FeatureCount дает нулевой счет
Я молодой исследователь в области биоинформатики. Я идентифицировал некоторую lincRNA, и теперь я хочу сделать дифференциальную экспрессию генов, для этого я выровняю индивидуальное состояние, специфичное для необработанного считывания, с этими идентифицированными lincRNA, которые выглядят так:
SL3.0ch00: 1230877-1231088 GCCTATATATAGAGTACTAAATTCCTTAAAAAGGCATCTCGGAAGTTCCATAAATAGATCAAGATATCGAATAAACTAACGACCCTCGAATCATACAAAATCATGGAGAGTAGAATTAAGGGATCAATAGATGTG
потому что он межгенный, поэтому я должен создать свой собственный файл gtf, который выглядит следующим образом:
SL3.0ch00 myIntergenic intergenic 1230877 1231088 . + . gene_id "xxx"; transcript_id "SL3.0ch00:1230877-1231088";
SL3.0ch00 myIntergenic intergenic 1147815 1150318 . + . gene_id "xxx"; transcript_id "SL3.0ch00:1147815-1150318";
и затем запустите featureCount с помощью следующей команды:
featureCounts -T 60 -F GTF -a a.gtf -o counts1.bed accepted_hits.bam
который дает ноль всем прочитанным.