Интересная проблема cron, bash, perl и java
По сути, у меня есть рабочий процесс Perl, который запускает набор java-инструментов через системную команду (picard в GATK4 для тех из вас, кто знаком с программным обеспечением Broad Institute). Эти команды gatk4 возвращают код 0 в случае успеха. Когда я запускаю рабочий процесс Perl вручную (RHE7.6), все, кажется, проходит нормально.
Однако процессы Gatk4, которые возвращают 0 в случае успеха, терпят неудачу, если тот же рабочий процесс выполняется как часть задания cron, например:
0,15,30 * * * * /usr / bin / flock -n /tmp/QAQC.lock -c "/seq/QAQC/bin/launch_QAQC.pl 1 >> launch_QAQC.log 2 >> launch_QAQC.err"
Я подозреваю, что что-то, связанное с запуском flock с параметром -c, приводит к прерыванию этих заданий (и, следовательно, конвейера perl).
Мы будем очень признательны за любую информацию, которую вы можете предоставить.
Спасибо
РЕДАКТИРОВАТЬ: Выяснил решение, в котором проблема не в стае. Cron не видел те же переменные env, что и интерактивная оболочка.