Отметить Дубликаты Пикар

Question

Я использую Picard, чтобы отмечать только оптические дубликаты, для которых я читал руководство MarkDuplicates. Мой сценарий выглядит так

      #!/usr/bin/bash
java -jar build/libs/picard.jar MarkDuplicates \
      I=sorted.bam \
      O=mark_opticalduplicate.bam \
      MAX_OPTICAL_DUPLICATE_SET_SIZE=300000 \
      TAGGING_POLICY=OpticalOnly \
      M=markedoptical_dup_metrics.txt

Я не уверен, что получаю только оптические дубликаты, когда использую флаг samtool 0x400. Любые предложения на этом этапе приветствуются.