Есть ли какой-нибудь интерфейс nipype для avscale (скрипт FSL)?
Я пытаюсь использовать nipype для анализа матриц преобразования, которые были созданы FSL. FSL имеет скрипт под названием "avscale", который анализирует эти матрицы преобразования (файлы *.mat). Мне было интересно, есть ли у nipype какой-либо интерфейс, который оборачивает этот скрипт и позволяет работать с его выводом.
Спасибо
1 ответ
На основании документов и текущего источника ответ - нет. Также, avscale также не упоминается в списке рассылки nipy-devel по крайней мере с февраля прошлого года. Вполне возможно, что Nipype уже оборачивает что-то еще, что делает это (возможно, с помощью оболочки Matlab?). Вы можете попробовать открыть проблему или задать список рассылки.
Пока вы пытаетесь использовать Python (с nipype и всеми остальными), возможно, философия проекта nipype заключается в том, что вы должны просто использовать для этого numpy / scipy? Просто думаю, я не знаю функций для репликации этого вывода с этими инструментами. Также возможно, что никто еще не удосужился добавить его.
Для непосвященных, avscale принимает эту аффинную матрицу:
1.00614 -8.39414e-06 0 -0.757356
0 1.00511 -0.00317841 -0.412038
0 0.0019063 1.00735 -0.953364
0 0 0 1
и дает этот или аналогичный вывод:
Rotation & Translation Matrix:
1.000000 0.000000 0.000000 -0.757356
0.000000 0.999998 -0.001897 -0.412038
0.000000 0.001897 0.999998 -0.953364
0.000000 0.000000 0.000000 1.000000
Scales (x,y,z) = 1.006140 1.005112 1.007354
Skews (xy,xz,yz) = -0.000008 0.000000 -0.001259
Average scaling = 1.0062
Determinant = 1.01872
Left-Right orientation: preserved
Forward half transform =
1.003065 -0.000004 -0.000000 -0.378099
0.000000 1.002552 -0.001583 -0.206133
0.000000 0.000951 1.003669 -0.475711
0.000000 0.000000 0.000000 1.000000
Backward half transform =
0.996944 0.000004 0.000000 0.376944
0.000000 0.997452 0.001575 0.206357
0.000000 -0.000944 0.996343 0.473777
0.000000 0.000000 0.000000 1.000000