Описание тега pysam

Вопросы с тегом
Pysam - это модуль Python для чтения и управления файлами Samfiles. Это легкая оболочка C-API samtools. Pysam также включает интерфейс для tabix.
1 ответ

Заменить конкатенацию на соединение

У меня есть код, который приведен ниже: for pileupcolumn in samfile.pileup(max_depth = 1000000) : X.append(pileupcolumn.n) for pileupread in pileupcolumn.pileups: if (pileupread.alignment.mapping_quality <= 15): continue if not pileupread.is_del …
29 сен '17 в 22:26
0 ответов

Как использовать pysam.view для эмуляции всех функций представления samtools

Я пытаюсь использовать pysam.view(), чтобы отфильтровать определенные выравнивания из файла BAM. Проблема, с которой я сталкиваюсь, состоит в том, как включить несколько регионов в фильтр. pysam.view() эмулирует команду представления samtools, котор…
24 фев '16 в 10:26
3 ответа

Как кешировать чтения?

Я использую python/pysam для анализа данных секвенирования. В своем уроке ( pysam - интерфейс для чтения и записи файлов SAM) для помощника по команде говорится: "Этот метод слишком медленный для обработки с высокой пропускной способностью. Если для…
16 дек '15 в 01:37
0 ответов

Вопрос об установке pysam

Это Linux, использующий conda для установки pysam, и pip install pysam продолжать терпеть неудачу. После успешной установки pysam, pysam отображается в conda list и появляется в anaconda2/pkgs/но когда import pysam в Python 2.7.12 это не удалось Tra…
08 сен '16 в 05:32
1 ответ

Ошибка Python: OSError: ошибка при открытии файла `all_fprau.fasta`. Фаста файл слишком большой?

У меня есть скрипт, который выполняет поиск в файле CSV и файле fasta, и любые идентификаторы в обоих файлах будут использоваться для извлечения последовательности fasta из файла fasta. Это выглядит так: import os import shlex import subprocess impo…
27 июн '18 в 09:48
2 ответа

Не могу установить pysam с pip в Python 3.6

Macbook Mac OSX 10.12.6 Python 3.6.2 cython 0.28.5 pip 18.0 Я пытаюсь установить pysam: pip3 install pysam Он продолжает выдавать ошибку в: creating build/temp.macosx-10.6-intel-3.6/htslib/cram htslib/cram/cram_io.c:63:10: fatal error: 'os/lzma_stub…
21 сен '18 в 19:51
1 ответ

Фильтр RDD в Spark с использованием атрибута класса, предоставленного pysam

Я использую pysam, библиотека Python, для чтения файлов BAM в Spark. Я создал СДР, содержащий данные "БАМ". Когда я пытаюсь filter данные, используя атрибут query_sequence класса AlignedSegment(библиотека pysam), затем искра падает. Бег data.count()…
19 май '16 в 18:17
2 ответа

Не удалось установить pysam 0.13

Я не могу установить pysam 0.13 на macOS High Sierra. Подводя итог моим двум ошибкам: htslib/htslib/hts.h:142:9: error: missing ',' between enumerators json HTS_DEPRECATED_ENUM("Use htsExactFormat 'htsget' instead") = htsget, ^ , htslib/htslib/hts.h…
27 дек '17 в 10:56
1 ответ

Сообщение об ошибке при использовании многопроцессорной Python

Мне нужно преобразовать очень большой файл.bam в файл.bed, хотя я нашел решение, используя параллель bam2bed bedops, который поддерживает параллель SEG и gnuParallel, два кластера, к которым я могу получить доступ, поддерживают только планировщики р…
06 авг '15 в 15:33
2 ответа

Python- не могу установить HTSEq

Я не могу установить HTSeq в Python 3.6.1. Когда я пытаюсь установить, это дает мне эту ошибку: "AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'encoding'[0m 2"
09 июн '17 в 06:31
0 ответов

Многопроцессорность зависает после нескольких сотен заданий

Я пытаюсь использовать этот вопрос для обработки моего файла: многопроцессорная обработка Python для безопасной записи в файл Это моя модификация кода: def listener(q): '''listens for messages on the q, writes to file. ''' while 1: reads = q.get() i…
23 фев '18 в 21:30
1 ответ

Доступ к файлу Bam в определенном месте с помощью Pysam

У меня есть номер хромосомы и местоположение (chr1 и местоположение 1599812). Я хочу использовать модуль pysam в python для доступа к файлу bam для получения информации о числах чтения только для этого конкретного региона chr1 и местоположения 15998…
07 июн '15 в 18:52
1 ответ

Изменение ориентации обратной последовательности в файле fasta не работает

Я пытаюсь получить обратные последовательности, правильно ориентированные в файле. Это код: import os import sys import pysam from Bio import SeqIO, Seq, SeqRecord def main(in_file): out_file = "%s.fa" % os.path.splitext(in_file)[0] with open(out_fi…
01 авг '18 в 11:03
2 ответа

Сценарий snakemake имеет доступ к stdin / stdout для обработки потока

Для рабочего процесса Snakemake мне нужно манипулировать тегами во многих файлах BAM, и я хотел бы обработать их, передав их через скрипт ( используя директиву Snakemake script:). Конкретный способ, которым я делаю это, с обработкой потока pysam. in…
15 янв '19 в 20:36
1 ответ

Многопроцессный, различный процесс чтения одного и того же файла

Я пытаюсь смоделировать некоторые чтения последовательности ДНК, и, чтобы ускорить код, мне нужно запустить его параллельно. По сути, я пытаюсь сделать следующее: я выполняю выборочные чтения из человеческого генома, и я думаю, что один из двух проц…
20 фев '17 в 22:15
1 ответ

ValueError: ошибка во время итерации "Pysam"

Я столкнулся с этой ошибкой, и у меня возникли проблемы с ее устранением. Вот что я получаю: Traceback (most recent call last): File "afile.py", line 100, in <module> for col in bam.pileup( chrm, ps1, ps1+1,truncate=True): File "pysam/calignme…
12 июн '15 в 15:48
1 ответ

Файл BAM: получение всех прочтений на определенной позиции с помощью pysam

У меня есть BAM-файл с определенной позицией чтения 520817 (как видно из IGV). Однако, когда я использую pysam для получения имени для чтения и связанного с ним нуклеотида в определенной позиции, я не получаю это количество далеко (только около 7000…
24 сен '16 в 17:58
1 ответ

Samtools pysam mate

Я использую pysam для купли-продажи данных на.bam файлах. Я хочу проверить, есть ли у прочитанного сопоставленного помощника. Команда mate = samfile.mate(read1) выдает ошибку, если мат не отображается, так что если я делаю if samfile.mate(read1): ..…
15 дек '15 в 17:37
6 ответов

Невозможно выполнить 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc': нет такого файла или каталога (установка pysam)

Я пытаюсь установить pysam. После исключения: python path/to/pysam-master/setup.py build Эта ошибка выдается: unable to execute 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc': No such file or directory error: command 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc' failed with…
27 сен '17 в 14:47
1 ответ

Python использует итератор попарно

Я пытаюсь понять итераторы Python в контексте модуля pysam. Используя fetch метод в так называемом классе AlignmentFile один получить правильный итератор iter состоящий из записей из файла file, Я могу использовать различные методы для доступа к каж…
16 апр '17 в 21:05