Оценить расстояние редактирования до ссылки для подмножества баз при чтении (файлы BAM)
Я новичок в файлах bam/sam, но я хотел бы оценить расстояние редактирования до ссылки (NM) не на всей длине моих чтений, а только на подмножестве баз для каждого чтения. Представьте, что я прочитал длину 100 бит / с, и на самом деле у меня есть расстояние редактирования для всей длины каждого чтения, но я хотел бы оценить NM на более короткой части баз, скажем, 20 баз для каждого чтения. Есть ли способ это сделать? Мне было интересно, может быть, "вырезать" MD и пересчитать NM через samtools спокойно, но у меня нет никаких подсказок, как это сделать. Есть ли у кого-нибудь предложения? Большое спасибо