Описание тега vcftools
VCFtools - это программный пакет, разработанный для работы с файлами VCF, например, созданными в рамках проекта 1000 Genomes Project. Цель VCFtools - предоставить легко доступные методы для работы со сложными данными генетических вариаций в форме файлов VCF.
1
ответ
Скрипт Bash для парных сравнений
Я хотел бы написать bash-скрипт для попарных вычислений с моими файлами. У меня есть фиксированный файл в каталоге и ряд файлов, которые я хочу использовать для парных сравнений. Например: Имя фиксированного файла: Genome.vcf Имя файлов для парных в…
18 июн '14 в 14:57
2
ответа
Как втиснуть -1 в файл
У меня есть файл вроде следующего -1 1 -1 2 -1 2 -1 2 0 Я хочу сжать элемент "-1" tr -s '-1' file Но это не работает. ADDED Я использую vcftools, чтобы заменить vcf.gz на матрицу с элементом "0", "1" или "2"(скажем,chr1.012) (пропущенное значение бу…
29 мар '16 в 14:45
1
ответ
Perl-скрипт не может получить доступ к папке Tabix
Я запускаю Perl-скрипт из EMBL (находится здесь https://github.com/EMBL-EBI-GCA/reseqtrack/blob/master/scripts/variation_data/calculate_allele_frq_from_vcf.pl) В Ubuntu 16.10 я установил Vcftools и Tabix как требуется, и оба были протестированы на с…
21 фев '17 в 16:18
1
ответ
Выберите более высокие значения из двух столбцов после извлечения числа, R
У меня есть фрейм данных (451 из 8 переменных), который имеет два столбца (6 и 7), которые выглядят так: Major Minor C:726 T:2 A:687 G:41 T:3 C:725 Я хочу создать один столбец, который суммирует это. Для этого мне не нужны буквы в каждой ячейке, но …
07 май '13 в 10:11
1
ответ
Пустой ggplot из.txt
Я пытаюсь сделать график из файла, созданного с помощью программы vcftools в Linux. Файл выглядит так: CHROM BIN_START SNP_COUNT VARIANTS/KB chr0 0 46 4.6 chr0 10000 34 3.4 chr0 20000 0 0 chr0 30000 21 2.1 chr0 40000 15 1.5 chr0 50000 22 2.2 chr0 60…
20 апр '18 в 09:23
0
ответов
Проверка поля CSQ в разделе INFO файлов VCF
В настоящее время я работаю с файлом EXaC VCF и хочу извлечь данные с определенными последствиями (например, только варианты framehift). Эта информация появляется в поле CSQ (под INFO). Каков наилучший способ сделать это?
07 янв '19 в 08:52
1
ответ
Невозможно преобразовать 'bool' в 'gzFile {aka gzFile_s*}'
Я новичок в средах Linux и пытаюсь установить пакет биоинформатики (vcftools - https://vcftools.github.io/examples.html). По какой-то причине я могу без проблем скомпилировать в среде Cygwin, другие коллеги установили пакет без сбоев, но я получаю с…
28 фев '17 в 14:35
1
ответ
Подготовка Perl-файла для запуска с Ubuntu и tabix
Я не знаю об Ubunto или Perl, но мне все еще нужно установить и запустить на нем программу. Вот на что я смотрю: http://vcftools.sourceforge.net/docs.html В разделе установки написано так: Чтобы собрать исполняемый файл vcftools, введите "make" в па…
31 июл '12 в 17:13
2
ответа
Устранение неполадок в Bash: неверный идентификатор
Здесь новичок пытается запустить конвейер в bash. Если кто-то может понять, почему, когда я запускаю следующее, я получаю: -bash: `$i': not a valid identifier, это было бы действительно полезно. Также, если есть другие ошибки, пожалуйста, дайте мне …
19 июн '12 в 07:35
2
ответа
Как преобразовать vcf файл в файл ped используя plink?
Я пытаюсь преобразовать файл.vcf в файл.ped с помощью plink. Я прочитал несколько руководств и постов в Интернете, но, похоже, никто не упоминает, как конкретно конвертировать vcf в ped. Я надеюсь, что здесь могут быть некоторые эксперты, которые им…
23 сен '16 в 23:41
2
ответа
vcf to ped format: переопределить не-dbSNP
Когда я конвертирую файл vcf в формат ped (с помощью vcftools или с vcf в конвертер ped 1000G), я сталкиваюсь с проблемой, что идентификаторы вариантов, у которых нет идентификатора dbSNP, получают позицию базовой пары этого варианта. в качестве удо…
28 янв '14 в 08:31
1
ответ
Экстраполирующие дисперсионные компоненты от Weir-Fst на Vcftools
vcftools --vcf ALL.chr1.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5.20130502.genotypes.vcf --weir-fst-pop POP1.txt --weir-fst-pop POP2.txt --out fst.POP1.POP2 Приведенный выше скрипт вычисляет расстояния Fst на 1000 популяционных данных генома, используя …
08 май '15 в 10:57
3
ответа
Постоянное добавление к строке с учетом различных операторов if [R]
У меня запутанная проблема, и я надеюсь, что смогу объяснить это легко... У меня есть следующие данные: CHROM POS REF SNP INDEL 5 290 A --|T|--|-- 0 5 890 A A|T|--|G 0 7 672 A A|--|C|-- +C,+CC 9 459 G A|T|--|G -C Я хочу создать переменную ALT, чтобы…
18 фев '14 в 23:50
6
ответов
Linux Makefile: неопределенная ссылка на 'gzbuffer' (где LIB = -lz)
Я пытаюсь установить программу ( vcftools), для которой Makefile выглядит следующим образом: # Make file for vcftools # Author: Adam Auton # ($Revision: 230 $) # Compiler CPP = g++ # Output executable EXECUTABLE = vcftools # Flag used to turn on com…
18 янв '13 в 18:48
1
ответ
Snakemake: неизвестные файлы вывода / ввода после расщепления по хромосоме
Чтобы ускорить определенный шаг змеиного мастерства, я бы хотел: разделить мой bamfile на хромосому, используяbamtools split -in sample.bam --reference это приводит к файлам с именем sample.REF_{chromosome}.bam выполнить вариант вызова на каждом в р…
30 мар '18 в 13:02
1
ответ
Перенаправление файла vcftools в Linux - советы
Вот код, который получает файл VCF из определенного региона, используя tabix и затем фильтрует его для определенной (европейской) популяции, используя опцию keep из vcftools. ####select specific population if [ "$POP_FILE" != "" ]; then vcftools --v…
01 окт '14 в 21:00
1
ответ
Не удается найти Bio/SeqIO.pm в @INC
Привет, я пытаюсь установить VelvetOptimizer с помощью докера. и это говорит, Не может найти Bio/SeqIO.pm в @INC. Для этого требуется следующее: Velvet >= 0.7.51,Perl >= 5.8, BioPerl >= 1.4 и я их установил Пожалуйста, найдите Dockerfile: FROM amazo…
03 авг '17 в 14:58
0
ответов
Передать вывод в команду с несколькими переменными
У меня довольно длинная команда, которую я пытаюсь запустить, которая сначала запускает bcftools и направляет вывод в vcftools, а затем в bgzip перед созданием файла в качестве вывода. Вот команда: bcftools view -c 1 file.vcf.gz | vcftools --gzvcf -…
22 ноя '17 в 12:50
1
ответ
vcftools - установка на MAC
Я пытаюсь установить vcftools на Mac. Просматривая предыдущие посты по этой проблеме, я убедился, что у меня есть инструменты для разработчиков Mac OS X ( http://www.cnet.com/how-to/install-command-line-developer-tools-in-os-x/). Я следовал процедур…
29 мар '18 в 19:23
0
ответов
Файл VCF4.2 не распознан GATK
Я видел, что у многих была такая же проблема, но я пока не нашел решения. Я предоставил 24 файла VCF4.1 ( http://evs.gs.washington.edu/EVS/) в GATKs CombineVariants. Я получаю эту ошибку: ##### ERROR MESSAGE: Invalid command line: No tribble type wa…
12 ноя '13 в 16:04