Описание тега bam
Формат «Двоичная карта выравнивания» (BAM) является одним из распространенных двоичных форматов, используемых для хранения информации о выравнивании последовательностей ДНК/РНК. Вопросы должны включать этот тег, если они непосредственно относятся к самому формату, сведениям об использовании файла BAM или ошибкам, связанным с вероятным искажением файлов BAM. Также включает формат Sequence Alignment/Map (SAM), который представляет собой удобочитаемую версию формата BAM.
0
ответов
Оценить расстояние редактирования до ссылки для подмножества баз при чтении (файлы BAM)
Я новичок в файлах bam/sam, но я хотел бы оценить расстояние редактирования до ссылки (NM) не на всей длине моих чтений, а только на подмножестве баз для каждого чтения. Представьте, что я прочитал длину 100 бит / с, и на самом деле у меня есть расс…
17 фев '21 в 01:18
0
ответов
Подвыборка файла BAM для включения только чтений, длина которых превышает X
У меня есть несколько файлов .bam (выровненных с bwa), и я хотел бы сгенерировать файл подмножества .bam, который включает только чтения выше 50bp (длина чтения, а не выровненная длина). Есть ли способ сделать это из файла bam? Или мне следует верну…
26 мар '21 в 01:07
0
ответов
R mgcv: автокорреляция bam с пропущенными значениями
У меня есть данные эксперимента. Участники ответили на некоторые вопросы, и я хочу спрогнозировать время ответа на основе некоторых показателей. Время отклика в испытании t коррелирует со временем отклика в t-1. Моя -модель ( mgcv-package) выглядит …
13 апр '21 в 13:41
0
ответов
Используйте динамический вывод в snakemake для разделения файлов BAM
Я пытаюсь использовать правила Snakemake для разделения и обработки больших файлов BAM. в правиле splitBam я разделяю Bam на динамические выходы, которые пытаюсь использовать в правиле Count. когда я пробую это, я получаю сообщение об ошибке: data/r…
01 май '21 в 21:33
0
ответов
Извлечение операций чтения и сопряжения с вариантными позициями из файла BAM и файла vcf с использованием Python (также можно использовать PYSAM и PYSAM, bamnostics)
Я использую Python и библиотеки PYSAM и PyVCF для обработки данных. Привет! Предположим, у меня есть файл bam и файл vcf, содержащий результаты вызова вариантов. Я хочу извлечь чтения и маты, в которых есть варианты. Предположим, что в мате есть вар…
12 май '21 в 02:00
0
ответов
Сортировка файла Bam выполняется очень медленно
Я пытаюсь использовать функцию сортировки samtools для сортировки файла BAM (с именем PT2) (размер 180 мегабайт), который не велик. Сортировка никогда не заканчивается, и сообщение об ошибке не появляется. Я проверил память виртуальной машины Ubunto…
06 июн '21 в 17:00
0
ответов
Что ограничивало мое приложение «Parallel.For»?
Используя VS2019, C#.net 5.0, я написал приложение, которое вычисляет матрицу расстояний от 16000 до 16000 точек с двумя вложенными Parallel. Parallel.For(0, countA, k => { Parallel.For(0, countB, i => { SumofSquareDifference(k, i); }); }); он…
06 июн '21 в 12:04
2
ответа
Как использовать pysam.view() для преобразования SAM в BAM
Я хотел бы преобразовать свой файл SAM в BAM с библиотеки помощьюpysam. Я пытаюсь написать эту команду из samtools: samtools view -S -b sample.sam > sample.bam как код на Python, например: pysam.view("-S", "-b", "sample.sam", ">", "sample.bam"…
05 июн '21 в 14:39
0
ответов
Извлечь имена чтения и связанные нуклеотиды в определенных позициях из файла BAM (в R)
Предположим, у меня есть файл BAM и несколько позиций, которые я хотел бы более внимательно изучить в этом выравнивании. Моя цель - выяснить, находятся ли эти позиции в одних и тех же считываниях и какие нуклеотиды находятся в этих двух положениях. …
20 авг '21 в 23:51
0
ответов
Код функции обработки файлов BAM с parseargs в Python и Ubuntu
Я пытаюсь адаптировать фрагмент кода для извлечения информации о конкретных элементах в файлах BAM. Вот что у меня есть на данный момент: import pysam import pandas as pd import argparse args = [] def parseargs(required_args=True): class formatter(a…
17 сен '21 в 21:28
0
ответов
Выровнять файлы генома .bam с файлом .fna в Python?
У меня нет опыта в области биоинформатики, но я столкнулся с задачей, в которой мне не хватает подсказки, как продолжить работу с языком программирования Python. На ftp-сервере есть несколько папок (Reads), каждая из которых включает файл .bam. Эти …
29 сен '21 в 20:37
0
ответов
Как решить ошибку "изображение не найдено" в macos bigsur?
Я хочу запустить samtool, чтобы преобразовать sam в файлы bam. Однако, когда я пытался запустить его, результат всегда был таким: (base) kristintalia@Kristins-Air ~ % samtools view dyld: Library not loaded: @rpath/libcrypto.1.0.0.dylib Referenced fr…
21 окт '21 в 13:46
0
ответов
Преобразование файлов BAM в FASTQ с помощью Google Colab
Я пытаюсь преобразовать файлы BAM из секвенирования Ion Amplicon в файлы FASTQ. Я использую Google Collaboratory. Я буду использовать файлы FASTQ в R для конвейера DADA2. Любая помощь будет принята с благодарностью.
04 ноя '21 в 12:11
0
ответов
В файл ткацкого станка, созданный с помощью velocyto.py, не включены митохондриальные гены.
Я передаю файл 10X BAM в файл ткацкого станка с помощью velocyto.py и использую Scanpy для кластеризации ячеек. Однако при обработке данных с помощью Scanpy я обнаружил, что в файле ткацкого станка нет генов мито, см. Ниже. введите описание изображе…
16 ноя '21 в 00:28
0
ответов
Как я могу изменить координаты из моего файла Bam с настраиваемого алигента генов на весь геном?
Я выполнил привязку моих чтений к ссылке, которая содержит только интересующие меня области гена (секвенирование на основе захвата), потому что я хотел сократить время анализа. Из-за этого мои файлы BAM и VCF относятся к этим регионам, а не ко всему…
16 дек '21 в 11:56
0
ответов
Визуализируйте файл BAM с несколькими геномами
Я хочу визуализировать BAM-файл с несколькими геномами. Я отсортировал его с помощью samtools и тоже получил индексный файл. Сначала я попробовал Qualimap, но когда было произведено покрытие по эталону, это не получилось, так как значения перекрывал…
04 янв '22 в 10:54
1
ответ
Поиск и извлечение строки из большого файла, соответствующей строкам другого большого файла
Я позволил себе создать новый вопрос, поскольку некоторые параметры резко изменились по сравнению с моим первым вопросом при оптимизации моего сценария bash (оптимизация моего сценария, который выполняет поиск в большом сжатом файле ) Вкратце: я хоч…
14 дек '20 в 21:40
1
ответ
Ошибка при попытке предсказать без случайного эффекта от вывода bam()
У меня есть набор данных, который я пытаюсь подогнать с помощью bam() в пакете mgcv. Модель имеет бинарный результат, и мне нужно указать случайные перехваты для каждого идентификатора животного. Подмножество данных приведено ниже (мои фактические д…
22 дек '20 в 21:56
0
ответов
Почему определенная строка «samtools view» не работает после grep?
Я хочу извлечь список имен чтения, один из которых однозначно сопоставлен, а другой - мультисопоставлен. Однако после некоторых проб и ошибок я нашел 1-й ряд samtools view -@ 6 XXX.sorted.bam | if grep -q XS:i: ; then awk '{print $0}' ;else:;fi | he…
18 июл '21 в 13:18
1
ответ
Несколько выходов для ввода одного списка - объединение файлов BAM в Nextflow
Я пытаюсь объединить x файлов bam, созданных путем одновременного выполнения нескольких выравниваний (в пакетах из y файлов fastq), в один файл bam в Nextflow. Пока у меня есть следующее при выполнении выравнивания и сортировки/индексации полученног…
04 мар '21 в 13:20