Описание тега sequencing
5
ответов
Как сбросить порядковые номера, чтобы они стали последовательными?
У меня есть таблица mysql, где каждая строка имеет свой порядковый номер в столбце "sequence". Однако, когда строка удаляется, она оставляет пробел. Так... 1 2 3 4 ... становится... 1 2 4 Есть ли удобный способ "сбрасывать" последовательность, чтобы…
14 авг '11 в 13:55
1
ответ
Повторное секвенирование на основе значения столбцов
Я действительно новичок в R, так что извините, если не понимаю. У меня есть DF с данными, собранными в нескольких разных областях, под названием STAND. Мне нужно создать последовательность для моих данных, работающих с 1:3, но она должна перезапусти…
02 окт '13 в 15:12
1
ответ
Последовательность разрушения параметров функции
Согласно C++14 [expr.call]/4: Время жизни параметра заканчивается, когда возвращается функция, в которой он определен. Кажется, это подразумевает, что деструктор параметра должен быть запущен до того, как код, вызвавший функцию, продолжит использова…
03 окт '16 в 04:57
3
ответа
Python: разграничить последовательные регионы
У меня есть.txt, такие как (табуляция разделена): 1 2345 1 2346 1 2347 1 2348 1 2412 1 2413 1 2414 Первые четыре последовательные строки содержат последовательные целочисленные значения с 2345 по 2348. Точно так же последние три строки содержат посл…
19 мар '13 в 16:36
2
ответа
Сократить нумерацию, например, 1,2,5,6,7 становится 1,2,5-7
Мне было поручено укоротить последовательность чисел, заменив внутренние последовательности из 3 или более тире для внутренних чисел (например, 3,5,6,7,8,10 будет 3,5-8,10)
27 июл '15 в 16:07
1
ответ
Рекурсивная функция Python превышает предел рекурсии. Как я могу преобразовать это в итерацию
Я создал функцию, которая читает списки пар идентификаторов (то есть [("A","B"),("B","C"),("C","D"),...] и последовательности). идентификаторы от начала до конца, включая любые ветви. Каждый список упорядоченных идентификаторов содержится в классе, …
16 авг '11 в 18:17
1
ответ
Обрезка MIDI-файла с помощью AudioKit
Я пытаюсь обрезать и зациклить определенную часть файла MIDI, используя AudioKit, Я использую секвенсор и нашел пару вещей, которые близки к тому, что мне нужно, но не совсем. Я нашел метод в AKSequencer называется clearRange, С помощью этого метода…
26 окт '17 в 17:15
2
ответа
Повторное упорядочение столбца с идентификатором в Postgresql
Следующий код работает и создает временную таблицу с порядковым номером, который перезапускается для каждого нового имени: with results as (select row_number() over (partition by name order BY name) as mytid,name from telephn_table) select * from re…
17 май '11 в 20:57
0
ответов
Проблемы запуска разработанных конвейеров NGS для кода Python
Я пытаюсь проанализировать некоторые результаты секвенирования следующего поколения, и у меня возникла проблема с запуском спроектированных конвейеров. Я скачал и распаковал файл python_scripts.tar.gz, содержащий команды python, однако, когда я запу…
11 дек '17 в 14:28
2
ответа
Обработка файлов FASTQ на основе длины пары сопряжений
Следующие файлы являются двумя сопряженными файлами парного конца fastq, я хочу разделить каждый fastq на основе их длины. mate1.fq: @SRR127.1 TGGTTATGATGTTTGTGTAGGAATAGAAATTTTGATTAAGATATTAGTGAAATTTGAATGTAGTTTATTTGGAAGTTATGGAGAGTTTATATTGTATTTATGTTTA…
01 май '15 в 08:50
3
ответа
Grep, который допускает несоответствия подмножеству.fastq
Я работаю с Bash на кластере Linux. Я пытаюсь извлечь чтения из файла.fastq, если они содержат совпадение с запрашиваемой последовательностью. Ниже приведен пример файла.fastq, содержащий три чтения. $ cat example.fastq @SRR1111111.1 1/1 CTGGANAAGTG…
13 дек '18 в 18:58
2
ответа
Очистка форума Scrapy, стратегии синхронизации между конвейером статей и обработчиками запросов
Отказ от ответственности На этот вопрос сложно ответить напрямую, и вам нужно иметь хорошее понимание scrapy и последовательности программ, чтобы ответить на него. Мне трудно свернуть вопрос в нечто более простое, чтобы ответить прямо. AFAIK нельзя …
23 июн '12 в 17:21
1
ответ
Как бы я переименовал изображения последовательно, которые находятся в структуре каталогов, используя Automator
(У меня есть папка Music Library - внутри нее есть папки и подпапки - в подпапках есть изображения - мне нужно переименовать эти изображения в cover.xxx cover1.xxx cover2.xxx и т. Д. И повторить для каждого каталога. Важно не изменять суффиксы, так …
20 дек '18 в 19:24
1
ответ
Использование R для секвенирования VCF-файлов следующего поколения
Я начинающий R Я использую R для анализа моего большого vcf-файла секвенирования следующего поколения, и у меня возникли некоторые трудности. Я импортировал очень большой файл vcf в виде фрейма данных (2446824 объекта из 177 переменных) и создал под…
01 сен '14 в 05:30
1
ответ
ValueError: требуется более 0 значений для распаковки (списки Python)
Я получаю сообщение об ошибке, пока пишу свой код tmp = c.pop(0) # taking out the first element from the list as the starting point complete = tmp[0][-1] print(complete) while c != []: complete += tmp[1][-1] [index] = [] for i, pair in enumerate(c):…
12 апр '15 в 01:30
0
ответов
Присвоение числовой последовательности двум переменным в R
У меня есть точки на карте, которые были помечены случайным образом. Мне нужно назначить последовательность (например, 1, 2, 3, ...) в новом столбце, чтобы местоположения точек были проиндексированы в широких строках (по диапазонам координатной пере…
10 апр '18 в 17:27
1
ответ
Как мне упорядочить методы в libgdx
Я использую libgdx, и у меня есть несколько игровых объектов с разными методами, я хочу, чтобы методы в моем таймере происходили один за другим, но в libgdx они происходят одновременно, я не знаю, как это исправить timer.scheduleTask( task = new Tas…
03 окт '15 в 17:15
2
ответа
Последовательно уменьшайте значения в столбце в R
В настоящее время я пытаюсь уменьшить значения в столбце на определенную общую сумму, пока эта сумма не достигнет нуля. Например, во фрейме данных, созданном этим кодом: df = data.frame(matrix(0,nrow=10,ncol=2)) colnames(df) <- c("AccountNumber",…
08 авг '16 в 20:48
1
ответ
GUID версии пакета в App-V 5.1
Я работаю с App-V 5.1. Мне интересно, что означает "GUID версии пакета" на вкладке [История изменений]? Это значение отличается от "GUID версии пакета" на вкладке [Свойства]. Кроме того, я не могу найти это значение после добавления пакета; публикац…
10 авг '16 в 15:40
1
ответ
Повышение производительности скрипта Python для фильтрации непарных операций чтения в паре файлов FASTQ
У меня есть парные данные о конце последовательности. Тем не менее, файлы не правильно спарены. Существуют непарные чтения, которые необходимо удалить, чтобы обеспечить согласованность файлов чтения пары. Хотя есть такие решения, как использование T…
09 апр '16 в 14:06