Описание тега snakemake
Snakemake - это система управления рабочим процессом с языком спецификаций в стиле Python.
0
ответов
Абсолютные пути к файлам Snakemake не распознаются в правиле, когда путь к файлу указан как целевой
Snakefile: rule A: output: "/Volumes/rnaseq/x.txt" Команда: snakemake -s t1 /Volumes/rnaseq/x.txt Выход: MissingRuleException: No rule to produce ../../../../../../../Volumes/rnaseq/x.txt (if you use input functions make sure that they don't raise u…
25 сен '17 в 06:25
0
ответов
Snakemake не распознает файлы со ссылками в качестве входных файлов
Я запускаю конвейер snakemake для пары файлов, которые я создал по символической ссылке из другого каталога. Тем не менее, кажется, что файл snakemake не распознает входные файлы, когда они имеют символические ссылки. Это должно произойти, или есть …
09 апр '18 в 17:04
1
ответ
Выполнить одно правило условно для входных файлов
Я только начал изучать Snakemake, так что, возможно, это наивный вопрос. Мне нужно, чтобы правило запускалось в два разных момента конвейера, используя разные входы и создавая разные выходы. Позвольте мне сделать глупый пример. Допустим, у меня есть…
09 янв '19 в 11:05
0
ответов
Определение функций для Geany "FILETYPE"
Я использую Geany в качестве моего текстового редактора. Я начал работать над snakemake, который с точки зрения синтаксиса представляет собой Python с несколькими изменениями. Функции Python определяются следующим образом: def bla: bunch_of_code sna…
04 янв '17 в 13:59
1
ответ
Как Snakemake анализирует slurm jobid с использованием --cluster-status и sacct used
Я бегу большой snakemake (v5.3.0) конвейер с использованием slurm планировщик (v14.11.4). К сожалению, ~1/1000 заданий аварийно завершают работу с NODE_FAILED (ExitCode 0), который snakemake не распознает, что приводит к половине готовых выходных фа…
23 дек '18 в 20:34
3
ответа
Snakemake: Как мне использовать функцию, которая принимает подстановочный знак и возвращает значение?
У меня есть файлы cram(bam), которые я хочу разделить по группе чтения. Это требует чтения заголовка и извлечения идентификаторов группы чтения. У меня есть эта функция, которая делает это в моем файле Snakemake: def identify_read_groups(cram_file):…
12 окт '17 в 16:25
1
ответ
Snakemake хочет запустить задание, хотя выходной файл уже существует
У меня есть рабочий процесс, который начинается с загрузки файлов из общедоступной базы данных, а затем на последующих этапах обрабатывает эти файлы для создания нескольких таблиц агрегированных данных. Я тестирую рабочий процесс на машине без подкл…
19 сен '18 в 17:42
1
ответ
Как передать функцию под директивой запуска snakemake
Я строю рабочий процесс в SnakeMake и хотел бы переработать одно из правил для двух разных источников ввода. Входными источниками могут быть либо source1, либо source1+source2, и в зависимости от входных данных выходной каталог также может отличатьс…
21 июл '17 в 20:09
1
ответ
Как получить базовое имя для подстановочных значений в правиле вывода snakemake?
В следующем примере выходные файлы будут созданы в том же месте, что и входные файлы. Есть ли способ получить базовое имя подстановочного значения в разделе вывода, чтобы я мог использовать базовое имя входного файла, чтобы назвать выходной файл, но…
08 мар '17 в 15:27
0
ответов
Возможно ли иметь более одного динамического подстановочного знака в моем конвейере snakemake?
У меня есть рабочий конвейер snakemake с динамическим подстановочным знаком. Однако, когда я пытаюсь добавить новые правила, которые используют новый / другой динамический подстановочный знак, тогда все перестает работать. Мой вопрос: могу ли я имет…
14 ноя '18 в 13:49
1
ответ
Змейка, проблема с "лямбда-символами, попытками, потоками"
Я использовал snakemake для реализации нового инструмента в конвейере, и у меня были некоторые проблемы с этими строками: resources: # Samtools sort requires by default 768M per threads # Here, be set the maximum amount of memory are 1.5Go per threa…
10 сен '18 в 15:27
0
ответов
Snakemake: динамический + нединамический вывод
У меня есть случай использования, в котором правило генерирует произвольное количество файлов "контрольных точек" и один выходной файл. Например, "example.input" будет производить: example_000.checkpoint example_001.checkpoint ... example_093.checkp…
09 авг '17 в 20:10
2
ответа
Snakemake: избегайте удаления выходных файлов перед выполнением команды оболочки
Есть ли возможность избежать удаления выходных файлов, определенных в правиле snakemake, перед выполнением команды оболочки? Я нашел описание этого поведения здесь: http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/project_info/faq.html Я пытаюсь определить…
08 мар '18 в 16:33
0
ответов
Использование других файлов на основе динамических выводов со смешанными нединамическими подстановочными знаками в snakemake
Я пытаюсь использовать Snakefile, который делает что-то вроде этого: rule split_files: input: '{pop}.bam' output: dynamic('{pop}_split/{chrom}.sam') shell: "something" rule work: input: sam='{pop}_split/{chrom}.sam', snps='snps/{chrom}_snps' output:…
01 фев '18 в 03:00
2
ответа
Может ли SnakeMake быть принудительно перезапущен при отсутствии файлов?
Когда файл, созданный ранее в конвейере, удаляется, SnakeMake, похоже, не считает, что это проблема, если существуют более поздние файлы: rule All: input: "testC1.txt", "testC2.txt" rule A: input: "{X}{Y}.txt" output: "{X}A{Y}.txt" shell: "cp {input…
31 авг '17 в 20:44
2
ответа
Snakemake: Как динамически установить ресурс памяти в зависимости от размера входного файла
Я пытаюсь основать выделение памяти моего кластера для данного правила на размере входного файла. Возможно ли это в змейке и если да, то как? До сих пор я пытался указать его в resource: раздел вроде так: rule compute2: input: "input1.txt" output: "…
16 июн '18 в 20:10
2
ответа
Snakemake: как поддерживать значение экземпляра в виде змеи в нескольких экземплярах одного вызова
Я хочу сохранить некоторую информацию в коде python, который является частью моего файла snake, и сделать эту информацию доступной для кода python в каждом экземпляре, который snakemake создает при запуске рабочего процесса. Но отдельный прогон рабо…
03 июл '18 в 05:47
2
ответа
Установите старую версию snakemake
Мне нужно установить версию 4.7.0 snakemake, но я не могу ее найти. Не могли бы вы сказать мне, где я могу получить старые версии программного обеспечения? Я попробовал репозиторий bitbucket, но не смог найти ничего, кроме последней версии.
14 ноя '18 в 17:37
1
ответ
Snakemake: объединение входов с разными суффиксами в вывод с одинаковыми суффиксами
Хорошо, я целый день пытался решить эту проблему, но безрезультатно... Я работаю с загрузкой и анализом данных РНК-секвенирования, и мой анализ включает общедоступные наборы данных, которые бывают двух видов: одностороннее чтение и парное конец чита…
20 окт '17 в 19:23
1
ответ
Как выразить явные и неявные правила в Snakemake?
Чтобы понять Snakemake, я хочу сравнить традиционный пример Makefile со Snakemake. Есть хорошая вводная страница, чтобы сделать с образовательным примером для предварительных условий: # source: http://www.jfranken.de/homepages/johannes/vortraege/mak…
13 ноя '16 в 10:13