Почему Picard MarkDuplicates удаляет файлы .bam вместо файлов .bai в моем рабочем процессе Snakemake?

Question

Я кое-что посмотрел, но не могу понять, почему picard markduplicates удаляет мои файлы bam и заменяет их файлами bai? Мне нужны метрики и файлы bam. Мне также нужны файлы bai, а затем переименуйте этот файл в .bam.bai для дальнейшей работы. Когда я опускаю CREATE_INDEX=true, я получаю свои показатели и бах. С его помощью я получаю файлы bai, и они также не переименовываются.

      rule picard_dupes:
    input: rules.star_aligner.output.bam
    output:
        bam = 'picard/{sampleID}_marked_duplicates.bam',
        metric = 'picard/{sampleID}_marked_dup_metrics.txt'
    threads: 12
    run:
        shell('picard MarkDuplicates \
            -Xmx4G \
            I={input} \
            O={output.bam} \
            M={output.metric} \
            ASSUME_SORT_ORDER=coordinate CREATE_INDEX=true \
            -XX:ParallelGCThreads={threads}')
        shell('mv /PATH/{sampleID}_marked_duplicates.bai /Path/{sampleID}_marked_duplicates.bam.bai')