Описание тега google-genomics
Google Genomics предоставляет API для работы с геномными данными в инфраструктуре Google.
1
ответ
Описание данных таблиц различий bigQuery в Google genomics
Я хотел бы прочитать все звонки в определенном регионе генома. независимо от генотипа (равен эталонному геному или альтернативному, кодирующему или некодирующему региону). Предполагая, что весь геном был секвенирован. На какую из следующих таблиц я …
06 дек '17 в 16:22
0
ответов
TPM для TCGA и GTEX RNA
Как преобразовать TCGA RNA normalized_count в значения TPM, рассчитанные для GTEx. Прямо сейчас значения TPM на GTEx значительно меньше, чем значения TCGA. Таблицы, на которые я смотрю, находятся на BigQuery: `isb-cgc.TCGA_hg19_data_v0.RNAseq_Gene_E…
01 фев '19 в 17:13
0
ответов
Google genomics с помощью dsub (bismark & bowtie2)
Я пытался использовать dsub для отправки работы в API Google Genomics. Однако в облаке Google фактически запущена только одна работа (из 8). Моя команда dsub: dsub \ --project "${MY_PROJECT}" \ --zones "us-central1-a" \ --logging "${LOGGING}" \ --va…
18 ноя '17 в 19:01
0
ответов
Больше не могу получить доступ к столу silver-wall-555.TuteTable.hg19
Я получил доступ к silver-wall-555.TuteTable.hg19 в пятницу (17 февраля), но не могу получить к нему доступ с 20 февраля. Был ли он удален из Google BigQuery? Примеры использования лота основаны на silver-wall-555.TuteTable.hg19.
21 фев '17 в 17:01
1
ответ
Как рассчитать стоимость (счет) для Google Cloud Genomics Pipeline
Я использую движок Cromwell в Google Cloud, который отправляет запросы на запуск конвейера: https://cloud.google.com/genomics/reference/rest/v1alpha2/pipelines/run. После того, как конвейеры закончены, я могу найти операции Google Cloud, связанные с…
21 ноя '18 в 01:22
0
ответов
GCTA я не могу объединить GRM каждого chr
Я делаю анализ для bovines и мне удалось GRM для каждой из 29 аутосом отдельно. Файлы GMR_chr1.grm.bin, GMR_chr1.grm.N.bin а также GMR_chr1.grm.id......... GMR_chr29.grm.bin, GMR_chr29.grm.N.bin а также GMR_chr29.grm.id были сгенерированы следующими…
08 дек '17 в 21:21
1
ответ
Указание параллельной среды в Google Compute Engine с использованием Elasticluster
Недавно я создал кластер Grid Engine на Compute Engine, используя Elasticluster ( http://googlegenomics.readthedocs.org/en/latest/use_cases/setup_gridengine_cluster_on_compute_engine/index.html). Мне было интересно, что является подходящей командой …
01 фев '16 в 21:34
1
ответ
Как конвертировать fastq в uBAM с помощью Picard Dock в облаке Google
Я пытался преобразовать мои файлы fastq в облаке Google в файлы uBAM, но пока безуспешно. Вот код, который я использовал: dsub \ --project projectID \ --zones "us-central1-*" \ --logging gs://bucket/logging \ --image broadinstitute/picard \ --comman…
10 июн '18 в 12:01
1
ответ
Как выполнять запросы наследования / передачи в схеме вариантов BigQuery
Схема вариантов, используемая конвейерами преобразования вариантов Google Genomics, представляет генотипы в виде вложенных записей в BigQuery, например: (из: https://bigquery.cloud.google.com/table/genomics-public-data:1000_genomes.variants?pli=1&ta…
03 авг '18 в 00:07
2
ответа
Как я пересекаю два data.frames в R?
У меня есть две таблицы, которые находятся в структуре data.frame. Таблица 1 содержит столбец из 200 идентификаторов генов (букв и цифр), а таблица 2 содержит список из 4000 идентификаторов генов (в строках), а также 20 дополнительных столбцов. Я хо…
07 дек '17 в 14:59
6
ответов
Google Genomics API - Внутренняя ошибка сервера + ReferenceIDs
Я довольно новичок в API геномики Google. Я пытаюсь создать аннотацию. Я использовал как веб-версию, так и вызов Python API: service.annotations().create(body={ 'annotationSetId': '101', 'name': 'TestAnnotation', 'referenceName': 'chrM', 'start': '1…
08 июн '16 в 21:02
2
ответа
Как можно экспортировать набор вариантов Cloud Genomics в BigQuery теперь, когда varientsets.export устарел?
Я загрузил набор вариантов в Cloud Genomics и пытаюсь экспортировать его в BigQuery. Первым подходом, который я попробовал, было использование конвейера, как описано здесь: https://cloud.google.com/genomics/docs/how-tos/load-variants Однако через 20…
13 май '18 в 04:33
1
ответ
Ошибка в Google Cloud - Genomics: "Не найдено решение API с именем службы: genomics"
Я совершенно новичок в HPC и Google Cloud (я только что подписался на пробную учетную запись) . Моя идея состоит в том, чтобы выполнить анализ RNAseq (9 образцов в паре, 18 файлов fastQ) . В основном я хочу выполнить FastQC и отображение, пытаясь ис…
24 окт '18 в 15:13
0
ответов
Управление фильтром в студии данных - с длинным списком выборок (используется для геномных данных)
Я использую data studio & bigQuery для геномных данных. Данные, которые я представляю, относятся к болезням и генам (отчет включает 2 страницы для 2 испытаний) https://datastudio.google.com/org//reporting/0B0ZHOVx9i6OrVGo2Rmp6VVlvZUU/page/B98E при ф…
28 май '17 в 16:34
0
ответов
googlegenomics с dsub: не можете найти эталонный геном?
Я пытался запустить Bismark в облаке Google, используя DSUB. Кажется, что файлы журнала указывают на то, что эталонный геном не был скопирован / найден (?). Я проверил, и справочные файлы присутствуют, и путь к файлу в облаке правильный. Что я делаю…
03 сен '17 в 18:23
1
ответ
gcloud.alpha.genomics.pipelines.run - Нет такого файла или каталога: 'wdl_pipeline.yaml'
Я пытаюсь запустить конвейер лучших практик GATK в облаке Google и получить ошибку ниже вот команда gcloud: gcloud alpha genomics pipelines run \ --pipeline-file wdl_pipeline.yaml \ --regions us-central1 \ --inputs-from-file WDL=${GATK_GOOGLE_DIR}/P…
06 фев '19 в 15:54
0
ответов
Исполнение BWA MEM
Есть ли пример, как запустить BWA MEM в облаке Google? BWA MEM является одним из алгоритмов, которые принимают файл FASTQ в качестве входных данных и генерирует файл SMA из него? в моем случае я буду использовать Exome FASTQ Спасибо, Эйла
17 окт '17 в 14:19
3
ответа
Google Cloud/BigQuery/ Расположение данных Genomics
Некоторые из работ нашей компании требуют, чтобы данные в облаке хранились в США. Для Google Cloud я могу указать местоположения сегментов в США. https://cloud.google.com/storage/docs/bucket-locations Но для BigQuery и Google Genomics в API нет таки…
24 апр '15 в 17:57
2
ответа
Как добавить client_secret без использования argparser?
Я хочу проверить Google Genomics. У меня есть проект, и я могу запустить main.py с самого начала с API. Но эти файлы скрывают, что oauth2client генерирует учетные данные: import argparse import httplib2 from apiclient.discovery import build from col…
17 апр '15 в 13:57
0
ответов
Как включить "позднюю" версию пакета в R (версия выше в пакете)- функция / пакет "отслеживает"?
Я пытался использовать функцию / пакет "дорожки", в R, но версия не совместима. Во-первых, я думал, что эта функция относится к пакету "ggbio", но я установил его и не запускаю. Я буду использовать эту функцию / пакет для слияния двух графиков, в то…
16 сен '16 в 12:13