Описание тега nibabel
Nibabel - это пакет Python с открытым исходным кодом для обработки файлов нейровизуализации. Он поддерживает обработку файлов в форматах ANALYZE (простой, SPM99, SPM2 и более поздние), GIFTI, NIfTI1, NIfTI2, MINC1, MINC2, MGH и ECAT.
0
ответов
Вставить OrhoSlicer3D в PyQt5
Я хочу встроить вывод OrthoSlicer3D в окно PyQt5. Эта функция читает файл.nii и показывает три (три оси matplotlib) из мозга. Как я могу исправить этот код для встраивания этих трех участков? Я не вижу ошибки. import sys import matplotlib matplotlib…
09 май '18 в 17:17
0
ответов
Nibabel Работа с большими файлами Nifti вызывает ошибки
Эй, ребята, моя проблема в том, что мой код выдает ошибку, что недостаточно памяти для обработки команды. (Ошибка Windows 8). Файл является.nii с 360 МБ, и код следующий import nibabel as nib import numpy as np from nibabel.viewers import OrthoSlice…
14 сен '18 в 19:59
1
ответ
Как правильно использовать файл nifti при глубоком обучении?
Я имею дело с использованием медицинских изображений с глубоким обучением. Существует несколько типов форматов файлов, таких как nifti, dicom, анализ, mnic и т. Д. Я использую mif-файлы nifti для своих экспериментов по глубокому обучению. В течение …
06 фев '19 в 13:00
0
ответов
Как я могу узнать номер канала файла Nifti в Python?
Я работаю над глубоким изучением медицинских изображений и использую пакет nibabel для чтения файлов.nii в python. Мой код показан ниже. import numpy as np from pylab import * import nibabel as nib img_path=r"C:\\Users\\Umit Kilic\\Komodomyfiles\\um…
21 фев '19 в 08:06
1
ответ
Образ mri T1 в питоне с Nipy
У меня есть изображение T1 (NIFTI), уже выровненное, с размерами 121 x 145 x 121.Изображение загружено нибабелем. Размер вокселя составляет 1,5 х 1,5 х 1,5 мм.Я хочу преобразовать его в изображение с разрешением 2,0 x 2,0 x 2,0 мм и сохранить выравн…
06 дек '18 в 00:40
1
ответ
Как преобразовать срезы nii в последовательность？
У меня есть файл в формате nii.gz с 20 ломтиками. Но есть некоторая проблема, что мне просто нужны лучшие 13 ломтиков. Поэтому я использую load_nii или simpleITK, чтобы получить массив из 20 силсов. То, что я хочу сделать, это просто использовать 13…
01 янв '19 в 07:01
0
ответов
Получить здата с событием от ортопеда медицинского имиджа
Я хочу получить zdata с панели инструментов навигации, когда я загружаю файл.nii. Я хочу сделать это с событием def _onclick(event): import matplotlib matplotlib.use('TkAgg') from tkinter import filedialog from tkinter import * from matplotlib.backe…
28 май '18 в 17:42
0
ответов
Как отобразить изображения nifti с помощью python?
Я просто хочу показывать картинки. Я использовал код следующим образом: 1 импорт nibabel как nib 2 импорт skimage.io как io 3 импорт numpy как np 4 img=nib.load('segmentation-0.nii') 5 img_arr=img.get_fdata() 6 img_arr=np.squeeze(img_arr) 7 io.imsho…
15 ноя '18 в 03:35
0
ответов
Ошибка Matplotlib _cleanup() с Нибабелем
Я использую Nibabel для обработки изображений Nifty. Nibabel для отображения на самом деле использует Matplotlib под капотом. Ошибка возникает в matplotlib. Все работает нормально, пока я не попытаюсь закрыть объект Figure (либо с интерфейсом пользо…
25 авг '18 в 16:50
0
ответов
Обновите OrthoSlicer3D по клику с помощью PyQt5
У меня проблема, когда я показываю OrthoSlicer (три оси) в окне matplotlib, он работает, он обновляет оси, когда вы нажимаете на одну из них, но когда я встраиваю этот ортослайсер в окно PyQt5, он не обновляет оси. Как я могу сделать для обновления …
17 май '18 в 16:42
0
ответов
Почему Нибабель меняет размер моего файла?
Я работаю с изображениями в формате nii.gz. Поэтому я использую нибабель, чтобы открыть их. Проблема в том, что когда я открываю изображения, преобразую их в массивы и конвертирую их обратно в формат Nifti, размер вывода изменяется. Последовательнос…
10 окт '18 в 07:40
3
ответа
ImportError: нет модуля с именем 'nilearn'
Я пытаюсь построить .nii использование данных nibabel а также nilearn, Я использую python 3.5 и успешно установил оба пакета. Но когда я пытаюсь импортировать модуль, он возвращается - ImportError: No module named 'nilearn'. Что мне здесь не хватает…
30 мар '18 в 14:07
4
ответа
Как получить матрицу интенсивности изображений из изображений Nifti с Nibabel?
Я новичок с NiBabel. Я хочу знать, как получить матрицу интенсивности из изображений Nifti с этой библиотекой. Я использую следующий скрипт для получения вокселей: import nibabel as ni example_img = ni.load('myImage.nii') data = example_img.get_data…
14 июл '17 в 11:57
0
ответов
Передать аргумент в классе в ApplicationWindow()
Как я могу передать в качестве аргумента переменную fig в классе Orthocanvas для aw = ApplicationWindow? global fig class OrthoCanvas(FigureCanvas): def __init__(self, parent=None, width=5, height=4, dpi=100): fig = Figure(figsize=(width, height), d…
03 май '18 в 18:11
1
ответ
В чем разница между get_data и get_fdata в библиотеке Nibabel?
Я работаю с Нибабелем, чтобы прочитать некоторые файлы.nii. Я сталкивался с разными примерами, и некоторые из них используют функцию get_data(), а некоторые используют функцию get_fdata(). Я не мог найти, в чем разница в их документации ( нибабель М…
15 фев '19 в 08:34
0
ответов
Сохранение нибабелевых изображений с размерами вокселей
Невозможно установить размеры вокселей изображения в NiftiHeader в nibabel. Как установить определенные размеры вокселей для данного изображения? Мне нужно сохранить изображение с определенными размерами вокселей в нибабеле. image = nib.load('some_i…
03 апр '19 в 17:26
1
ответ
Как предварительно обработать формат данных NIfTI с помощью NiBabel (Python)
После преобразования NIfTI-файла в массив с использованием NiBabel массив имеет три измерения, а числа выглядят так: [-9.35506855e-42 -1.78675141e-35 1.18329136e-30 -1.58892995e-24 5.25227377e-24 1.11677966e-23 -2.41237451e-24 -1.51333104e-25 6.7982…
05 мар '19 в 19:37
0
ответов
Как создать nibabel Nifti1Image из хранилища объектов напрямую
Есть варианты загрузки nii файлы по имени из .nii или же .nii.gz файлы, расположенные в системе. Вы бы просто использовали nib.load (имя файла). Однако при работе с Google Cloud Storage (или любым другим хранилищем объектов, например Amazon S3) непо…
09 апр '19 в 13:51
0
ответов
Как мне отредактировать и сохранить размер вокселя и соответствующий аффин 3D-объема в формате Nifti в python?
Я изменяю размер вокселя некоторых трехмерных томов. Как мне отредактировать pixdim поле и рассчитать новый affine? У меня есть некоторые объемы MR, которые являются анизотропными, размеры вокселя, скажем, 0.5 x 0.5 x 3 мм. И у меня есть некоторый к…
20 апр '19 в 14:53
0
ответов
Создайте 3d визуализацию и фрагменты файла nifti
Я работаю над проектом, я использую python для создания сегментации файлов nifti. Я пытаюсь создать интерфейс, похожий на ITK-SNAP/Slicer3D, то есть экран, похожий на следующий: ITK-Snap интерфейс Я загружаю файлы nifti, используя Nibabel, и мне нуж…
13 мар '19 в 11:20