Tophat секвенсор не работает должным образом
Я пытаюсь использовать tophat для выравнивания моих чтений fastq с эталонным геномом.
Сначала я использовал bowtie для создания индексных файлов. Я обрезал свои файлы read1 и read2 fastq. Все выходные файлы индекса bowtie и файлов чтения находятся в одном каталоге. Здесь вы можете увидеть скриншот моего каталога.
Затем я запускаю следующую команду для запуска tophat.
Я не знаю, что я делаю неправильно, так как моя команда запускается, но спустя почти 45 минут она останавливается (на следующем шаге). 

Выходной каталог tophat (sample_thout) создан, но содержит только следующие файлы. 
 Внутри журнала я вижу следующее:

Внутри TMP я вижу эти файлы:
 
Я довольно плохо знаком с RNa seq и tophat выравнивания. Есть ли орган, который может помочь мне с этой проблемой?