Ошибка MarkDuplicates не может создать виртуальную машину Java
Я разместил это на github, чтобы разработчики могли ответить. Но я не знаю, сколько времени это может занять, и это срочно, поэтому любой вклад будет признателен. Я просмотрел аналогичные вопросы о переполнении стека, но, похоже, это конкретная проблема, поскольку мой коллега использовал аналогичный сценарий, и он сработал для них.
Я пытаюсь пометить дубликаты с помощью Picard. Вот сценарий bash для минимального теста:
#!/bin/bash
#SBATCH --account=abcd
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2000M
#SBATCH --time=4:30:00
#SBATCH --mail-type=END,FAIL
#SBATCH --mail-user=email@email.com
module load java/11.0.2
java -jar picard.jar MarkDuplicates I=SampleName.sorted.bam O=SampleName.filtered.bam M=marked_dup_metrics_SampleName.txt REMOVE_DUPLICATES=true
Проблема: я получаю следующую ошибку:
Error:
Unrecognized option: jar picard.jar MarkDuplicates I=SampleName.sorted.bam O=SampleName.filtered.bam M=marked_dup_metrics_SampleName.txt
Error: Could not create the Java Virtual Machine.
Error: A fatal exception has occurred. Program will exit.
Я новичок в написании сценариев bash и раньше не использовал Picard. Буду признателен за любые рекомендации по этому вопросу.