Описание тега genome
Геном - это целостная последовательность ДНК организма. Геном включает в себя как гены, так и некодирующие последовательности, такие как повторы, интроны и регуляторные последовательности, обладающие как известной, так и неизвестной функцией.
2
ответа
Где я могу скачать данные генной экспрессии?
Я хотел загрузить данные по экспрессии генов, полученные из экспериментов с микрочипами. я не знаю слишком много об этом предмете, но, как я понимаю, строки часто соответствуют генам, а столбцы соответствуют образцам. в идеале я ожидаю матрицу данны…
23 мар '12 в 04:19
1
ответ
LiftOver в R (ошибка)
Я пытаюсь использовать функцию LiftOver в rtracklayer пакет, но я получаю одну ошибку, это мой код: library(rtracklayer) library(gwascat) library(IRanges) chain <- import.chain("bosTau6.hg19.all.chain") df <- read.table(textConnection("chr sta…
01 дек '14 в 15:37
1
ответ
Проблема компиляции с парсером Recursive Decent (C++)
У меня проблемы с компиляцией моей программы на С ++, это рекурсивный приличный парсер, вот правила: slist :: = stmt slist | stmt stmt ::= decl | assign | print decl ::= INT ID SC | FLOAT ID SC print ::= PRINT expr SC assign ::= ID EQUAL expr SC exp…
10 ноя '13 в 20:58
2
ответа
Скрипт Python для использования координат из одного файла и добавления значений из совпадающих координат в другой файл
У меня есть оригинальный набор геномных координат (chrom, start, end) в файле bed с разделителями табуляции. У меня также есть дополнительные файлы постели с разделителями табуляции, которые содержат некоторые исходные геномные координаты плюс число…
06 апр '14 в 20:50
2
ответа
Цикл по списку несколько раз
Можно ли перебирать список несколько раз? в основном у меня есть список строк, и я ищу самую длинную суперструну. Каждая из строк в списке имеет некоторое перекрытие по меньшей мере на половину их длины, и все они имеют одинаковый размер. Я хочу пос…
13 фев '18 в 00:00
2
ответа
Ошибка в УСТАНОВКЕ ПАКЕТА NGSLIB
Я пытаюсь установить пакет Python ngslib для Oncotator 1.9.5.0 . Но каждый раз установка не удалась по какой-либо причине (упоминается ниже). Я перепробовал все возможные методы, такие как pip install ngslib прямо или python -m pip install --upgrade…
15 янв '18 в 13:24
0
ответов
Какой статистический тест я должен использовать, чтобы определить точку мутации на хромосомах?
Я пытаюсь определить точки мутации в раковых геномах. Один из подходов, который я выбрал, состоял в том, чтобы использовать скользящее окно (окно 2 КБ, перемещаться по хромосоме со скоростью 200 б.п. за шаг, поэтому окно 1 и окно 2 перекрываются на …
10 авг '18 в 02:59
0
ответов
Как получить геномные координаты из файла fasta
Поскольку произошло обновление эталонного генома, мне нужно было получить fastta из старых последовательностей (из файла постели), чтобы найти новые координаты в этом последнем выпуске. Итак, из моего файла fastta с именем "my.fasta", (с 35 последов…
22 ноя '16 в 21:56
1
ответ
Добавление меток к отдельным генам с помощью ggbio и ggplot2
Я пытаюсь добавить генные метки к моему графику, который отображает геномные сегменты с помощью пакета ggbio. Я использую autoplot() функция и передать в объект GenomicRanges. У объекта GRange есть столбец меток метаданных, которые я хочу отображать…
07 июл '15 в 02:05
0
ответов
Нет чтения, сопоставленного в правильных парах, в bamfile секвенирования парного конца с использованием samtools
Я работаю с bamfile секвенирования целого генома парного конца и хочу отфильтровать чтения из определенной области генома, которые не отображаются в правильной паре (иногда они указывают на структурный вариант). Я использую samtools и попытался отфи…
20 дек '17 в 22:10
1
ответ
Python Regex для извлечения последовательности генома
Я пытаюсь использовать регулярное выражение Python для извлечения последовательности генома из базы данных генома; Я вставил фрагмент базы данных ниже. >GSVIVT01031739001 pacid=17837850 polypeptide=GSVIVT01031739001 locus=GSVIVG01031739001 ID=GSV…
18 мар '15 в 19:15
1
ответ
GBrowse API для Python
Есть ли Python-интерфейс для GBrowse, что-то вроде Bio::Graphics в perl? Иначе, есть ли какие-нибудь модули Python для создания браузерных геномов, подобных представлениям?
12 фев '11 в 14:18
0
ответов
Сбой памяти Gapcloser
Я запускал Gapcloser (инструмент, выпущенный из Soapdenovo), и он продолжал выдавать сообщение и потерпел неудачу в середине процесса: *** Error in `GapCloser': free(): invalid pointer: 0x0000000001eb4a80 *** ======= Backtrace: ========= /lib/x86_64…
25 янв '19 в 02:19
0
ответов
Как исправить ошибку "bowtie2 умерла с ошибкой сигнала 9 (KILL)"
Я работаю над сборкой транскриптома терминального ганглия сверчка (Gryllus bimaculatus). Мы работаем над немодальным видом и, таким образом, не удаляли рибосомное загрязнение во время подготовки библиотеки. Мы хотим биоинформативно удалить рибосомно…
03 фев '19 в 23:48
0
ответов
Сеанс Ubuntu genome прерывается сборкой приложения linux pyinstaller, когда он запускается по ярлыку на рабочем столе и закрывается
Я создал приложение для Linux с помощью python, pyqt5, django и pyinstaller, и я добавил ярлык на рабочий стол на обед из меню "Пуск". Когда я запускаю приложение в командной строке, это не проблема. Но когда я запускаю приложение по ярлыку на рабоч…
12 фев '19 в 19:01
2
ответа
Извлечение строк текста в зависимости от len() определенного столбца
Я пытаюсь написать простой скрипт для извлечения определенных данных из файла VCF, который отображает варианты в последовательностях генома. Сценарий должен извлечь заголовок из файла, а также SNV, исключая при этом любые значения. Варианты отобража…
21 фев '19 в 15:49
1
ответ
Извлечение особей с помощью Plink. Ошибка: строка 1 файла --keep содержит меньше токенов, чем ожидалось
У меня есть файлы с 2504 людьми из проекта 1000 геномов, и я хочу отфильтровать по населению. Я сделал следующее для первой популяции (ACB): plink --file all1000gen --keep indACB.txt --make-bed --out all1000genACB но это возвращает следующую ошибку:…
04 май '17 в 16:14
2
ответа
Как автоматически изменить длинные имена генов на сокращенные (обработка данных на микрочипах)?
Есть ли автоматический способ преобразования списка длинных названий генов (например, Cadherin_3453) в его сокращения, например, CDHRN_3453? Существуют ли условные обозначения в геномике, биоинформатике? Извините, здесь нет кода
04 сен '13 в 17:54
1
ответ
Каков синтаксис для создания экземпляра структурированного dtype в numpy?
Если у меня есть dtype, как foo = dtype([('chrom1', '<f4', (100,)), ('chrom2', '<f4', (13,))]) Как я могу создать экземпляр этого dtype, как скаляр. Предыстория, если есть лучший путь: Я хочу эффективно представлять массивы скаляров, отображаю…
04 ноя '14 в 22:13
1
ответ
KEGG Аннотация
У меня есть набор генов (аминокислотных последовательностей). Я хочу найти функциональные аннотации на основе Kegg или идентификаторы KO. Есть ли какая-либо база данных KEGG для скачивания? Я хочу использовать Blast с этой базой данных. Кроме того, …
19 сен '18 в 12:59