Описание тега samtools
Samtools is a suite of programs for interacting with high-throughput sequencing data.
0
ответов
Время многопроцессорной обработки Python (SamTools) больше, чем единичное
У меня есть функция, которая пытается реализовать многопроцессорность для вызова покрытия SamTools: def samtools_coverage(filename, bam_file): proc = os.getpid() print ' '.join(['Process ID:', str(proc), filename]) coverage_results = samtools.depth(…
20 фев '18 в 16:37
0
ответов
Ошибка: неверный индексный файл: Anaconda
Я пытаюсь установить samtools с conda (Ubuntu 16.04): conda install -c bioconda samtools Но я получаю эту ошибку индекса: Error: Invalid index file: conda-forge/linux-64/repodata.json.bz2 Кто-нибудь знает об этом? Я безуспешно пытался обновить его..
03 авг '17 в 10:21
1
ответ
Как создать простой файл main.cpp с помощью samtools C API
Я пытаюсь скомпилировать (в Linux, используя G++) простую программу main.cpp, используя samtools C API ( https://github.com/samtools/samtools), которую я скачал в папку моего файла main.cpp. Я хотел бы иметь очень простой make-файл, компилирующий ma…
21 окт '18 в 13:34
2
ответа
Извлечь чтение из файла BAM/SAM указанной длины
Я немного новичок в Perl и хочу использовать его для извлечения чтений определенной длины из моего файла BAM (выравнивания). Файл BAM содержит чтения, длина которых составляет от 19 до 29 нт. Вот пример первых двух прочтений: YT:Z:UUA00182:193:HG2NL…
03 фев '19 в 19:14
0
ответов
MinGW не может найти мои установленные файлы zlib.h и zlib при использовании mingw32-make для установки RSEM
Я искал часы и не могу найти ответ на свой вопрос. Я установил zlib, используя источники из zlib.net с mingw32-make -fwin32/Makefile.gcc && mingw32-make install -fwin32/Makefile.gcc как сказано в файле Makefile.gcc, а также пытается установи…
02 мар '19 в 07:06
1
ответ
Как вывести результат sed/samtools в новый каталог
У меня есть следующая команда sed, которая изменяет имя хромосомы: for file in /myoldpath/*.bam; do filename=`echo $file | cut -d "." -f 1`; samtools view -H $file | sed -e 's/SN:\([0-9XY]\)/SN:chr\1/' -e 's/SN:MT/SN:chrM/' | samtools reheader - $fi…
06 янв '17 в 08:59
1
ответ
Работа с путями в циклах Unix
Относительный unix новичок. У меня есть несколько каталогов (Sample*/), в котором я хочу объединить все файлы raw.sort.bam с помощью samtools. У меня есть рабочий код для этого в каждом каталоге, но я хочу иметь дело со всеми каталогами одновременно…
30 мар '16 в 22:12
0
ответов
Нет чтения, сопоставленного в правильных парах, в bamfile секвенирования парного конца с использованием samtools
Я работаю с bamfile секвенирования целого генома парного конца и хочу отфильтровать чтения из определенной области генома, которые не отображаются в правильной паре (иногда они указывают на структурный вариант). Я использую samtools и попытался отфи…
20 дек '17 в 22:10
2
ответа
Make не может найти curses.h
У меня есть эта программа под названием samtools (версия 1.3), которая используется для манипулирования файлами, которые вы получаете из экспериментов по секвенированию ДНК. Загруженная программа содержится в папке. Чтобы настроить программу, я ввож…
05 фев '16 в 04:34
1
ответ
Определите длину последовательности, используя СИГАРУ
Чтобы дать вам немного контекста: я пытаюсь преобразовать файл sam в bam samtools view -bT reference.fasta sequences.sam > sequences.bam который выходит со следующей ошибкой [E::sam_parse1] CIGAR and query sequence are of different length [W::sam…
26 сен '16 в 19:25
0
ответов
Как использовать pysam.view для эмуляции всех функций представления samtools
Я пытаюсь использовать pysam.view(), чтобы отфильтровать определенные выравнивания из файла BAM. Проблема, с которой я сталкиваюсь, состоит в том, как включить несколько регионов в фильтр. pysam.view() эмулирует команду представления samtools, котор…
24 фев '16 в 10:26
2
ответа
Почему popen2() зависает между вызовами записи и чтения?
Я пытаюсь интегрировать использование samtools в программу Си. Это приложение считывает данные в двоичном формате, называемом BAM, например, из stdin: $ cat foo.bam | samtools view -h - ... (Я понимаю, что это бесполезное использование cat, но я про…
19 июн '14 в 21:23
3
ответа
Как кешировать чтения?
Я использую python/pysam для анализа данных секвенирования. В своем уроке ( pysam - интерфейс для чтения и записи файлов SAM) для помощника по команде говорится: "Этот метод слишком медленный для обработки с высокой пропускной способностью. Если для…
16 дек '15 в 01:37
1
ответ
Makefile - установка samtools не удалась
Я пытаюсь установить samtools на openSUSE, я сделал это: cd htslib-1.2.1 ./configure make install Работал нормально. bcftools-1.2 ./configure make install Работал нормально. А для самотов: cd samtools-1.2 make install Производит этот вывод: /usr/lib…
29 ноя '15 в 12:11
0
ответов
Колеблющаяся скорость обработки в скрипте Python с использованием pysam.TabixFile для аннотирования операций чтения
Начальный вопрос Я пишу скрипт биоинформатики в python (3.5), который анализирует большой (отсортированный и проиндексированный) файл bam, представляющий секвенирующие чтения, выровненные по геному, связывает геномную информацию ("аннотации") с этим…
05 янв '17 в 17:11
0
ответов
Вопрос об установке pysam
Это Linux, использующий conda для установки pysam, и pip install pysam продолжать терпеть неудачу. После успешной установки pysam, pysam отображается в conda list и появляется в anaconda2/pkgs/но когда import pysam в Python 2.7.12 это не удалось Tra…
08 сен '16 в 05:32
1
ответ
Как скомпилировать и работать samtools с cygwin
Мне нужна помощь, чтобы решить эту проблему. Я получил ошибку, когда я скомпилировал Samtools под Cygwin (Windows 8 64 бит). Я получил следующее сообщение: ADMIN @ USER ~ / samtools-0.1.19 $ make make[1]: Entering directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/…
24 мар '14 в 11:47
0
ответов
lobSTR, работающий с файлом BAM парного конца
Я использую программное обеспечение lobSTR для работы с файлом парного конца bam. Как показывает документ, я должен выполнить следующий код, прежде чем файл bam отсортирован по имени чтения. lobSTR \ --index-префикс hg19_v3.0.2 / lobstr_v3.0.2_hg19_…
20 мар '16 в 09:26
1
ответ
Фильтр RDD в Spark с использованием атрибута класса, предоставленного pysam
Я использую pysam, библиотека Python, для чтения файлов BAM в Spark. Я создал СДР, содержащий данные "БАМ". Когда я пытаюсь filter данные, используя атрибут query_sequence класса AlignedSegment(библиотека pysam), затем искра падает. Бег data.count()…
19 май '16 в 18:17
1
ответ
Ошибка импорта модуля pysam
Пытается определить, что является причиной этой ошибки. Установили и использовали anaconda conda install pysam, немного поработали, но вдруг получили эту ошибку >>> import pysam Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line …
19 мар '15 в 00:24