Команда fsl.Merge() не найдена (при использовании через nipype.interfaces)

Question

Я уже установил эти:

conda install -c conda-forge nipype
conda install -c conda-forge nitime
conda install -c conda-forge nibabel 
conda install -c conda-forge nilearn 

Образец кода:

from nipype.interfaces import fsl
import os
import numpy as np
import nitime
from nitime.timeseries import TimeSeries
from nitime.analysis import CorrelationAnalyzer, CoherenceAnalyzer
from nitime.utils import percent_change
import nibabel as nib
import nilearn
from nilearn import datasets, input_data
from nilearn.connectome import ConnectivityMeasure


m = fsl.Merge()
m.inputs.in_files = volumes
...
m.run()

Это дает ошибку:

OSError: На хосте не найдена команда "fslmerge". Пожалуйста, убедитесь, что установлен соответствующий пакет.

Не могли бы вы мне помочь?

Answer 1

Я просто столкнулся с той же проблемой, из-за которой я был в тупике более часа. Я понял, что команда fsl.Merge в python оборачивается только вокруг команды fsl: fslmerge. Поэтому перед выполнением скрипта python необходимо загрузить последнюю версию fsl. Должно быть легкое исправление:

module purge ; module load anaconda/2.7-4.3.1 fsl/6.0.1
source ~/Settings/MyCondaEnv.sh
conda activate local

python ~FSLMERGE.py