Описание тега singularity-container
По вопросам, связанным с контейнерным решением для научных вычислений Singularity.
0
ответов
Singularity & Snakemake - MissingOutputException
Я объединяю Singularity & Snakemake, чтобы создать рабочий процесс для некоторых данных последовательности. Я смоделировал свой конвейер после этого проекта git https://github.com/sci-f/snakemake.scif. Версия конвейера, которая не использует Singula…
06 апр '18 в 23:03
0
ответов
Производительность OpenGL и проблемы в контейнере сингулярности при запуске openai-gym
Я нахожусь в процессе создания некоторых контейнеров особенностей OpenAI + TensorFlow для запуска разных версий CPU/Cuda и TensorFlow. Мне удалось получить версию CPU и GPU с графическим интерфейсом, работающим внутри контейнеров сингулярности, но п…
01 ноя '18 в 20:38
2
ответа
ОШИБКА Singularity: Не удалось смонтировать образ в (только для чтения): неверный аргумент
Я пытаюсь создать образ сингулярности из образа докера, расположенного на докер-хабе. singularity build pcgr.simg docker://sigven/pcgr:0.5.3 Затем, когда я пытаюсь выполнить его: singularity exec pcgr.simg ls Это дает мне эту ошибку: ERROR : Failed …
30 мар '18 в 11:48
3
ответа
Как запустить ноутбук Jupyter, используя изображение сингулярности?
Я создал образ Singularity (jupyter.sif), который содержит последнюю версию анаконды, и я хочу использовать его для запуска ноутбука Jupyter. Я хотел бы запустить что-то вроде этого: ##### singularity exec --bind /path/outside/image/:/path/inside/im…
08 фев '19 в 12:44
1
ответ
Получение "Обнаружено переполнение буфера" при попытке запустить NVIDIA FleX
Я использую Singularity 2.6 некоторое время и недавно обновил свой Singularity до 3.0 (по техническим причинам я не могу обновить его до 3.0.3). Используя Singularity 3.0, я создаю свой новый контейнер с тем же файлом точного определения, который я …
21 фев '19 в 14:30
0
ответов
Можно ли добавить себя в новую группу пользователей без полномочий root/sudo в образе Singularity?
Скажем, я хочу использовать KVM - я могу добавить своего пользователя в эту группу (kvm) при создании образа (пока у меня есть sudo), но будет ли он сохранен во время выполнения?
23 дек '18 в 21:45
3
ответа
Команда awk не работает в snakemake --use-singularity
Я пытаюсь объединить Snakemake с Singularity, и я заметил, что простой awk Команда больше не работает при использовании сингулярности. $1 в последней строке заменяется на bash вместо использования в качестве первого поля awk, Вот минимальный рабочий…
21 июн '18 в 09:44
1
ответ
Можно ли запускать команды slurm в контейнере сингулярности?
Я хочу войти в контейнер с особенностями, а затем запустить команды slurm. Например: singularity shell docker://tensorflow/tensorflow:1.0.0-gpu-py3 затем в нем запустить скрипт, который я хочу запустить мой скрипт: python tf_test.py содержимое tf_te…
26 мар '18 в 16:57
2
ответа
Особенность запустить и выполнить команду
Я знаю, как запустить особенность: singularity run /mn/sarpanitu/singularity/test/fenics-and-more.img Есть ли способ сделать одну строку (или более) для запуска предыдущей команды, а затем в единственном числе запустить echo "hi there"? (Конечно, я …
26 июн '18 в 10:40
1
ответ
Как я могу запустить именованный экземпляр контейнера в Singularity?
Мне нужно запустить много контейнеров, используя Singularity. Если я не назначу им имя, их будет сложно отследить. Я мог бы сохранить соответствие между их идентификаторами и тем, что они делают во внешнем файле, но это громоздко. Мне нужно что-то э…
20 окт '17 в 09:48
0
ответов
Извлекать, редактировать и перестраивать изображение
У меня есть контейнер исключений, который был создан для меня (для запуска тензорного потока на узлах кометного графического процессора), но мне нужно изменить установку keras для моих целей. Я это понимаю .simg файлы не доступны для редактирования …
12 окт '18 в 18:20
1
ответ
Метеор указать рабочий каталог в контейнере
Я пытаюсь установить метеорное приложение внутри контейнера (особенность), но когда я запускаю приложение, оно хочет записать только для чтения часть изображения. Можно ли указать рабочий каталог, отличный от каталога приложения? Или запустить прило…
26 июн '17 в 22:16
1
ответ
Как установить псевдоним Python в контейнере Singularity при выполнении?
Я пытался установить псевдонимы в своем контейнере, но я не смог сделать это успешно. При сборке контейнера я положил alias python3=python3.6 в %post и все работает хорошо; псевдоним правильно объявлен и используется в процессе построения контейнера…
22 окт '18 в 18:44
0
ответов
Как обнаружить, что процесс выполняется внутри контейнера Singularity?
Существует ли надежный программный способ определения того, выполняется ли процесс внутри контейнера Singularity на основе изображения, импортированного из Docker Hub?
20 ноя '18 в 02:47
1
ответ
Как изящно отделить контейнер особенность?
В зависимости от типа используемого вами контейнера C-p C-q или же C-ad работает большую часть времени, но, кажется, не делает хитрость, чтобы отделить контейнер изящно.
05 дек '18 в 08:43
0
ответов
Запуск Dask в контейнере Singularity
Я пытался просмотреть руководство по Dask для среды HPC, как указано на https://www.youtube.com/watch?v=FXsgmwpRExM. Мне удалось установить все нужные мне пакеты в образе Singularity, и затем я запускаю образ в кластере LSF, используя: bsub -ISs -q …
28 дек '18 в 08:16
0
ответов
Захват файлов журнала, сгенерированных cmake в образе сингулярности, до очистки образа после неудачной сборки
Я создаю приложение, используя файл рецепта Singularity (v. 2.5.1). В какой-то момент это не удается во время сборки, cmake терпит неудачу и записывает ошибки в файл журнала в образе сингулярности. Чтобы построить изображение: sudo /opt/singularity/…
30 янв '19 в 20:44
1
ответ
Написать выходы из скрипта впадающих в особенность
Я не могу получить выходные данные скрипта через единственное число. У меня есть скрипт Python, в конце которого вывод сохраняется с: ... with open('saveOut.pkl','wb') as myFile: pickle.dump(myTable,myFile) Я хочу запустить этот сценарий с исключите…
04 фев '19 в 13:24
0
ответов
Как заставить код Visual Studio искать зависимости в смонтированном разделе?
Я хочу скомпилировать большую кодовую базу с использованием кода Visual Studio, но я не хочу устанавливать зависимости (которые я получаю через apt-get или же pip) этой кодовой базы на моем ноутбуке. Вместо этого я установил эти зависимости в другом…
25 июл '18 в 15:24
2
ответа
Связующий файл в единственном числе
Я создал изображение необычности с моим сценарием. Мне нужно запустить мое приложение, используя локальный файл с параметрами для скрипта. для этого я хочу использовать параметр --bind. Это прекрасно работает, если я пытаюсь сделать: singularity run…
18 авг '17 в 11:25