Описание тега picard
Picard comprises Java-based command-line utilities that manipulate SAM files, and a Java API (SAM-JDK) for creating new programs that read and write SAM files.
0
ответов
Как бороться с завершающим мусором, вызванным разархивированием файла fastq hs37d5
Я действительно пытался решить эту проблему, но, похоже, никто другой не сталкивался с этой проблемой раньше. Я распаковал файл fastq от 1000G: gunzip -c **hs37d5.fa.gz** | awk '{if(NR%4==1) {printf(">%s\n",substr($0,2));} else if(NR%4==2) print;…
23 сен '15 в 12:51
1
ответ
Как конвертировать fastq в uBAM с помощью Picard Dock в облаке Google
Я пытался преобразовать мои файлы fastq в облаке Google в файлы uBAM, но пока безуспешно. Вот код, который я использовал: dsub \ --project projectID \ --zones "us-central1-*" \ --logging gs://bucket/logging \ --image broadinstitute/picard \ --comman…
10 июн '18 в 12:01
2
ответа
Есть ли способ установить параметры для виртуальной машины Java при использовании оболочки Snakemake?
При использовании таких инструментов, как picard или же fgbio через обертки змеиного производства я продолжаю сталкиваться с проблемами нехватки памяти. На данный момент я прибегаю к прямой shell звонки, которые позволяют мне установить память вирту…
17 янв '19 в 00:12
0
ответов
Имеет ли Пикард markupplicate переключить ПЦР дублировать samflag
У меня есть файл RNA-seq bam, и меня мало удивляют чтения. В соответствии с заголовком bam этот файл bam сортируется по координатам, созданный с использованием tophat, и шаг markduplicate не выполняется. Но некоторые чтения помечены как дубликаты в …
25 окт '17 в 21:14
1
ответ
Как указать вывод имени чтения из инструмента BWA?
Я использую BWA/ версию 0.7.10 для сопоставления парных чтений Illumina WGS, а затем picard.jar / версия 1.141 для удаления дубликатов. У меня трудности с получением Picard для правильного распознавания прочитанных имен. Когда я использовал samtools…
19 июн '17 в 04:15
1
ответ
Picard SamToFastq извлекает только одно чтение, затем выдает ошибку
Я пытаюсь извлечь некоторые файлы FastQ из файлов BAM. Picard может сделать это с SamToFastq, как сказано в документации к этому инструменту, он принимает файл bam или sam. Но когда я запускаю его, он извлекает только одно чтение, а затем завершает …
20 июн '12 в 13:41
0
ответов
R Как получить коэффициенты полиномиального выражения?
Привет и спасибо за ваше время, Я понимаю, что мой вопрос на самом деле очень похож на вопрос в этой теме: Как получить коэффициенты полиномиального выражения Однако я хотел бы остановиться на этом вопросе. Я написал программу, которая при задании в…
18 дек '18 в 17:29
1
ответ
Пикард СортСам ускорился?
Мне интересно, как ускорить SortSam Пикарда? Его запуск занимает много времени, и я знаю, что GATK может быть многопоточным, но я пока не нашел пример на Picard. Мне интересно, как другие люди решают эту проблему?
27 окт '17 в 15:23
1
ответ
Как получить согласованную последовательность из формата файла BAM на Java (с помощью Picard)
Как я могу просмотреть формат файла Picard BAM, используя Java?
05 июн '12 в 15:29
2
ответа
Нераспознанный вариант: я picard.jar
Я пытаюсь преобразовать файл BMA в формат FASTQ, используя picard.jar. Это моя команда: java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ I=chr2chr3.bam \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq Однако я получил это сообщение …
21 июл '16 в 09:18
1
ответ
Linux объединяет несколько файлов в Picard
У меня есть десять каталогов, и каждый каталог содержит около 10-12 файлов BAM. Мне нужно использовать пакет Picard, чтобы объединить их, и я хочу найти способ сделать это лучше. basic command: java -jar picard.jar MergeSamFiles \ I=input_1.bam \ I=…
22 дек '17 в 03:07
0
ответов
Файл VCF4.2 не распознан GATK
Я видел, что у многих была такая же проблема, но я пока не нашел решения. Я предоставил 24 файла VCF4.1 ( http://evs.gs.washington.edu/EVS/) в GATKs CombineVariants. Я получаю эту ошибку: ##### ERROR MESSAGE: Invalid command line: No tribble type wa…
12 ноя '13 в 16:04
1
ответ
Как установить параметры ОЗУ и ЦП для Java-программ, работающих в среде Anaconda?
В стандартной среде Linux с установленной java я могу запустить любую java-программу с помощью команды: java -jar path/to/picard.jar Где Пикард является примером Java-программы. Я также могу указать, сколько потоков ЦП или ОЗУ JVM должно использоват…
25 май '17 в 09:19
0
ответов
Интересная проблема cron, bash, perl и java
По сути, у меня есть рабочий процесс Perl, который запускает набор java-инструментов через системную команду (picard в GATK4 для тех из вас, кто знаком с программным обеспечением Broad Institute). Эти команды gatk4 возвращают код 0 в случае успеха. …
16 июн '20 в 06:34
0
ответов
Отметить Дубликаты Пикар
Я использую Picard, чтобы отмечать только оптические дубликаты, для которых я читал руководство MarkDuplicates. Мой сценарий выглядит так #!/usr/bin/bash java -jar build/libs/picard.jar MarkDuplicates \ I=sorted.bam \ O=mark_opticalduplicate.bam \ M…
19 фев '21 в 20:18
0
ответов
Почему subprocess.Popen() не дает прямую трансляцию?
Извините за форматирование поста, если оно не совсем правильное, я здесь новенький :) Я работаю над автоматизированной структурой для инструмента биоинформатики. Поскольку большая часть программного обеспечения, которое будет использовать моя програ…
20 июн '21 в 17:32
0
ответов
Ошибка MarkDuplicates не может создать виртуальную машину Java
Я разместил это на github, чтобы разработчики могли ответить. Но я не знаю, сколько времени это может занять, и это срочно, поэтому любой вклад будет признателен. Я просмотрел аналогичные вопросы о переполнении стека, но, похоже, это конкретная проб…
22 окт '21 в 00:42
0
ответов
Почему Picard MarkDuplicates удаляет файлы .bam вместо файлов .bai в моем рабочем процессе Snakemake?
Я кое-что посмотрел, но не могу понять, почему picard markduplicates удаляет мои файлы bam и заменяет их файлами bai? Мне нужны метрики и файлы bam. Мне также нужны файлы bai, а затем переименуйте этот файл в .bam.bai для дальнейшей работы. Когда я …
14 апр '22 в 17:10
0
ответов
Невозможно получить доступ к файлу jar (установлен в виртуальной среде conda)
Я пытался выполнить несколько разных команд в picard (в настоящее время AddOrReplaceReadGroups; см. ниже), но получаю сообщение об ошибке: «Невозможно получить доступ к jarfile». Я пробовал все решения этой, казалось бы, распространенной проблемы, н…
03 окт '22 в 15:45
1
ответ
Как заставить скрипт в Bash (.sh) ждать вывода команды, которая создает файл, прежде чем он завершит работу?
Например, у меня есть этот код bwa mem -t 12 $ref_genome $first_fq $second_fq > bwa_mem_output.sam & # Go to software to run picard cd .. & cd Software & echo 'Converting the result of bwa mem to sam' java -jar picard.jar SamFormatCon…
23 окт '22 в 22:37