Ошибка в obj$bs_quants[[1]]: нижний индекс вне границ с функцией plot_bootstrap

Question

Я довольно новичок в kallisto и sleuth, но благодаря онлайн-информации я получаю результаты своего анализа RNA-seq. Я следую за этим конвейером https://pachterlab.github.io/sleuth_walkthroughs/trapnell/analysis.html чтобы увидеть различную экспрессию генов.

Теперь я пытаюсь бежать plot_bootstrap функция

В примере в сети говорят:

plot_bootstrap(so, "ENST00000263734", units = "est_counts", color_by = "condition")

В моем случае наиболее выраженный транскрипт называется TRINITY_DN3505_c0_g1_i5 и мой фактор "времена года". Тогда я попробовал с этим:

plot_bootstrap(so, "TRINITY_DN3505_c0_g1_i5", units = "est_counts", color_by = "season")

Но я получил ошибку:

Ошибка в obj$bs_quants[[1]]: нижний индекс за пределами

Можете ли вы помочь мне со значением этой ошибки? Я читал другой пост об этой ошибке, и это, кажется, означает, что вы вызываете что-то, что не выходит... но я не понимаю, потому что в моем случае имя транскрипта является правильным, а также имя фактора... оба существуют. Так что... я не знаю.

Любое предложение может быть полезным.

Answer 1

Я получил ответ в функции sleuth_prep.

extra_bootstrap_summary: если TRUE, вычислить дополнительную сводную статистику для предполагаемого количества. Это не обязательно для типичных анализов; это необходимо только для определенных графиков (например, plot_bootstrap). По умолчанию FALSE.

Поэтому необходимо добавить extra_bootstrap_summary=T, если вы хотите увидеть plot_bootstrap. Как в моем случае, так <- sleuth_prep (s2c, ~, extra_bootstrap_summary=T) Тогда это работает plot_bootstrap (так что, "TRINITY_DN3505_c0_g1_i5", единиц = "est_counts", color_by = "сезон")