Описание тега cytoscape

Cytoscape is an open source software platform for visualizing complex networks and integrating these with any type of attribute data. Various apps are available for different problem domains, including bioinformatics, social network analysis, and semantic web.
0 ответов

Q: Cytoscape 3.4 Как импортировать несколько атрибутов для всех узлов и как их дифференциально представить

Я уже импортировал весь свой набор данных, около 6 тыс. Узлов и 300 тыс. Взаимодействий, мне удалось отформатировать все ребра в соответствии с их типом взаимодействия, и теперь я пытаюсь импортировать метаболизм каждого гена в сеть как атрибуты узл…
21 ноя '16 в 14:04
1 ответ

Cytoscape: помогите создать оператор IF с помощью компоновщика функций

Я хотел бы создать функцию для заполнения и обрезания столбца таблицы значениями, которые используют встроенный построитель функций в Cytoscape. Проблема в том, что в списке только 4 функции. Каждый урок показывает тонны доступных функций, но я не в…
11 янв '19 в 19:40
1 ответ

Как обернуть текст внутри фигуры с помощью Cytoscape?

Я пытаюсь строить плитки, используя Cytoscape. По сути, у каждого прямоугольника (плитки) есть заголовок, и я хочу, чтобы он был написан в пределах этого прямоугольника. Мой код: var cy = cytoscape({ container: document.getElementById('cy'), style: …
23 июл '15 в 17:18
1 ответ

Как проверить цитаты для Cytoscape Web

Я пытаюсь использовать цитируемый текст в одном из атрибутов узла: var network_json = { dataSchema: { nodes: [ { name: "label", type: "string" }, { name: "foo", type: "string" } ] }, data: { nodes: [ { id: "1", label: "1", foo: "Text without quotes"…
10 мар '12 в 14:00
1 ответ

Cytoscape JS - Изменение высоты контейнера после инициализации

Я инициализирую Cytoscape с чем-то, что выглядит следующим образом: var cy = cytoscape({ container: $('#my-element'), height: 500px }); Я хотел бы изменить высоту элемента контейнера на что-то отличное от оригинала 500px значение, когда пользователь…
03 апр '17 в 21:45
2 ответа

R: объединение узлов, которые имеют одинаковые взаимодействия из сетевой таблицы

У меня есть большая сетевая таблица, которую я хочу упростить, объединив узлы, которые совместно используют одни и те же взаимодействия, чтобы у нее была лучшая сеть после создания образа (я использую Cytoscape). Взаимодействия не имеют направления.…
13 мар '18 в 17:40
1 ответ

Включить длинный текст внутри узлов Cytoscape.js

Мне нужно создать ориентированный граф, который имитирует разговор. Можно ли создать такой граф с помощью Cytoscape.js? Мне нужно что-то вроде: elements: [ {data: {id: '1', content:'Hi, I am John ...'}}, {data: {id: '2', content:'Hi, I am Max ...'}}…
05 ноя '18 в 15:59
1 ответ

Как реализовать функциональность в cytoscape.js, чтобы добавить ребро между двумя узлами, щелкая узлы?

Я хочу соединить два узла, когда пользователь нажимает сначала один узел, а затем второй узел.
27 авг '18 в 07:28
1 ответ

Какой плагин использовать для расчета коэффициента кластеризации ребер в Cytoscape

Я работаю над PPIN, где мне нужно найти значения коэффициента краевого кластера (ecc) для уникальных белков, присутствующих в кластере. Я использую Cytoscape для генерации значения, например, между центральностью, центральностью близости и т. Д. Но …
19 апр '18 в 15:35
1 ответ

Визуализировать RDF в Cytoscape.js?

Я визуализирую граф RDF, используя сложный процесс запроса SPARQL -> экспорт CSV -> импорт в Cytoscape Desktop -> экспорт в формате JSON -> импорт в Cytoscape.js. Есть ли какой-то способ прямой визуализации графиков RDF в Cytoscape.js, например, с п…
08 авг '16 в 13:35
1 ответ

Как импортировать группы из файла graphml? (networkx -> cytoscape)

Я пытаюсь перенести данные networkx в cytoscape. Я использую graphml, и с этой частью все в порядке, но у меня есть атрибут parent= имя_узла, с которым я хочу создать группу. Я не могу узнать, как отобразить это в cytoscape. Любые идеи о том, как ав…
07 фев '18 в 23:53
1 ответ

Как импортировать файл узла (.csv) с помощью LoadTableFileTaskFactory()

У меня есть 2 маленьких вопроса. Я пытаюсь импортировать узел и файл ребра. Я импортировал граничный файл с интерфейсом LoadNetworkFileTaskFactory. Как ниже код: LoadNetworkFileTaskFactory EdgeFile = adapter.get_LoadNetworkFileTaskFactory(); TaskIte…
27 июл '17 в 07:50
1 ответ

Cytoscape JS создать пользовательский рендерер (расширение рендерера)

Пожалуйста, кто-нибудь может мне помочь с созданием расширения рендерера для cytoscape js lib. Вот как это работает сейчас: let CanvasRenderer = cytoscape('renderer', 'canvas'); CanvasRenderer.prototype.drawPolygonPath = function(context, x, y, widt…
0 ответов

Сетевой график рендеринга LaTex

Кому -нибудь удалось маркировать узлы сетевых графиков с помощью LaTex? До сих пор я создал сетевые графики, как это http://js.cytoscape.org/demos/animated-bfs/ но я хочу добавить формулы к узлам. Я пытаюсь использовать графики на основе JavaScript,…
06 мар '18 в 17:19
1 ответ

Экспорт таблицы ребер Cytoscape

Я очень новичок в Cytoscape и мне кажется, что проблему легко решить. Я использую функцию перетаскивания в Cytoscape для создания сетей (в основном я транслирую фотографии сетей следов насекомых в представления Cytoscape - это значительно упрощает п…
01 сен '17 в 07:43
1 ответ

Как показать названия выбранных узлов в cytoscape

Не уверен, где спросить, но нашел ответы на cytoscape раньше, так что вот вопрос. У меня есть большая сеть в Cytoscape, около 1000 узлов. Я хочу показать всю сетевую работу с именами нескольких узлов. Я попробовал аннотацию, но она не редактируется …
05 дек '18 в 20:27
1 ответ

Цвет узла Cystoscape

Я использую RCy3 Пакет R, я уже построил сеть, используя некоторые данные генной экспрессии, как я могу покрасить некоторые узлы другим способом, отличным от стандартного? Я искал документацию пакета, но немного загадочно, есть ли кто-нибудь, кто уж…
13 дек '18 в 18:42
0 ответов

Как прочитать локальный внешний файл JSON для рисования графа с cytoscape.js

У меня есть веб-приложение, использующее cytoscape.js для рисования графа веб-базы. Я хочу загрузить данные и стиль JSON из файлов на локальной машине. URL в интернете работает, но локальный URL и локальный путь к файлу не работают, что я могу сдела…
25 апр '15 в 08:06
1 ответ

Как создать узлы и ребра для списка генов сорго, используя идентификатор гена из фитозомы

Я использую сорго ID из фитозомы в моем RNAseq. Я хочу создать генную сеть с помощью cytoscape для определенного списка генов. К сожалению, я не мог использовать строку или другие инструменты, потому что идентификатор гена, который я использовал из …
12 фев '19 в 08:45
1 ответ

Я установил py2cytoscape, и он отлично работает с графическим интерфейсом в Pycharm Linux, но когда я запускаю свой код из терминалов, то эта проблема:

$ python../any.py Traceback (последний вызов был последним): Файл "../any.py", строка 1, из py2cytoscape.data.cyrest_client import CyRestClient Файл "/home/admin-cbdm/.local/lib/python2.7/site-packages/py2cytoscape/data/cyrest_client.py", строка 4, …
21 фев '19 в 19:42