Deprogram в R
Может кто-то помочь мне, пожалуйста? Я пытаюсь нарисовать дендрограмму, используя матрицу расстояний ДНК, используя следующий код. Кажется, все в порядке, но мне кажется, что у каждого экземпляра нет другого цвета; Файл моей матрицы расстояний наход…
19 сен '14 в 15:09
1
ответ
Тепловая карта дендрограммы на основе корреляции в R
У меня есть тепловая карта, которая выглядит так в R: col<- colorRampPalette(c("red","white", "blue"))(10) library("gplots") heatmap.2(qq,scale="none",col=col,trace="none",density.info="none",dendrogram="column") Но затем я сделал отдельный класт…
07 ноя '16 в 21:15
1
ответ
Дендрограмма MATLAB Heatmap не отображает имена столбцов, когда существует много имен
У меня есть список белков и значений для каждого белка на основе трех различных экспериментальных условий (альфа, бета и гамма). Массив, содержащий значения, называется 'heatmap_data'. Название белков в массиве называется: "текст" Я создал тепловую …
09 май '17 в 15:32
1
ответ
Связь между координатами графика дендрограммы и узлами кластера в scipy
Я ищу способ получить координаты точки кластера на графике дендрограммы, основываясь на его возвращении ClusterNode по to_tree. Использование scipy для построения дендограммы из таких данных, как: X = data Y = pdist(X) Z = linkage(Y) dend = dendrogr…
20 апр '17 в 08:05
1
ответ
Создание дендрограммы с помощью ggdendrogram
Я делаю кластерный анализ и создаю дендрограмму. я использовал ggdendrogram пакет и хотите использовать его вывод в ggplot2, Интересно, как получить те же самые X-метки, что и листовые? Спасибо D1 <- as.dist( matrix( data= c( 0, 9, 3, 6, 11 , 9, …
08 май '13 в 04:35
0
ответов
R блестящий, построите иерархическую сегментацию, где пользователь может ввести уровень среза
В R Shiny я запускаю и строю (через дендрограмму) иерархическую сегментацию: hc <- reactive({ if(length(kc()) == 0){ return(NULL) }else{ hc <- hclust(dist(kc()$centers), method="ward.D") return(hc) } }) output$hc_plot <- renderPlot({ if(is.…
22 мар '17 в 11:24
1
ответ
Создать древовидную диаграмму
У меня есть данные о компании, которые я хочу визуализировать с помощью древовидной диаграммы. Это означает, что их бренды вложены в классы, вложены в подгруппы, вложены в подразделения ( http://www.bayer.com/en/products-from-a-to-z.aspx). Несмотря …
10 июн '13 в 13:06
2
ответа
Как изменить размер метки графика R
Я делаю кластерный график из моих данных. Я закончил весь сюжет, но мой текст метки слишком большой, чтобы можно было правильно прочитать сюжет. У любого есть идеи, как сделать ярлыки меньше. Я использую пакет "sparcl", и моя функция: ColorDendrogra…
24 окт '12 в 09:23
1
ответ
Увеличьте расстояние между листьями и метками в ggplot2 дендрограмме
Мне нужно построить кластеризацию дендрограммы, используя ggplot2, Для создания объекта дендрограммы я использую as.ggdend() функция от dendextend пакет. Тем не менее, пространство между листьями и этикетками очень мало (см. Рисунок ниже). Есть идеи…
23 авг '17 в 12:20
1
ответ
Python Как сделать дендрограмму из кадра данных
Я пытаюсь найти дендрограмму данных, созданных с помощью пакета PANDAS в Python. Пример данных приведен ниже. import numpy as np from pandas import * import matplotlib.pyplot as plt from hcluster import pdist, linkage, dendrogram from numpy.random i…
20 сен '12 в 20:36
1
ответ
Как я могу скрыть корневой элемент в дендограмме d3
У меня есть следующий код var m = [20, this.settings.get("margin_right"), 20, this.settings.get("margin_left")], w = width - m[1] - m[3], h = height - m[0] - m[2], i = 0; var tree = d3.layout.tree() .size([h, w]); var diagonal = d3.svg.diagonal() .p…
21 окт '16 в 12:40
1
ответ
Простая дендрограмма в R с первым столбцом данных в качестве меток
Я создал дендрограмму в R с помощью команды ниже... Я пытался найти команду, чтобы заменить число названием округа, которое является первым столбцом в наборе данных, или загрузить график с названием округа вместо номера. Если кто-то может помочь, эт…
09 апр '16 в 20:22