Файл VCF4.2 не распознан GATK
Я видел, что у многих была такая же проблема, но я пока не нашел решения. Я предоставил 24 файла VCF4.1 ( http://evs.gs.washington.edu/EVS/) в GATKs CombineVariants. Я получаю эту ошибку:
##### ERROR MESSAGE: Invalid command line: No tribble type was provided on the command line and the type of the file could not be determined dynamically. Please add an explicit type tag :NAME listing the correct type from among the supported types:
##### ERROR Name FeatureType Documentation
##### ERROR BCF2 VariantContext (this is an external codec and is not documented within GATK)
##### ERROR VCF VariantContext (this is an external codec and is not documented within GATK)
##### ERROR VCF3 VariantContext (this is an external codec and is not documented within GATK)
Я попросил поддержки в ГАТК, но не получил хорошего ответа. Я использовал VCFtools для проверки, все они проходят, но с двумя, не критическими предупреждениями:
The header tag 'reference' not present. (Not required but highly recommended.)
The header tag 'contig' not present for CHROM=chr10. (Not required but highly recommended.)
Кто-нибудь знает?