Как конвертировать fastq в uBAM с помощью Picard Dock в облаке Google

Question

Я пытался преобразовать мои файлы fastq в облаке Google в файлы uBAM, но пока безуспешно. Вот код, который я использовал:

dsub \
--project projectID \
--zones "us-central1-*" \
--logging gs://bucket/logging \
--image broadinstitute/picard \
--command 'java -Xmx8G -jar picard.jar FastqToSam FASTQ=gs://bucket/S_1.fq FASTQ2=gs://bucket/S_2.fq OUTPUT=gs://bucket/S_fastqtosam.bam READ_GROUP_NAME=Cancers SAMPLE_NAME=TS LIBRARY_NAME=Solexa-272222 PLATFORM_UNIT=CL100056 PLATFORM=illumina SEQUENCING_CENTER=BI RUN_DATE=2017-08-20T00:00:00-0400'
--wait

Я вижу, что изображение было извлечено и успешно запущено, но затем я получил сообщение об ошибке, говорящее о неправильной команде, и, пожалуйста, проверьте PicardcommandLine -h

У кого-нибудь есть опыт конвертации fastq в uBAM с облаком гугл? Пожалуйста помоги. Очень признателен. Спасибо.

Answer 1

broadinstitute/picard Образ docker уже запускает java в качестве точки входа (подробнее см. [1]). Вам нужно изменить команду для удаления java -Xmx8G -jar picard.jar,

Я также не уверен, сработает ли передача путей облачного хранилища непосредственно на Picard, и вам, вероятно, нужно указать дополнительные аргументы (--input а также --output) при запуске дсуб. См. https://github.com/DataBiosphere/dsub/blob/master/docs/input_output.md для получения дополнительной информации.

[1] Точка входа определяется как "/usr/picard/docker_helper.sh"Это файл, который запускает Java напрямую. Каждый образ докера имеет собственную точку входа, поэтому важно убедиться, что вы используете правильные команды для каждого образа докера.