Описание тега biopython
Biopython - это набор свободно доступных инструментов для биологических вычислений, написанных на Python. Используйте этот тег только для проблем, связанных с набором инструментов Biopython.
1
ответ
Взрыв Две последовательности из сценария Python
У меня есть список пар белков, и я хочу сравнить скорость и точность "BLAST Two Sequence" с программой Смита-Уотермана для выравнивания. Я знаю, что на веб-сайте NCBI есть опция "Blast Two Sequence", но я бы хотел запустить ее из скрипта Python. Воз…
15 апр '12 в 07:48
2
ответа
В случае биопиона. ImportError: нет модуля с именем seq
Я начинающий питон. Я установил Biopython и проверил его. НО.. Это не работает хорошо. введите описание изображения здесь Мой модуль включен, и я проверил его, выполнив следующую работу. Python 2.7.10 (по умолчанию, 17 октября 2015 г., 23:05:16) [GC…
25 дек '15 в 20:50
1
ответ
UnicodeDecodeError с использованием Biopython для получения реферата из efetch
В последнее время с помощью Biopython для извлечения некоторых рефератов из Pubmed. Мой код написан на Python3, как показано ниже: from Bio import Entrez Entrez.email = "myemail@example.com" # Always tell NCBI who you are def get_number(): #Get the …
21 мар '17 в 11:34
1
ответ
Запись в файл с изменением кортежа
Мой код проходит последовательность ДНК и записывает позиции ORF, с которыми он сталкивается в этой последовательности. Я пытаюсь сделать две вещи. Делайте цикл программы, пока он не найдет все ORF, не первые, через которые он проходит Записать резу…
13 ноя '15 в 01:26
1
ответ
Получение ошибки разбора sys.version при попытке запустить тесты BioPython
Установлен BioPython 1.70 на машине с Python 2.7.14. Хотите проверить настройки, запустив тесты. $ python run_tests.py Traceback (most recent call last): File "run_tests.py", line 148, in <module> if is_numpy(): File "run_tests.py", line 63, i…
17 фев '18 в 02:41
1
ответ
Изменение Biopython включает путь для компиляции во время установки pip
Я пытаюсь установить Biopython (пакет python), используя PIP на моей рабочей машине (OpenSuse x86_64). Все идет хорошо, пока он не попытается сделать некоторую компиляцию, используя пустые заголовки gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG …
14 янв '13 в 16:54
3
ответа
Почему Python не может найти некоторые модули, когда я запускаю CGI-скрипты из Интернета?
Я понятия не имею, в чем может быть проблема здесь: У меня есть несколько модулей из Biopython, которые я могу легко импортировать при использовании интерактивного приглашения или выполнении сценариев Python из командной строки. Проблема в том, что …
24 сен '10 в 02:42
0
ответов
Несоответствие импорта модуля IDLE против командной строки
У меня есть установка Python 3.3 на компьютере с Windows 7. Я могу импортировать Био из IDLE, но не NumPy или Skimage. Я получаю следующую ошибку: import numpy Traceback (most recent call last): File "<pyshell#9>", line 1, in <module> im…
29 сен '14 в 21:58
2
ответа
Нахождение количества букв в каждом столбце
Мне нужно найти количество букв в каждом столбце следующим образом: String: ATCG TGCA AAGC GCAT Строка - это серия. Мне нужно написать программу, чтобы получить следующее: 0 1 2 3 A 2 1 1 1 T 1 1 0 1 C 0 1 2 1 G 1 1 1 1 Я написал следующий код, но п…
24 мар '18 в 20:04
1
ответ
Python. Попытка сортировки файла для 3 самых длинных нуклеотидных последовательностей гена из файла genbank в файл fasta с использованием BioPython
Я относительно новичок в Python, поэтому, пожалуйста, прости идиотизм, который идет с этим вопросом. У меня есть файл genbank и я написал фрагмент кода, который возьмет 3 самых длинных гена и поместит их во вновь сгенерированный файл fasta. from Bio…
02 мар '14 в 20:35
1
ответ
Сравнение биопионов
Я использую biopython для выполнения простой задачи: из определенного заполнения генного банка извлекать идентификатор гена и связанную с ним информацию в таблицу. Когда я пытался сравнить, если Seq.SeqFeature.SeqFeature.location из разных SeqFeatur…
07 июл '17 в 20:17
1
ответ
Импорт матриц подстановки переменных на основе строкового ввода Python
Я пытаюсь импортировать матрицу замещения для реализации алгоритма Нидлмана-Вунша в Python на основе заданного ввода. Если я хочу выбрать одну матрицу, я могу сделать это так: from Bio.SubsMat import MatrixInfo as matlist scoring_mat = matlist.blosu…
25 ноя '18 в 16:44
1
ответ
Получить взаимное лучшее совпадение в выходном файле взрыва
Я новичок, и я пытаюсь создать функцию, которая принимает два xml-файла и находит взаимные наилучшие совпадения (если определенный белок из specieA является наилучшим совпадением с другим белком в specieB, и наоборот, тогда они являются взаимно лучш…
25 окт '15 в 20:43
1
ответ
Операция Biopython+File IO - TypeError: ожидается объект буфера символа
Я попытался прочитать файл FASTA с помощью Biopython и снова записать его в другой файл, прежде чем приступить к фактической обработке последовательности. w.write('Length of the Ref Seq: '+ ref_seq + ' is '+ str(len(ref_seq))+'\n') TypeError: ожидал…
28 апр '15 в 10:00
2
ответа
Посчитать число 20-ти в фасте по питону
Обычный файл fasta с длиной чтения 120 nt: 'single_mapped.fa' CSV-файл содержит 10000 20-метровых данных и число для каждого 20-метрового файла: "20frequent_20mers.txt", например: AAAAAGTATAGGAGATAGAA 35 AAAAATAGGAGGACTATTCA 26 AAAAATAGGAGGACTATTTA …
15 май '18 в 14:10
2
ответа
Извлечь последовательность ДНК по функции из файла genbank
У меня есть файлы genbank, состоящие из нескольких аннотированных контигов. То, что я хотел бы сделать, это разделить это на базу данных, в которой есть отдельные записи генов, содержащие каждую особенность CDS, а также ее последовательность ДНК и а…
23 апр '15 в 21:47
1
ответ
TypeError: объект 'str' не вызывается - при заполнении базы данных
Я должен сделать сценарий, который автоматически делает BLAST для меня, а затем заполнить базу данных автоматически. Все идет хорошо, пока скрипт не попытается заполнить базу данных. Тогда я получаю следующую ошибку: Traceback (most recent call last…
09 июн '15 в 12:51
1
ответ
Biopython Entrez.read() не работает
Я использую пакет Biopython, но у меня возникли проблемы с одной из его функций. Я следую за документацией пакета ( здесь) к письму: Вот что я попробовал: from Bio import Entrez Entrez.email = "myemail@myuniversity" handle = Entrez.einfo(db = "pubme…
27 ноя '13 в 17:37
1
ответ
Как использовать функцию distancematrix из Biopython?
Я хотел бы рассчитать матрицу расстояний (используя функцию генетического расстояния) для набора данных, используя http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Cluster.Record-class.html, но я, кажется, продолжаю получать ошибки, обычно сообщая мне, что ра…
07 окт '16 в 21:11
1
ответ
Использование биопиона NcbitblastnCommandline для извлечения несинонимичных замен
Я пытаюсь использовать NcbitblastnCommandline, чтобы взорвать запрос белка против нуклеотидной последовательности, а затем сообщить о попадании. Программа запустилась без ошибок. Однако в результате моя последовательность запросов оказалась содержит…
07 фев '19 в 02:39