Описание тега nextflow
None Структура для разработки и управления масштабируемыми конвейерами обработки научных данных, предназначенными для облачных или кластерных вычислений
1
ответ
splitCsv затем сопоставляет список URL-адресов в Nextflow
Я пытаюсь взять файлы индекса данных GIAB (которые являются CSV) и загрузить каждый файл в Nextflow. Я думаю, что у меня есть правильная общая структура, но когда я бегу nextflow run file.nf Ничего не произошло. Channel.fromPath(file('https://raw.gi…
13 ноя '18 в 09:07
1
ответ
Как использовать файл скрипта без указания абсолютного пути?
У меня есть эти процессы: #!/usr/bin/env nextflow params.queries = "" params.db = "" queries = Channel.fromPath(params.queries) queries.into { queries_psiblast; queries_pssm } db = file(params.db) process PsiBlast { input: file query from queries_ps…
23 ноя '18 в 16:40
1
ответ
Как я могу связать "печать" с процессом?
Я сделал свой конвейер, и я хотел бы напечатать перед каждым процессом небольшое описание того, что выполняется. Я в основном пытался добавить "печать" перед каждым процессом в моем сценарии. Когда я запускаю конвейер, он сначала печатает все описан…
07 янв '19 в 11:59
1
ответ
Следующий поток: возможно ли преобразовать канал очереди в канал значений?
У меня есть процесс A который выводит файл в канал outA, Я хочу использовать этот файл в качестве входных данных для 3 последующих процессов B, C а также D, Как канал outA По умолчанию создан канал очереди, я не могу напрямую использовать файл более…
29 дек '18 в 18:34
1
ответ
В Nextflow параллелизирован ли процесс с channel.fromPath?
У меня есть процесс в Nextflow с несколькими входными файлами из Channel.FromPath(). Вот мой сценарий: params.queries = "" queries = Channel.fromPath(params.queries) #path to multiple .fasta files process PsiBlast { input: file query from queries_ps…
13 ноя '18 в 22:02
1
ответ
Оператор "Mix" не ожидает завершения процессов в восходящем направлении
У меня есть несколько процессов верхнего уровня, скажем, A, B и C, выполняющих аналогичные задачи. После этого у меня есть один процесс X, который должен обрабатывать все выходы A, B и C одинаково. Я попытался использовать оператор "mix" для создани…
06 янв '19 в 14:22
1
ответ
Nextflow: входной файл пуст?
Это действительно вопрос Nextflow. У меня есть процесс, который производит несколько файлов, некоторые из них будут пустыми. Мне нужно определить, какие из них и следующий процесс должен пропустить их обработку. Выглядело просто, но код: process dem…
20 ноя '17 в 21:36
1
ответ
Как указать следующему ниже, где берет вывод?
У меня есть скрипт на Python, который сохраняет файл в определенном каталоге. Например, этот код с именем "write.py": with open("project/results/txt/output.txt", "w") as f: f.write("this is a txt file") Поэтому я выполняю свой сценарий в "project/sr…
21 ноя '18 в 16:33
0
ответов
Условный конвейер в Nextflow
Я пытаюсь создать условный конвейер NextFlow. Например, Процесс A выводит значение в канал. Если значение равно 1, запустите X, в противном случае запустите Y. Вот что я пытаюсь сделать: initialData = 2 receiver1 = "EMPTY" receiver2 = "EMPTY" receiv…
21 май '18 в 06:59
1
ответ
Ошибка Nextflow в 1 процессе останавливает все остальные процессы
Когда я отправляю задание в следующем потоке, происходит сбой одного из процессов, поврежденный файл. Очевидно, что я могу удалить этот файл из списка заданий, но я не хочу, чтобы это произошло в будущем, когда я увеличу его масштаб. По умолчанию эт…
25 апр '17 в 09:56
1
ответ
Сплит парные файлы fasta с помощью nextflow
У меня есть пара быстрых файлов, которые я хочу разбить на более мелкие куски, чтобы распараллелить обработку. Первый фаст reads.fasta содержит последовательности ДНК >/kingdoms/rce/workspace1/Nanopore/20180223-run9/RawData/BC-BD-chr10/i0013771_2…
01 июл '19 в 18:13
1
ответ
Замедление при использовании контейнера Mutect2 внутри Nextflow
Я пытаюсь запустить MuTect2 на примере, который на моей машине с использованием Java занимает около 27 минут. Если я использую практически тот же код, но внутри Nextflow и использую Docker-контейнер GATK3:3.6 для запуска Mutect, это занимает 7 минут…
26 июл '19 в 18:11
1
ответ
Проблема с процессом bwa mem, не работающим на всех выходных файлах из предыдущего процесса
Я строю конвейер следующего потока для сопоставления и варианта генотипирования вызовов путем секвенирования (GBS) данных (единый конец Illumina). Я основал большую часть этого на конвейере nf-core/eager, поскольку в нем было много инструментов, кот…
17 авг '19 в 13:14
3
ответа
Nextflow+Singularity: такого файла или каталога нет, даже если файл существует
Я пытаюсь запустить этот конвейер, который реализован с помощью Nextflow и использует контейнер Docker. К сожалению, я не могу использовать Docker, поскольку он не совместим с HPC (без sudo), поэтому я использую Singularity вместо Docker. Однако каж…
03 сен '19 в 11:26
1
ответ
Управляйте переменными Nextflow вне скриптов
У меня есть процесс iterate_list. Процесс iterate_list принимает список и что-то делает с каждым элементом в списке. При запуске скрипта требуется два входа. Список и элемент, который он должен обработать (который он получает как потребитель из очер…
02 окт '19 в 13:45
1
ответ
Как мне собрать упорядоченные результаты процесса Nextflow?
Я хочу собрать результаты процесса Nextflow в том же порядке, в котором они были введены. Я знаю, что могу просто передавать значения из всех каналов через все процессы. Это гарантирует, что пары будут переданы всем процессам вместе. Однако это реше…
26 июл '19 в 18:09
2
ответа
Плоская карта Nextflow не выполняется должным образом
У меня есть словарь "данные". И мне нужно проанализировать пару ключ-значение для процесса. Конечный результат должен выглядеть так: carcode=somename params={minimum=3000, ignore=60, maximum_A=2500, maximum_B=500} carcode=somename2 params={minimum=5…
17 окт '19 в 12:13
1
ответ
Как включить функции из другого файла в сценарий awk с помощью nextflow
Согласно документации Nextflow, я помещаю свои сценарии awk в bin/папка. Некоторые скрипты используют одни и те же функции, поэтому я написал файл только с функциями awk, которые я обычно включаю, используя: @include "relative/path/to/lib.awk" Но по…
14 ноя '19 в 14:25
2
ответа
FileNotFoundException (в разрешении отказано) с Nextflow и Docker
Я запускаю конвейер Nextflow, который запускает каждый процесс в другом контейнере Docker. Я запускаю этот конвейер внутри виртуальной машины. Хотя некоторые процессы работают нормально, в одном из них выдает ошибку: java.io.FileNotFoundException: f…
17 янв '20 в 20:05
1
ответ
Создание контейнера сингулярности с помощью nextflow
Я пытаюсь создать контейнер сингулярности с установленным nextflow. После сборки я устанавливаю его в каталог, и он устанавливается как ROOT. Когда я пытаюсь запустить контейнер, он терпит неудачу, поскольку я не являюсь пользователем root. Я просмо…
03 окт '19 в 19:13