Описание тега sequence-alignment
Типовая проблема, в которой две или более последовательности должны быть выровнены друг с другом, как правило, с целью выявления сходства между ними. Эти проблемы распространены в биоинформатике, но алгоритмы, используемые для их решения, не менее важны для выравнивания других типов последовательностей, таких как текстовые строки. Для решения различных подгрупп этой проблемы было разработано множество алгоритмов.
2
ответа
Выбор одного к одному результату по матрице сходства
Я строю функцию, которая находит выравнивание по некоторой метрике. Он получает матрицу с уже вычисленными значениями подобия:weighted_res может быть: [[0.2, 0.5, 0.3], [0.1, 0.2, 0.4], [0.8, 0.2, 0.4], [0.1, 0.2, 0.7], [0.1, 0.2, 0.4], Моя функция …
08 янв '19 в 11:56
3
ответа
Самая длинная подпоследовательность в прологе
Я хочу реализовать предикат P(Xs,Ys,Zs) где Xs,Ys,Zs являются списками. Я новичок в Прологе и не могу найти способ добраться до самой длинной последовательности в Xs (пример. Xs = ['b','b','A','A','A','A','b','b']) который включен в Ys (например Ys …
24 дек '15 в 13:00
5
ответов
html/css, меняя каждую букву текста?
Можно ли изменить цвет каждой буквы текста, например, я печатаю на экране в тексте тегов, и я хочу перебрать каждую букву, проверить ее значение и соответственно изменить ее цвет, это возможно при использовании html / css или javascript для добавлен…
11 июл '14 в 18:54
1
ответ
Есть ли ошибка в описании Гусфилдом алгоритма динамического программирования для нахождения глобальных выравниваний с постоянным штрафом за пробел?
Гасфилд (Алгоритмы на строках, деревьях и последовательностях, раздел 11.8.6) описывает алгоритм динамического программирования для нахождения наилучшего выравнивания между двумя последовательностями A и B в предположении, что штраф назначен промежу…
22 июн '14 в 19:48
1
ответ
Настройка алгоритма командной строки MAFFT для лучшего учета пробелов
Я пытался использовать инструмент командной строки MAFFT как средство для идентификации кодирующих областей в геноме. Мой общий процесс заключается в выравнивании аминокислотной консенсусной последовательности гена с транслированной рамкой считывани…
26 июл '17 в 17:00
0
ответов
Выравнивание последовательности: избегайте невероятных выравниваний
Я использую алгоритм, эквивалентный алгоритму Нидлмана-Вунша, для нечеткого сопоставления последовательностей с использованием матрицы подобия. Некоторые результаты близки к оптимальным: SIL d e: n SIL A+ r t i: k E+ l SIL SIL A+ f t @ SIL b u: @ n …
31 май '15 в 13:35
2
ответа
Почему каркас Vision не может выровнять два изображения?
Я пытаюсь сделать два изображения с помощью камеры и выровнять их с помощью платформы iOS Vision: func align(firstImage: CIImage, secondImage: CIImage) { let request = VNTranslationalImageRegistrationRequest( targetedCIImage: firstImage) { request, …
10 фев '18 в 05:52
1
ответ
MuscleCommandline не работает в Biopython
Мне нужно интегрировать мой скрипт Python с инструментом мышц для выравнивания нескольких последовательностей. Я следовал за учебником по Biopython, здесь есть мой код: from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline muscle_exe = "muscle.exe" i…
22 ноя '17 в 00:54
1
ответ
При попытке создать списки атомов CA я получаю следующее сообщение об ошибке "ошибка" CA "при выполнении следующего кода
Для следующего кода, когда я выполняю код, я получаю сообщение об ошибке, которое я перечислил ниже. Мне было интересно, если кто-нибудь может дать мне какие-либо идеи о том, как добавить атомы CA в списки tag_atoms/tagged_atoms, которые я буду испо…
29 фев '16 в 09:52
1
ответ
Каков типичный размер файлов последовательности при проведении парного выравнивания последовательности?
Каков типичный размер файлов последовательности при проведении парного выравнивания последовательности? Можем ли мы выровнять весь геном организмов?
06 апр '14 в 06:32
0
ответов
Прогрессивные последовательности отсутствуют в выводе
Недавно я провел прогрессивное литье 266 бактериальных последовательностей (~1x10^6 п.н. каждая). Это завершено без ошибок, однако bbcols и магистральные файлы содержат данные только для 241 последовательности. Файл xmfa показывает, что все 266 были…
29 янв '18 в 16:27
2
ответа
BioPython AlignIO ValueError говорит, что строки должны быть одинаковой длины?
Введите текстовый файл в формате fasta: http://www.jcvi.org/cgi-bin/tigrfams/DownloadFile.cgi?file=/opt/www/www_tmp/tigrfams/fa_alignment_PF00205.txt #!/usr/bin/python from Bio import AlignIO seq_file = open('/path/to/fa_alignment_PF00205.txt') alig…
28 сен '15 в 23:14
1
ответ
Проблемы понимания рекурсии MiPS ASM?
Пожалуйста, помогите мне понять эту формулу (если кому-то интересно, это алгоритм Needleman-Wunsch), я должен написать код, который использует рекурсию, но я не понимаю, как это сделать, у меня уже есть полная динамика версия написана, поэтому я зна…
23 мар '16 в 23:10
2
ответа
Алгоритм укладки ящиков
Я немного застрял, пытаясь решить эту проблему. Основным источником путаницы является незнание, когда снимать коробку. Вот мой подход: Я смотрю на контейнер столбец за столбцом. Если самый верхний ящик исходного поля пуст и поле назначения не пусто…
02 апр '14 в 15:12
1
ответ
Я решаю проблемы выравнивания последовательности, но у меня есть ошибка
Я хочу напечатать более 2 результатов по этой проблеме, но я не смог этого сделать. Так что я хочу использовать метод рекурсии, но понятия не имею об этом... Могу ли я получить совет?
29 ноя '18 в 11:48
1
ответ
Построение NER с использованием алгоритмов выравнивания последовательностей
Справочная информация: на странице Википедии по выравниванию последовательностей говорится, что алгоритмы выравнивания последовательностей ДНК также могут использоваться для обработки естественного языка. Вопрос: Поскольку обе библиотеки именованных…
18 дек '15 в 23:46
2
ответа
Печать объекта MultipleSeqAlignment
У меня есть выравнивание 3 последовательностей, сгенерированных clustalx AAAACGT Alpha AAA-CGT Beta AAAAGGT Gamma Я могу нарезать выравнивание с помощью предопределенной индексации в Biopython через align[:,:4] Однако печать результата дает: AAAA Al…
08 май '12 в 09:39
1
ответ
Два близко совпадающих файла: получить соответствующие строки?
Я нахожусь в ситуации, когда программно генерирую код LaTeX, и я хочу, чтобы мой Synctex указывал на правильные строки в исходном файле. Генерация в основном выполняет расширение шаблона, поэтому исходные файлы практически идентичны сгенерированным,…
29 мар '18 в 06:03
1
ответ
Как усовершенствовать скрипт на Python для запроса биоинформатики
Я довольно новичок в Python, и я был бы благодарен за некоторую помощь, если это возможно. Я сравниваю геномы двух близкородственных организмов [E_C & E_F] и пытаюсь определить некоторые основные вставки и делеции. Я провел парное выравнивание FASTA…
31 окт '13 в 14:28
1
ответ
Определение первого байта в каждом блоке данных USART
Существуют ли принятые / эффективные средства для обозначения / идентификации первого байта в каждом блоке потока 8-битных данных, где блоки обновляются и повторяются? Я использую GCC. Это данные настроек управления, передаваемые через USART между д…
20 окт '13 в 22:27