Описание тега nipype
Nipype: нейровизуализация в конвейерах и интерфейсах Python. Он позволяет использовать различные инструменты обработки изображений, такие как fsl, spm, afni, freesurfer и другие.
0
ответов
Nipype DataGrabber: признак "in_file" экземпляра <> должен быть существующим именем файла, но было указано значение <> <class 'list'>
Я пытаюсь построить рабочий процесс для нормализации / регистрации. Вот мой DataGrabber data_grabber = Node(interface=DataGrabber(infields=['subject_id'], outfields=['t1', 'flair', 'les','ref']), name ='data_grabber') data_grabber.inputs.base_direct…
12 мар '18 в 12:06
1
ответ
Использование nipype для применения регистрации FLIRT к дополнительной ошибке изображения
Я пытаюсь сделать некоторую регистрацию в Python, используя пакет nipype. Сработало для базовой регистрации: from nipype.interfaces import fsl from nipype.testing import example_data flt = fsl.FLIRT(bins=640, cost_func='mutualinfo') flt.inputs.in_fi…
10 авг '11 в 22:18
0
ответов
Команда fsl.Merge() не найдена (при использовании через nipype.interfaces)
Я уже установил эти: conda install -c conda-forge nipype conda install -c conda-forge nitime conda install -c conda-forge nibabel conda install -c conda-forge nilearn Образец кода: from nipype.interfaces import fsl import os import numpy as np impor…
18 фев '19 в 06:48
1
ответ
Ошибка "команда" ставка "не найдена на хосте" при использовании BET в FSL в Windows 10 через Python 3.5 "
Мне нужно выполнить извлечение мозга на изображениях.nii. Я использую Anaconda в Windows 10 и имею среду, основанную на Python 3.5.4. На Nipype я нашел СТАВКУ от FSL и следовал коду: mybet = fsl.BET() mybet.inputs.in_file = 'example.nii' mybet.input…
22 ноя '17 в 21:40
0
ответов
Перезапустите интерактивный док-контейнер после изменений
Привет, я использую nipype для анализа нейровизуализации. Я использую Docker-контейнер, который я запускаю с помощью следующей команды. docker run -it -p 8888:8888 miykael/nipype_tutorial jupyter notebook Эта команда выдает следующую информацию в те…
22 июн '18 в 15:07
1
ответ
Образ mri T1 в питоне с Nipy
У меня есть изображение T1 (NIFTI), уже выровненное, с размерами 121 x 145 x 121.Изображение загружено нибабелем. Размер вокселя составляет 1,5 х 1,5 х 1,5 мм.Я хочу преобразовать его в изображение с разрешением 2,0 x 2,0 x 2,0 мм и сохранить выравн…
06 дек '18 в 00:40
1
ответ
Рецепт создания сингулярности из образа докера Nipype CommandNotFound
У меня есть следующий рецепт контейнера Singularity: #!/bin/bash Bootstrap: docker From: nipype/nipype:latest %labels Version v1.0 %post # Install nano apt-get update apt-get install nano # Set up Python environment CONDA_ENV=/opt/conda/bin export P…
09 май '18 в 17:44
1
ответ
SPM Dicom Конвертировать в Python (Ipython/ Nipype)
Я новичок в Python или, более конкретно, ipython. Я прошел через шаги, чтобы выполнить то, что должно быть очень простым Dicom Conversion в статистическом пакете SPM для файла изображения МРТ, как описано в NiPype. Я не могу заставить его работать, …
28 май '15 в 13:29
0
ответов
Ошибка в Nibabel при запуске учебника Nipype
Возникли проблемы с нарезкой niimg из nibabel.get_data(), Когда была использована эта функция учебника Nipype, def plot_slice(fname, z_idx=5): # Load the image and collect the data # and orientation information img = nib.load(fname) data = img.get_d…
12 фев '18 в 11:37
1
ответ
Есть ли какой-нибудь интерфейс nipype для avscale (скрипт FSL)?
Я пытаюсь использовать nipype для анализа матриц преобразования, которые были созданы FSL. FSL имеет скрипт под названием "avscale", который анализирует эти матрицы преобразования (файлы *.mat). Мне было интересно, есть ли у nipype какой-либо интерф…
30 сен '11 в 21:57
1
ответ
Nipype AttributeError: у объекта 'Node' нет атрибута
Приведенный ниже частичный код работает без ошибок: #fslorient forceneurological fslorient = pe.Node(interface = fslorient.FslOrient(), name = 'fslorient') fslorient.inputs.main_option = 'forceneurological' Тем не менее, когда я добавляю вторую Node…
11 июл '14 в 08:25
1
ответ
Подпроцесс застревает в poller.poll()
Я пытаюсь запустить простой интерфейс Matlab на Nipype, как показано ниже, но каким-то образом он застревает в коде run(). Моя командная строка больше не продолжается. Но это прекрасно работает, если я скопирую mlab.cmdline (matlab -nodesktop -nospl…
03 июл '14 в 04:04
1
ответ
Как соединить две простые функции с помощью NiPype?
Я пытаюсь заменить нашу внутреннюю трубопроводную инфраструктуру на NiPype. В качестве теста я хочу подключиться к простым функциям, где первая получает входные данные, а после некоторого вычисления возвращает выходные данные, которые используются д…
15 фев '12 в 15:20
1
ответ
Аргумент формата строки для черт. Любой
Я использую черты энтузиастов навеса, чтобы обернуть код для Nipype. Я знаю, что формат аргумента %d для целочисленных переменных. Тем не мение, Multiplication Переменная ниже должна быть также файлом. multiplication = traits.Int(argstr='-mul %d', d…
17 июл '14 в 05:46
1
ответ
Группа утверждения не
Я пытаюсь запустить конвейер предварительной обработки, используя nipype, и получаю следующее сообщение об ошибке: Traceback (most recent call last): File "preprocscript.py", line 211, in <module> preproc.run('MultiProc', plugin_args={'n_procs…
28 апр '19 в 00:49
0
ответов
Ошибка импорта для "nipype.workflows.dmri.fsl"
Я пытаюсь импортировать следующий пакет: from nipype.workflows.dmri.fsl import tbss Это дает ошибки как: из dipy.workflows.tracking import DetTrackPAMFlow ImportError: невозможно импортировать имя 'DetTrackPAMFlow' Я уже установил dipy, fsl, python3…
13 май '19 в 15:07
1
ответ
Принимая два выхода из двух разных узлов и передавая их в виде списка другому узлу как один вход
Это Пабло! Пытаюсь сделать скрипт для DTI. У меня уже есть он с функциями и nipype, но теперь я пытаюсь использовать узлы, но есть один узел, которому нужен список из двух входов -Merge()- для объединения обоих изображений. Однако он принимает тольк…
24 фев '20 в 19:57
0
ответов
Ошибка Nipype при импорте модуля: TypeError: '<' не поддерживается между экземплярами 'int' и 'str'
В последнее время я без проблем писал много скриптов с функциями интерфейса nipype. Сегодня, без каких-либо серьезных изменений в моей системе, простой импорт модуля вызывает ошибку, и я не могу ничего запустить. Я попытался переустановить nipype с …
03 апр '20 в 00:13
1
ответ
Как найти в выводе скрипта и сохранить подраздел в файл?
У меня есть команда nipype.interface.afni.Warp, которая дает мне следующий вывод терминала python: 190920-12:22:00,333 nipype.interface INFO: stderr 2019-09-20T12:22:00.333467:++ 3dWarp: AFNI version=AFNI_19.2.21 (Aug 29 2019) [64-bit] 190920-12:22:…
20 сен '19 в 22:03
1
ответ
проблема с python из nipype.interfaces.ants import N4BiasFieldCorrection
OSError: на главном компьютере не найдена команда "N4BiasFieldCorrection". Убедитесь, что установлен соответствующий пакет. у меня проблема с использованием nipype. вы можете помочь? from nipype.interfaces.ants import N4BiasFieldCorrection n4 = N4Bi…
19 сен '19 в 19:17